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定量プロテオミクスのためのタンパク質特異的ペプチドのコンピュータによる予測

2007年1月5日 Nature Biotechnology 25, 1 doi: 10.1038/nbt1275

質量分析を利用する定量プロテオミクスは、生物学研究および臨床研究の重要な要素となった。このような解析では通常、タンパク質のペプチド断片が同じ尤度で観察されることが想定されるが、混合物中に存在する任意のタンパク質に関しては、少数のいわゆる「タンパク質特異的（proteotypic）」ペプチドのみが繰り返し一貫して見出される。本研究では、4種類のプロテオームプラットフォームから同定されたペプチド60万個以上を利用し、4,030種類の酵母タンパク質に関して16,000個以上のタンパク質特異的ペプチドを実験的に同定した。このペプチドの物理化学的特性を元に、あるプラットフォームに関して任意の生物に由来する任意のタンパク質の特異的ペプチドを累積精度85%超で予測することができる計算ツールを開発した。タンパク質特異的ペプチドの応用法としては、タンパク質同定の確認、タンパク質の絶対定量、ゲノム上のコード配列の注釈づけ、および質量分析ワークフローの重要な要素（消化、クロマトグラフィー、イオン化、断片化など）を決定づける物理学的因子の解析などが考えられる。

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