Perspective

機能ゲノミクス実験モデル（FuGE）：機能ゲノミクスの規格に関する拡張可能なフレームワーク

2007年10月5日 Nature Biotechnology 25, 10 doi: 10.1038/nbt1347

生物学では、網羅的高処理能解析のデータ規格の統合を進めるために、機能ゲノミクス実験のデータモデル（FuGE）が開発されている。FuGEでは、多様な技術に共通するプロトコルや試料、データなどの実験活動の要素がモデル化される。FuGEは、実験ワークフローの全体を記述し、新たなデータ形式を開発するための基盤となる。マイクロアレイ遺伝子発現データ学会およびプロテオミクス標準イニシアチブは、それぞれの規格を規定する基礎としてFuGEの利用に積極的であり、メタボロミクス標準イニシアチブなど別の規格団体は、開発作業のなかでFuGEの評価を行っている。多数の規格団体にFuGEが採用されれば、機能ゲノミクスのワークフローの共通部分に関する報告が統一され、データ統合作業が単純化され、さまざまな最小報告要件を満たそうとする研究者の負担が軽減されるものと考えられる。機能ゲノミクスおよびシステム生物学では、その進展が透明性の高いデータの管理およびマイニングに重要である。

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