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転写開始部位、不変的プロモーターモチーフおよび推定レギュロンの高処理能同定

Nature Biotechnology 25, 5 doi: 10.1038/nbt1294

特別に設計したCaulobacter crescentusのマイクロアレイチップから得られた62種類のプローブレベルのデータセットを用い、769遺伝子の転写開始部位を同定した。そのうち53遺伝子は複数の開始部位から転写が行われていた。転写開始部位は、遺伝子の上流に5塩基対ごとに敷き詰めたプローブ対によって得られたプローブシグナル相互相関マトリックスを解析することで同定した。同じメッセージに結合するプローブのシグナルには相関性が認められる。複数のプロモーターから転写される遺伝子に関しては、プロモーターごとの寄与率を評価した。転写開始部位の同定により、発現パターンが似た遺伝子のプロモーター領域に存在する調節タンパク質結合モチーフを標的とする探索が可能となる。我々が同定したモチーフ27個のうち17個には、別のC. crescentus転写調節因子がもつ解析済みモチーフとの間に類似性がみられなかった。このモチーフを用い、共調節されている遺伝子を推定した。ウラニウム負荷、ストレス応答シグマ因子、およびストレス応答非コードRNAに応答するものを含め、ストレス応答遺伝子を制御する新たなプロモーターモチーフが確認された。

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