Analysis

ディープシークエンシングデータからmiRDeepでマイクロRNAを発見する

2008年4月4日 Nature Biotechnology 26, 4 doi: 10.1038/nbt1394

高度に並列的な塩基配列解読技術は、低分子RNAを前例のない深さで検出する能力をもつことから、マイクロRNA（miRNA）の系統的な同定で価値を発揮するものと考えられる。しかし、配列が解読された大量の転写物から1回のディープシークエンシング操作でmiRNAを同定するのは、依然としてきわめて困難である。本論文ではmiRDeepというアルゴリズムを紹介する。これは、miRNA生合成の確率的モデルを用い、配列が解読されたRNAの位置および頻度とmiRNA前駆体の二次構造との適合性をスコア化するものである。我々は、線虫Caenorhabditis elegansの公開データと、我々がヒトおよびイヌRNAのディープシークエンシングで得たデータとを用い、このアルゴリズムの精度および確実性を示す。アノテーションされていなかったmiRNAがmiRDeepによって合計約230個明らかにされ、そのうち新規のC. elegans miRNA 4個はノーザンブロット分析で確認された。

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