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トランスクリプトーム塩基配列解読法による倍数体作物セイヨウアブラナのゲノム解析

2011年8月1日 Nature Biotechnology 29, 8 doi: 10.1038/nbt.1926

倍数性は、コムギ、ジャガイモ、ワタ、カラスムギ、サトウキビなど、多くの作物でゲノミクスに基づく育種を複雑にしている。我々は、この問題を解決するため、倍数体作物セイヨウアブラナ（Brassica napus）のマッピング集団、および同集団の親に相当する代表的な原種植物に関して、葉のトランスクリプトームの配列を明らかにした。配列変異および転写物量の解析によってB. napusの一塩基多型の連鎖地図が2つ作成され、そこに含まれるマーカーは23,037個であった。この地図を使用して、B. napusのゲノムを、近縁種シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）のゲノムと、また原種であるBrassica rapaおよびBrassica oleraceaのゲノム配列アセンブリーと整列させた。さらに、ゲノム再編成の検出法、および種間交雑の結果を含むゲノム領域の遺伝の追跡法も開発した。育種の遺伝的影響を明らかにすることで、トランスクリプトーム塩基配列解読法による経済的で高分解能の作物ゲノム解析は、全ゲノム配列が明らかでない場合でも、予測的な育種の効率を高めると考えられる。

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