Perspective

系統的に設計した数千個のプロモーターの高処理能測定によって遺伝子調節の論理を推測する

2012年6月1日 Nature Biotechnology 30, 6 doi: 10.1038/nbt.2205

シス調節配列が遺伝子発現に変換される規則は、大規模に研究されているにもかかわらず理解が進んでいない。我々は、設計した数千個のプロモーターによる遺伝子発現に関して高精度の測定値を同時に得る方法を考案し、それを用いて転写因子結合部位およびヌクレオソームを嫌う配列の位置、数、向き、親和性、および構成の系統的変化の影響を測定した。解析により、発現と結合部位の多重度との明確な関係が明らかになるとともに、遺伝子発現と結合部位の位置との著明な約10塩基対周期の関係を含め、発現が転写因子結合部位と転写因子特異的な遺伝子開始点との距離に依存することも明らかになった。我々は、この方法が転写因子配列の特異性および周囲の配列前後関係に対する転写因子部位の感受性を測定することができることを明らかにし、酵母の転写因子75個の活性を比較した。この方法は、転写、転写後、および翻訳の制御に対する遺伝子型のシスおよびトランス効果のどちらを研究することにも利用可能である。

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