GRID-seqがRNA–クロマチンインタラクトームを網羅的に示す

高等真核生物のゲノムには、多数のコードRNAおよび非コードRNAが結合しているが、そうしたRNAを網羅的に同定して結合部位を明らかにする方法は存在しない。本論文では、高性能の塩基配列解読法（GRID-seq）によってRNAのDNAとのin situ相互作用を網羅的にとらえ、クロマチンと相互作用するRNAの全レパートリーおよび各RNAの結合部位をあまねく明らかにする方法を紹介する。我々は、ヒト、マウス、およびハエの細胞中に、活動中のプロモーターおよびエンハンサー（特にスーパーエンハンサー）に結合している組織特異的なコードRNAおよび非コードRNAの大規模なセットを検出した。多くのmRNA–クロマチン相互作用がプロモーターとエンハンサーの物理的近接を示しているという想定のもと、我々はプロモーターとエンハンサーの三次元網羅的連結性マップを作製し、転写活性と関係する核内のゲノム相互作用を明らかにした。