マイクロバイオーム精度管理（MBQC）プロジェクトコンソーシアムによる微生物群集アンプリコン塩基配列解読の変動の評価

ヒトマイクロバイオーム研究から健康のために活用可能な結果を得るには、集団規模のコホートから得られた再現性あるデータのメタ解析が必要である。マイクロバイオーム研究で十分な再現性を得るのは困難であることが分かっている。今回我々は、MBQC（Microbiome Quality Control）プロジェクトのベースライン研究（MBQC-base）のため、分類学的プロファイリングの変動に関する基本的な調査を行った。ヒトの大便、ケモスタット、および人工微生物群集から得た盲検標本セットに関して、15研究室で塩基配列を解読し、9種類のバイオインフォマティクス法で解析を行った。変動は生物標本の種類および起源に強く依存し、DNA抽出法、試料の取り扱い環境、バイオインフォマティクス法がそれに続いた。人工微生物群集標本の分析では、抽出効率およびバイオインフォマティクス的分類の差が明らかになった。以上の結果は、腸内マイクロバイオーム研究の実験計画選択に指針を与えると考えられる。