フェーズ保持グラフ分解による転写物の正確なアセンブリー

今回我々は、参照ゲノムに基づく正確な転写物アセンブラー「Scallop」を紹介する。これは、多重エキソン転写物および低発現転写物の再構築を改善するものである。Scallopは、リードから抽出した長距離のフェージングパスを保持しながら、簡潔な転写物セットを生成し、カバー率の差異を最小化する。ヒトRNA-seqサンプル10点に関して、ScallopはStringTieおよびTransCombをそれぞれ34.5％および36.3％上回る正確な多重エキソン転写物を生じ、それぞれ67.5％および52.3％上回る低発現転写物を明らかにした。Scallopは、従来の方法と比較して、さまざまなカバー率閾値で感度および精度が高かった。