連続分類アルゴリズムによる強力なshRNAの予測

強力なマイクロRNAに基づく短鎖ヘアピンRNA（shRNA）を予測する連続分類アルゴリズムSplashRNAを紹介する。公表済みのデータセットおよび新たなデータセットによって訓練されたSplashRNAは、従来のアルゴリズムを超える性能を持ち、任意の遺伝子に対する最も効率的なshRNAを高い信頼度で予測する。最適化されたmiR-Eバックボーンと組み合わせることにより、SplashRNAで高スコアと予測されたものの90％以上が、1カ所のゲノム組み込み部位からの発現で85％以上のタンパク質ノックダウン引き起こした。SplashRNAは、機能喪失の遺伝学研究の正確度を大幅に改善することができ、コンパクトなshRNAライブラリーの構築を容易にする。