ショットガンメタゲノミクス：試料収集から解析まで

細菌、アーキア、ウイルス、および単細胞真核生物の多様な微生物群集は、環境および人間の健康に極めて重要な役割を担っている。しかし、微生物は実験室での培養が困難な場合が多く、それが各微生物のカタログ化および群集の機能の理解の妨げとなることがある。ハイスループットな塩基配列解読技術と電算パイプライン一式の組み合わせによってショットガンメタゲノミクス法が考案されたことで、微生物学は一変した。しかしなお、塩基配列が解読済みのゲノムとの類似性が低い生物を含む極めて複雑な試料または環境が対象である場合は特に、基盤とするものがアセンブリーであれマッピングであれ、メタゲノムのプロファイル評価に影響する問題を克服する電算的方法が必要である。こうした群集の機能の理解および具体的系統の特性評価は、バイオテクノロジーによる創薬の期待とともに微生物工場による画期的な製品合成法をもたらし、地球、動物および人間の健康への微生物の寄与を正確に示すことができる。