短い縦列反復配列の伸長およびそのメチル化状態のナノ細孔配列解読法による解析

短い縦列反復配列の伸長は、神経精神障害など複数の疾患に関連付けられている遺伝子バリアントであるが、ポリメラーゼに基づく現在の方法では評価が困難である。本論文では、ナノ細孔配列解読のためのCRISPR–Casに基づく濃縮法を生シグナル解析用のアルゴリズムと合わせて紹介する。STRique（short tandem repeat identification, quantification and evaluation）と命名したこの方法は、従来のナノ細孔リードの配列マッピングを、反復配列の境界の位置を特定するための生シグナルのアラインメント、隠れマルコフモデルに基づく反復配列計数機構と組み合わせている。我々は、伸長した反復配列と隣接領域に関して、反復配列数の正確な定量とCpGメチル化状態の判定を、増幅を行うことなく単一分子レベルで行った。我々の方法によって、これまで解析不可能であったゲノム領域とそのエピジェネティックな標識の研究が可能となる。