単一細胞の発生経路推論法の比較

発生経路を推論する研究では、数千個もの単一細胞のゲノム規模のオミクスデータを解析し、それらの細胞の順序を発生経路に沿ってコンピューターで推論する。発生経路を推論するツールはすでに70種類以上が開発されているが、必要な入力と得られる出力モデルがかなり多様であるため、性能の比較は困難である。今回我々は、そのうち45種類の方法に関して、実際のデータセット110組と合成データセット229組により、細胞の順序付け、トポロジー、拡張性、および使いやすさの比較評価を行った。その結果、既存のツールの相補性が示され、方法の選択は主としてデータセットの次元と経路のトポロジーによって行うべきであることが明らかになった。こうした結果に基づき、我々は、ユーザーが自身のデータセットに最適な方法を選択するための助けとなる一連の指針を作成した。無料で利用可能なこのデータおよび評価パイプライン（https://benchmark.dynverse.org）は、ますます大規模で複雑なものになりつつある単一細胞データセットの解析用に設計される改良版ツールの開発を支援すると考えられる。