同一由来の対照が存在しない配列解読データでのモザイクバリアントの正確な検出

正常な発生で生じたモザイク変異の検出は困難である。それは、そうした変異が一般的にごく一部の細胞にしか存在せず、生殖系列バリアントおよび非偶発的なアーティファクトを排除するための明確な同一由来の対照が存在しないためである。本論文では機械学習法MosaicForecastを紹介する。これはリードに基づくフェージングおよびリードレベルの特徴を利用してモザイク一塩基バリアントおよびモザイクインデルを正確に検出する方法であり、特異性は既存のアルゴリズムの数倍となった。我々は単一細胞塩基配列解読法および選択的塩基配列解読法を用いて、ヒト脳全ゲノム塩基配列解読データで検出されたモザイク一塩基バリアントの80～90％およびモザイクインデルの60～80％を確認した。今回の方法は、疾患の原因および発現に対するモザイク体細胞変異の寄与を明らかにするのに有用と考えられる。