アデニンおよびシトシン塩基エディターの塩基配列特異的な効率予測

アデニン塩基エディター（ABE）やシトシン塩基エディター（CBE）などの塩基エディターは、点変異の導入に広く用いられている。しかし、ゲノム環境中の特定ヌクレオチドが編集されるかを見極めるには、時間のかかる実験を行う必要がある。さらに、編集可能な範囲に複数の標的ヌクレオチドが含まれると、さまざまな遺伝子型の産物が生じる場合がある。我々は、塩基編集の効率と生成物頻度を予測する計算ツールを開発するために、まず、あるABEとCBEの効率および生成物頻度を、それぞれ1万3504本と1万4157本の標的塩基配列に関してヒト細胞で評価した。塩基エディターとCas9では、同じ標的での活性にごく弱い非対称的な相関関係しかないことが明らかになった。我々は、ディープラーニングに基づくコンピューターモデリングを用いて、全ての標的塩基配列でのABEとCBEによる編集の効率と生成物頻度を予測するツールを構築した。ピアソンの相関係数は0.50～0.95であった。今回のツールおよび結果は、塩基編集による遺伝病のモデル化と治療的修正を促進すると考えられる。