単一細胞におけるクロマチン接近可能性、遺伝子発現、およびタンパク質レベルの拡張可能な多層的プロファイリング

近年の技術的進歩によって、scATAC-seq（single-cell assay for transposase accessible chromatin by sequencing）による超並列クロマチンプロファイリングが可能になっている。本論文では、クロマチン接近可能性とタンパク質発現を同時にプロファイリングする手法であるASAP-seq（ATAC with select antigen profiling by sequencing）を紹介する。この手法では、疎なscATAC-seqのデータに、細胞表面と細胞内の数百のタンパク質マーカーの確実な検出と、クローン追跡のためのミトコンドリアDNAキャプチャーのオプションを組み合わせて、単一細胞レベルで異なる3層の情報を取得する。ASAP-seqは、タンパク質測定を単一細胞RNA塩基配列解読と組み合わせる既存の技術向けに設計された抗体オリゴヌクレオチド複合体を転用する橋渡し的な手法である。遺伝子制御のセントラルドグマにわたる遺伝子活性を評価するためにCITE-seq（cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing）を応用したDOGMA-seqと合わせて、体系的なマルチオームプロファイリングは、分化する通常の造血幹細胞と刺激された末梢血単核細胞におけるクロマチン、RNA、および表面タンパク質の協調的で明確な変化を明らかにすることにより、初代T細胞の多重摂動のコンビナトリアルなデコーダーとレポーターとして、その有用性が実証された。