ヒト細胞でのプライム編集ガイドRNAの効率を予測する

プライム編集は、ドナーDNAや二本鎖切断によらずに事実上あらゆる小型の遺伝的変化の導入を可能にする。しかし、プライム編集効率の評価には時間のかかる実験が必要であり、効率に影響する要因が幅広く研究されているわけではない。本研究では、プライム編集ガイドRNA（pegRNA）と標的配列のペア5万4836組を用いて、ヒト細胞でプライムエディター2（PE2）の活性のハイスループット評価を行った。得られたデータセットから、我々はPE2の効率に影響する要因を突き止めて、pegRNAの効率を予測する3つの計算モデルを開発することができた。これらの計算モデルは、任意の標的配列について、多様なタイプと位置を編集するためにさまざまな長さのプライマー結合部位と逆転写酵素鋳型を持つpegRNAの効率を予測する。訓練に用いなかったテストデータセットを用いて予測の正確度を検定したところ、スピアマンの相関係数は0.47～0.81であった。我々の計算モデル、およびPE2の効率に影響を与える要因の情報は、プライム編集の実用化を促進すると考えられる。