複雑な進化史からの適応度の推測において遺伝的連鎖を解明するMPL

遺伝的連鎖のために、集団内の新たな変異の運命は、それらが現れた遺伝的背景に左右される。このため、個々の変異が適応度にどのような影響を及ぼすかを明らかにするのは難しい。我々は、この課題を解決するために、進化史から選択を推測して遺伝的連鎖を解明する方法であるMPL（marginal path likelihood）を開発した。実データセットと模擬データセットの検証によって、MPLが迅速かつ正確であり、既存の推測手法よりも優れていることが示された。我々は、複雑な進化集団での選択を正確に定量化するには連鎖の解明が極めて重要であることを見いだし、複数の患者データセットを用いるHIV-1の宿主内進化の定量解析によってそれを実証した。集団全体を急速に塗り替えるバリアントによって生じる連鎖の影響は特に強力で、ゲノム全体に拡散する。総合すると、今回の結果は自然選択の研究で連鎖の解明が重要であることを主張するものである。