CELLO-seqによる単一細胞の転位因子の座位特異的発現

転位因子（transposable element；TE）は、初期発生からがんまでのさまざまな生物学的過程を調節している。新しいTEの発現を次世代型の単一細胞塩基配列解読技術で測定することは困難であり、これは新しいTEの反復性が高く、短い相補的なDNAリードを特定の座位に明確にマッピングできないためである。CELLO-seq（Single CELl LOng-read RNA-sequencing）は、ロングリードの単一細胞RNA塩基配列解読をコンピューターによる解析と組み合わせ、特定座位でのTEの発現を測定する。CELLO-seqを用いることにより、マウス2細胞割球とヒト人工多能性幹細胞で広範なTE発現を評価した。どちらの種でも、古いTEと新しいTEは座位特異的な発現の証拠を示し、シミュレーションにより、参照ゲノムに高い信頼度でマッピングし直すことができないのはマウスの極めて新しい因子のごく一部のみであることが示された。個別の因子の発現と推定上の調節因子の発現の関係を調べたところ、大きな不均一性が明らかになり、1つのクラス内のTEにさまざまな相関パターンが認められ、異なる調節機構が示唆された。