哺乳類トランスクリプトーム全体のm⁶A RNA修飾を1塩基分解能で測定する

RNAのN⁶-メチルアデノシン（m⁶A）修飾の機能研究は、トランスクリプトーム全体の個々のm⁶A修飾部位をマッピングすることができないために進展していない。そうした研究を可能にするべく、本論文ではm⁶A-SAC-seq（m⁶A-selective allyl chemical labeling and sequencing）を紹介する。これは、m⁶Aの定量的な全トランスクリプトームマッピングを1塩基分解能で行う方法である。この方法は、約30 ngのポリA RNAまたはrRNA除去RNAしか必要としない。我々は、細胞系列に由来するRNA、およびヒト造血幹・前駆細胞（HSPC）からのin vitroの単球形成中のRNAに関して、m⁶A修飾の化学量論のマッピングを行った。その結果、細胞分化中のメチル化状態が極めて動的な細胞状態特異的m⁶A部位が無数に発見された。また、HSPCの分化に欠かせない重要な転写因子をコードする転写物、またはそうした転写因子による調節を受ける転写物に関して、発現レベルとともにm⁶Aの化学量論が変化することが観察された。m⁶A-SAC-seqは、わずかな量のRNAを用いて多様な生物学的過程におけるm⁶A部位の動態および機能的役割を定量的に分析する方法である。