クロマチン状態の細胞不均一性のscCUT & Tag-proによる解析

クロマチン修飾を単一細胞分解能で解析する技術は機能的ゲノム解析の方面で期待が大きいが、測定結果の少なさ、および複数の結合マップの統合が大きな課題となっている。本論文で紹介する単一細胞（sc）CUT & Tag-proは、単一細胞の表面タンパク質の存在量と合わせてタンパク質–DNA相互作用のプロファイルを得る多モードの分析法である。また、複数の実験のデータを統合し、コンビナトリアルなヒストン修飾パターンに基づいてクロマチン状態の推定およびアノテーションを行う単一細胞ChromHMMも紹介する。この2つのツールを用いて、ヒト循環血中免疫細胞で9種類の分子モダリティーの統合的解析を行った。我々は、この2つの方法が、個別の細胞状態と連続的な発生経路の両方で個々のゲノム要素の機能の動的変化をどのように解明し、クロマチン状態を確立する関連モチーフおよび調節因子をどのように選び出し、大規模で細胞型特異的な調節プライミングをどのように明らかにするかを示した。最後に、我々の統合的なリファレンスを足場に新たなscCUT & Tagデータセットのマッピングおよびその解釈の改善がどう行われるかを示した。