単一細胞の適応免疫受容体のレパートリーを用いてリンパ球の発生的起源を探るDandelion

単一細胞の遺伝子発現（単一細胞RNA塩基配列解読）と適応免疫受容体（AIR）の塩基配列解読（scVDJ-seq）の評価は、リンパ球の生物学的特性の研究に極めて有益である。本論文では、scVDJ-seq解析用の計算的パイプラインであるDandelionを紹介する。Dandelionは、標準的なV(D)J解析ワークフローの単一細胞データセットへの応用を可能とし、V(D)Jコンティグのアノテーションの改善と、非生産的なコンティグおよび部分的にスプライシングを受けたコンティグの特定を行う。我々は、差次的V(D)J使用解析と疑似時間経路推論の両方に用いることができるAIR特徴空間の作成戦略を考案した。Dandelionの応用により、ダブルポジティブT細胞の成熟シングルポジティブCD4/CD8 T細胞へのヒト胸腺発生経路の整列が改善され、細胞系譜の運命拘束を調節している因子の予測が行われた。他の細胞区画のDandelion解析では、ヒトB1細胞の起源とILC/NK細胞の発生に関する知見が得られ、今回の方法の能力が示された。Dandelionは、https://www.github.com/zktuong/dandelionで入手可能である。