相対的および絶対的マイクロバイオーム測定でサンプル収集法によって持ち込まれる偏りの定量

微生物測定の正確さを把握するには、試料の状態、保存方法、およびバイオインフォマティクス解析に関連する偏りの原因を評価することが重要である。腸内の微生物の総数や濃度、すなわち「絶対量」を測定することは、相対量以上に豊かな情報源となり、相対量データから導かれた結論の一部を修正することもあるという証拠が増えている。しかし、保存試薬の選択がそうした測定結果にどのような影響を与え得るかはほとんど分かっていない。本研究では、微生物測定の相対値と絶対値に対する2種類の一般的な保存試薬と短期の保存条件の影響を調べた。OMNIgene GUT OMR-200は異なる保存温度でのメタゲノムの分類学的変動が小さかった一方、Zymo DNA/RNA Shieldはメタトランスクリプトームの分類学的変動が小さかった。絶対量を測定することで、保存試薬によってバクテロイデス門とファーミキューテス門の比率が異なる原因が2つ明らかにされた。以上の結果から、野外研究にはOMNIgene GUT OMR-200、メタトランスクリプトミクス研究にはZymo DNA/RNA Shieldの保存試薬が推奨され、微生物の測定では絶対値の定量を行うことが強く推奨される。