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免疫：初代培養の免疫細胞における遺伝子発現の 遺伝学から細胞種特異的なマスター調節因子およびHLA対立遺伝子の役割が同定される

2012年5月1日 Nature Genetics 44, 5 doi: 10.1038/ng.2205

トランス性に作用する配列多様性は、あまり特徴が明らかになっていないが、遺伝性の遺伝子発現決定因子としての役割は大きい。ボランティアの血液より純化された初代培養の単球およびB細胞を対として用い、主に細胞種特異的な新規のシス性およびトランス性の発現量的形質遺伝子座（eQTL）を同定した。これには、単球におけるLYZおよびB細胞におけるKLF4とトランス性の関連がある多数の遺伝子座が含まれていた。さらに、12q13.2（自己免疫疾患遺伝子座であることが知られている）のrs11171739とIP6K2（P=5.8×10^–15）、PRIC285（P=3.0×10^–10）およびCDKN1Aの上流領域（P=2×10^–52）にB細胞特異的なトランス性の関連が観察されることから、自己免疫の発症機序に細胞周期の調節およびペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ（PPARγ）シグナル伝達が役割を担っていることが示唆された。また、特定のヒト白血球抗原（HLA）対立遺伝子とAOAHおよびARHGAP24の発現に、単球ではトランス性の関連があるが、B細胞ではないこともわかった。まとめると、我々は、明確な初代培養細胞集団での遺伝子発現をマッピングすることによって、新規の細胞種特異的トランス性調節ネットワークを同定し、また、疾患感受性の遺伝学的基盤を理解する手がかりを得たことを示す。

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