腸炎菌：高所得国での腸炎および低所得国での侵襲性疾患に関連する異なる腸炎菌（Salmonella Enteritidis）系統

腸炎菌（Salmonella enterica serovar Enteritidis）をめぐる疫学にはパラドックスがある。腸炎菌は、高所得国では、家禽関連の自己限定性の腸炎の流行を引き起こすが、サハラ砂漠以南のアフリカでは、侵襲性非チフス性サルモネラ（invasive nontyphoidal Salmonella）症の主要原因であり、高い致死率に関連している。45の国の675の腸炎菌分離株の全ゲノム塩基配列解析から、腸炎菌には世界的な流行クレードが1つ存在すること、また、アフリカの別々の地域に地理的に制限されている2つの新しい腸炎菌クレードが存在することが示された。アフリカの分離株は、ゲノムの縮小、プロファージの新規レパートリー、多剤耐性プラスミドの拡大を示した。腸炎菌は、ニッチ可塑性を示すサルモネラ菌（Salmonella）血清型のさらなる例であり、卵の産業生産と関連する胃腸炎や、アフリカの多剤耐性血流侵襲性感染の顕著な原因になり得る異なるクレードを含んでいる。