診断：PPARGに存在しうる全ミスセンスバリアントの予測機能分類

臨床でのエキソーム塩基配列決定により、日常的に疾患関連遺伝子のミスセンスバリアントが同定されているが、その機能的な特徴付けが行われることはほとんどなく、そのため診断における重要性が不確実となる。例えば、PPARGの変異により、メンデル遺伝するリポジストロフィーが引き起こされたり、2型糖尿病（T2D）のリスクが上昇したりする。そして、500人のうち約1人はPPARGのミスセンスバリアントを持つことが分かっているが、ミスセンスバリアントを持つ人がどのような結果を示すかはほとんど解明されていない。PPARγバリアントの特徴を予測するため、オリゴヌクレオチドの高度な並行合成法を用いて、9,595か所の全ての一アミノ酸置換をコードするライブラリーを構築した。我々は、ヒトマクロファージにおいてこのプールを用いた機能アッセイを開発し、全てのタンパク質バリアントを実験的に評価して、その実験データを用いて、教師あり機械学習によってバリアント分類ツールを学習させた。集団を基盤とする塩基配列決定および臨床での塩基配列決定で同定された55の新しいミスセンスバリアントにこの分類ツールを適用すると、6つのバリアントが病的であると注釈付けされた。次にこれらのバリアントを単一バリアントアッセイで確認した。飽和変異誘発と前向きな実験的特徴付けが、疾患関連遺伝子の新たに発見されたミスセンスバリアントの迅速な診断的解釈を可能にする。