免疫：Immunosequencingからサイトメガロウイルス曝露歴とHLAがT細胞レパートリーに及ぼす影響のシグネチャーが明らかになる

ある人のT細胞レパートリーには、病原体への曝露歴の変化がコードされている。パブリック（多数の人に共有される遺伝子配列の）T細胞受容体（TCR）を確認することにより、病原体への曝露シグネチャーを同定できるのではないだろうか。それを検証するため、血清中のサイトメガロウイルス（CMV）抗体の有無が既知である666人について、immunosequencing（免疫系遺伝子の塩基配列決定）によってT細胞レパートリーのプロファイリングを行った。我々は、統計学を用いた分類方法を開発し、得られたTCRβ塩基配列のカタログから、最初のコホートおよび120人からなる検証コホートの両方において、高い特異性と感受性でCMV抗体の有無を診断することができた。また、同定されたCMV関連TCRβ分子のうちの3つがin vitroでCMVに結合することも確認した。さらに、この手法を用いて最初のコホートの大部分の人のHLA-AおよびHLA-Bの対立遺伝子を正確に予測することができた。我々の手法は高度に並列化できる診断戦略であり、全ての記憶T細胞応答は体細胞TCR組換えという共通の形式にコードされるので、他の免疫学的表現型にも、さまざまな疾患状態にも一般化できる可能性がある。