グアニン四重鎖：G4accessはグアニン四重鎖を発見し、それらとオープンクロマチンやインプリンティング制御領域との関連を明らかにする

後生動物のプロモーターには、グアニン四重鎖（G4）などのDNA二次構造形成モチーフが豊富に見られる。今回我々は、ヌクレアーゼ消化を用いてオープンクロマチンに伴うG4を単離し、その塩基配列決定を行うG4accessという手法について報告する。G4accessは抗体や架橋を用いることなく、計算的に予測されたG4（pG4）を濃縮する（それらのほとんどはin vitroで確認された）。ヒトやマウスの細胞でG4accessを用いたところ、細胞タイプ特異的なG4の濃縮がヌクレオソーム排除やプロモーター転写と相関することが分かった。G4accessはまた、G4リガンド投与や、HDAC阻害剤やG4ヘリカーゼ阻害剤処理の後に起こるG4レパートリー使用の変化を測定可能にする。ハイブリッドマウスの相互交雑から得た細胞に対してG4accessを用いると、G4が活発なインプリンティング領域の制御に働いていることが示唆された。その結果と一致して、G4accessのピークはメチル化されていないが、pG4でのメチル化は、DNA上のヌクレオソーム再配置と相関していることが観察された。まとめると本研究は、細胞動態におけるG4研究に新たなツールを提供し、G4とオープンクロマチンや転写との関連、およびG4とDNAメチル化との拮抗を明らかにしている。