GLIPH2によるT細胞受容体のクラスター化およびゲノム規模抗原スクリーニングによって結核菌免疫応答を解析する

CD4⁺ T細胞は病原体との闘いに重要であるが、ヒトT細胞の特異性の包括的な解析は、HLA対立遺伝子の多様性（2万を超える）と多くの病原体ゲノムの複雑性によって妨げられている。我々は以前、同一のエピトープを認識するT細胞受容体（TCR）をクラスター化して、そのHLA拘束性を予測するアルゴリズムGLIPHについて報告したが、この方法は1万を超えるTCRの解析では効率と正確度が低下する。本論文では、数百万のTCR塩基配列の処理が可能な改良型アルゴリズムGLIPH2について記述する。我々は、GLIPH2を使用して、結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の潜伏感染者58例に由来する固有の1万9044のTCRβ塩基配列を解析し、その特異性に従ってグループ化した。我々は、結核菌特異的なT細胞のクラスターの標的となるエピトープを特定するために、人工抗原提示細胞とレポーターT細胞を使用して、結核菌のタンパク質コード遺伝子の95％をカバーする3724種類のタンパク質のスクリーニングを行った。その結果、結核菌では少なくとも5つのPPE（Pro-Pro-Glu）タンパク質がT細胞認識の標的であることが明らかになった。