mRNAの電気泳動捕捉による拡張可能なin situ単一細胞プロファイリングを行うEEL FISH

トランスクリプトームを空間的にプロファイリングする方法は、分解能とスループットとのトレードオフによって支配されている。今回我々は、空間分解能を損なうことなく大きな組織試料を迅速に処理することができる方法「EEL FISH（Enhanced ELectric Fluorescence in situ Hybridization）」を開発した。EELは、RNAを電気泳動で組織切片から捕捉面上へ移すことにより、必要な画像の量を減らしてデータ取得を加速させる一方、RNA分子を捕捉面へまっすぐ移動させるようにすることで単一細胞の分解能を維持する。EELをマウス脳の8つの矢状断面全体に用いると、最大440個の遺伝子の発現パターンが測定され、複雑な組織構成が明らかになった。さらに、EELでは自己蛍光を発するリポフスチンが除去されるため、難しかったヒト試料の測定が可能になり、ヒト視覚野の空間トランスクリプトームが可視化された。我々は、ハードウエアの全仕様に加え、全てのプロトコル、さらには装置の制御、画像処理、データ解析、および視覚化用の全ソフトウエアを提供する。