迅速かつ正確にタンパク質の構造を検索するFoldseek

構造予測手法によって数百万ものタンパク質の構造が得られて公開されており、こうしたデータベースの検索がボトルネックとなりつつある。Foldseekは、タンパク質内のアミノ酸の高次構造的な相互作用を構造アルファベットの配列として記述することにより、データベースに対して照会タンパク質の構造のアラインメントを行う。Foldseekによって、計算時間は4～5桁短縮され、感度はDali、TM-align、CEに対してそれぞれ86％、88％、133％であった。