COVID-19：ブラジルのアマゾナス州でのCOVID-19は地域固有の複数系統の持続とP.1の出現によって引き起こされた

アマゾナス州の北部は、ブラジルでの新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行によって最も甚大な影響を受けた地域の1つであり、2020年の前半と後半に2回の急激に増大する流行の波を経験した。2020年3月から2021年1月の間に採取された、アマゾナス州の別々の自治体由来の250の重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）ゲノムに基づくゲノム疫学的研究によって、1回目の急激な感染数増大は大部分がB.1.195系統の伝播によって引き起こされ、この流行は2020年5月から6月の間にB.1.1.28系統に徐々に置き換わったことが分かった。感染第2波は、「懸念される変異株（VOC）」であるP.1の出現と時期が一致している。この系統は、2020年11月下旬に地域固有の変異体であるB.1.1.28クレードから進化し、2か月以内に親系統と置き換わった。我々の知見は、アマゾナス州で連続的に起こった系統の置き換わりは、ソーシャルディスタンシング対策のレベルの変化とより伝播性の高いVOC P.1ウイルスの出現の複雑な組み合わせによって引き起こされたという結論を裏付けている。これらのデータは、COVID-19の流行の波の基盤となる機構の理解と、ブラジルに加えて、おそらくは世界中でのSARS-CoV-2 VOC P.1系統の伝播のリスクについての手掛かりを与えるものだ。