ハイブリダイゼーションに基づくさまざまな技術による遺伝子発現測定結果の配列重視型比較

ここ10年間、遺伝子発現マイクロアレイは生物医学研究に多大な影響を与えてきた。研究に用いられるプラットフォームおよび分析方法が多様であるため、別々のプラットフォームによるデータ同士の比較は困難であった。本論文では、プラットフォーム間および研究室間の比較を行うための枠組みを紹介する。利用可能な市販および自製プラットフォームをほぼすべて対象とするよう努めた。エキソンレベルでマッチするプローブ配列を用いると、アノテーションによるマッチと比較して、異なるマイクロアレイプラットフォーム間の測定結果の整合性が向上した。一般に高発現遺伝子では整合性が高く、低発現遺伝子は不安定で、このことは定量リアルタイム（QRT）PCRで確認された。研究室間では、プラットフォームが同一の場合の方が異なる場合と比較して測定結果がよく一致した。厳しい条件で前処理を行うと、市販アレイは自製アレイと比較して整合性が高く、多くの場合一色素プラットフォームは二色素プラットフォームとの比較で整合性が高いことが裏づけられた。