レポーターアッセイ：一細胞大量並列レポーターアッセイによる細胞タイプ特異的な遺伝子調節の検出

大量並列レポーター遺伝子アッセイは、調節ゲノミクスにおける主要なツールだが、異なる細胞タイプで連続的なアッセイを行うことができなければ、細胞タイプ特異的な調節配列の検出には利用できない。我々はこの課題に取り組むために、一細胞大量並列レポーターアッセイ（scMPRA）を開発し、複数の細胞タイプで同時にシス調節配列（CRS）ライブラリーの活性を測定した。我々は、HEK293細胞とK562細胞の混合物でコアプロモーターのライブラリーを分析することにより、scMPRAが再現性のある、高度に並列化された一細胞レポーター遺伝子アッセイであり、細胞タイプ特異的なシス調節活性を検出できることを示す。次に我々は、さまざまな細胞タイプで構成されている生きたマウス網膜を用いて、プロモーター変異体のライブラリーを測定し、わずかに異なる遺伝的変異体が、シス調節活性に対して細胞タイプ特異的な効果を生み出し得ることを明らかにした。scMPRAは、さまざまな細胞タイプにおけるCRSの役割を研究するために、広く適用できると期待する。