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バイオインフォマティクス：ネットワークモデリングは乳癌の感受性と中心体の機能障害とを結びつける

Nature Genetics 39, 11 doi: 10.1038/ng.2007.2

多くの癌関連遺伝子において、癌の感受性と進行についてのその分子的なメカニズムはいまだに解明されていない。癌遺伝子中のどの突然変異が、転写・翻訳後、複雑な細胞のネットワークに影響を及ぼすかをさらによく理解することも求められている。本論文では、乳癌について、リスクを高めるのに関連する可能性のある遺伝子を同定するため、ネットワークモデリング戦略を用いた。機能的に関連している可能性のある866の関係性により結びつけられた、118の遺伝子を含むネットワークを生成するため、まず、乳癌の癌抑制遺伝子をコードする4つの既知遺伝子からはじめ、遺伝子発現プロファイリングと、さまざまな種における機能ゲノミクス、プロテオミクス（あるいはそれら「オミックス」）のデータを組み合わせた。このネットワークは、偶然に生成されうる接続性よりも高い接続性を示し、その構成因子が、生物学的に関連する経路中で機能していることを示唆している。ネットワークの構成因子の1つは、HMMR遺伝子である。この遺伝子は、中心体のサブユニットをコードしており、乳癌関連遺伝子であるBRCA1遺伝子との未知の機能的な関蓮がすでに我々により見いだされていた。2つの偶発性乳癌に関する症例対照研究は、HMMR遺伝子の座位がヒトにおける乳癌のリスクを高めることに関連することを示している。私たちのネットワークモデリング戦略は、さらなる癌関連遺伝子の発見に有用であると期待される。
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