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関節リウマチ：CD28、PRDM1、CD2/CD58の遺伝子バリアントは関節リウマチ発症リスクと関連する

2009年12月1日 Nature Genetics 41, 12 doi: 10.1038/ng.479

関節リウマチ（RA）発症リスクに関連する新たな座位を発見するため、症例3,393例と対照12,462例を含むRAのゲノムワイド関連解析（GWAS）のすでに報告されたメタ解析において、P値が0.001より小さい179の別々の座位由来の370のSNPを系統的に調べた。 Gene Relationships Across Implicated Loci （GRAIL）と名づけた手法を使って、この179の座位について、16の確定RA疾患座位に存在する遺伝子との機能的な関連性を評価した。この手法は、コンピュータを使って、統計学的なテキストマイニングの手法をPubMedの抄録（アブストラクト）に適用するものである。その結果、機能上のつながりがかなりの程度で認められる、22の座位を同定した。そして、22座位それぞれのRAリスクSNPの遺伝型を、症例7,957例と対応対照11,958例からなる別個のセットで決定し、検証した。22のうち3つの座位については、確かにRAリスク座位であることが確認された。CD2-CD58〔rs11586238、P（再現性解析）=1×10⁻⁶、P（全体）=1×10⁻⁹〕、CD28〔rs1980422、P（再現性解析）=5×10⁻⁶、P（全体）=1×10⁻⁹〕、PRDM1〔rs548234、P（再現性解析）=1×10⁻⁵、P（全体）=2×10⁻⁸〕の各座位である。さらにもう4つの座位では、関連の再現性がみられた（P <0.0023）。すなわち、TAGAP〔rs394581、P（再現性解析）=0.0002、P（全体）=4×10⁻⁷〕、PTPRC 〔rs10919563、P（再現性解析）=0.0003、P（全体）=7×10⁻⁷〕、TRAF6-RAG1〔rs540386、P（再現性解析）=0.0008、P（全体）=4×10⁻⁶〕、FCGR2A〔rs12746613、P（再現性解析）=0.0022、P（全体）= 2×10⁻⁵〕である。これらの座位の多くは、RA以外の免疫疾患にも関連を示す。

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