Article マラリア：西アフリカのマラリアに対する高精度のゲノムワイド関連解析 2009年6月11日 Nature Genetics 41, 6 doi: 10.1038/ng.388 ガンビアにみられる重症のマラリアについて行ったゲノムワイド関連（GWA）解析について報告する。まず、Affymetrix 500K GeneChipを用いて2,500人の子どもを対象に関連解析を行い、次に、3,400人の子どもを対象に検証解析を行った。これにより、アフリカでのGWA解析手法の能力を評価した。その結果、かなりの程度の集団の階層化を見いだし、また、既知のマラリア抵抗性遺伝子座とのシグナルの関連は、弱い連鎖不平衡（LD）によりかなり低下していることがわかった。低いLDの問題を解消する方法として、HbS遺伝子座に注目し、ゲノムのこの領域を62人のガンビア人で塩基配列決定し、このデータを用いてGWAサンプルの多点補完を行うために利用した。 それにより関連シグナルは、P=4×10−7からP＝4×10−14と上昇し、シグナルのピークはHbS原因変異の位置に正確に現れた。我々の示した研究原理は、集団に特異的な塩基配列データにもとづいた高精度の多点補完によって、真のGWAシグナルを十分に増強させ、アフリカ人集団において原因変異の詳細なマッピングを可能とすることを示した。 Full text PDF 目次へ戻る
