Letter 関連解析：ゲノムワイド関連解析に適応させた線型混合モデルアプローチ 2010年4月1日 Nature Genetics 42, 4 doi: 10.1038/ng.546 線型混合モデル（MLM）は、ゲノムワイド関連解析における集団構造や近縁性の調整で、その有用性が証明されてきた。しかしながら、このモデルにもとづく手法は、大規模なデータセットを処理する場合に、コンピューターに対する負荷が大きい。そこで報告では、「圧縮する」方法について報告する。compressed MLMと名付けたこの手法は、被験者をグループにクラスタリングすることにより、このようなデータセットにおける実質のサンプルサイズを減らしている。また、補完的なアプローチであるpopulation parameters previously determined （P3D）についても報告する。これは、分散成分についての再計算の必要性を除去する方法である。私たちは、ヒト、イヌ、トウモロコシで選択した遺伝的関連データセットに対し、これら2つの手法を独立および統合の両方で適用し、解析を行った。2つの手法を同時に適用した場合、計算時間を顕著に減らすことができ、統計の検出力も維持できたか、もしくはよくなった。部分構造の調整における有用性を示すために、さまざまな生物種や遺伝子構造についての遺伝的関連のデータセットについてシミュレーションを行った。ここで報告した方法は、TASSELプログラム中で利用可能となっている。 Full text PDF 目次へ戻る
