関連解析：全ゲノム関連解析のための、迅速分散成分に基づく方法

大きなサンプルサイズを含むゲノムワイド関連解析（GWAS）に使われる、分散成分テストは、遺伝的マーカーが数十万を超えるとコンピューターに負荷がかかる。本報告では、非常に速い、分散成分に基づく2段階法であるGRAMMAR-Gammaを紹介する。この方法はスコアテストアプローチの枠組みの中の解析近似として開発された。ヒトGWASの疑似データと真のデータセットを用いて、この方法がSNP効果の不偏推定を可能とし、尤度比テストを用いた方法と非常に近い検定力をもつことを示す。我々の方法の計算複雑性は、理論的な最小値に近く、言い換えれば遺伝的構造を無視した解析の複雑度に近い。我々の方法の実行時間は、他の既存の方法がサンプルサイズに対して2次関数的に増えていくのに対し、サンプルサイズに線型的に比例する。シミュレーションの結果から、GRAMMAR-Gammaが、大きなヒトコホートの全ゲノムリシーケンシング（塩基配列再決定）研究の関連解析において使用しうることが示唆された。