ハプロタイプ分析：隣接性を保持した転位と索引の組み合わせによるハプロタイプ分解能を持つ全ゲノム塩基配列決定

ハプロタイプ分析が可能な全ゲノム塩基配列決定は医学関連の遺伝子多様性を解釈したり、集団の歴史を詳細に推定したり、また、非侵襲性の胎児ゲノムの予測を可能にするものである。今回我々は、隣接性を保持した転位（CPT-seq）、および索引の組合せに基づいて行うゲノムワイドのハプロタイプ判定法について報告する。Tn5による転位を用いて、アダプターと索引配列の付いたDNAを、隣接性を保持したまま改変した。DNAの希釈と区画化の後、トランスポザーゼを除去し、個々に索引付けされたDNAのライブラリーに分解した。それぞれの区画内でのライブラリーは、隣接するゲノム要素が含まれているので、PCRによりさらなる索引付けを行った。転位とPCRの両方での96要素の組み合わせによる索引により、およそ1万の「仮想コンパートメント」のそれぞれで段階的な合成リードの構築が可能になる。我々はヒトゲノム中にある95％以上のヘテロ接合性変異を、正確で長いハプロタイプブロック（N50=1.4〜2.3Mb）にアセンブルすることにより、本手法の有用性を実証した。この迅速でスケーラブルな費用効果のあるワークフローは、ヒトゲノムの塩基配列決定でハプロタイプの分析を一般的に行えるようにするものである。