肺炎球菌：高密度でのゲノム試料抽出により肺炎球菌の組換えの主経路が同定される

肺炎連鎖球菌（肺炎球菌）Streptococcus pneumoniaによる臨床的介入の回避は、非感受性ゲノム配列の選択を介して起こる。我々は、2.4 km²の難民キャンプの肺炎球菌保因者から得られた3,085の肺炎球菌分離株についての全ゲノム配列決定を報告する。この配列決定は、肺炎球菌の組換え過程やその集団進化に与える影響について、これまでにない解像度での解析を提供する。ゲノム組換えのホットスポットには、系統（株）間での顕著な一貫性が示されたので、ある座位（特に抗生物質耐性に関連する座位）で作用する共通の選択圧があることが示される。抗生物質消費量の経時変化が、組換え傾向の変化を反映することから、選択圧が高い場合に耐性が急速に拡大することが実証される。組換えが起こったDNA断片の授与および供与は、非被包性系統に最も高頻度で観察されたことから、この概して見落とされてきた肺炎球菌群（現在のワクチンの範囲外である）が、遺伝学的交換や種全体としての適応に主要な役割を担っているかもしれないことが示唆される。これらの知見は、肺炎球菌集団の動態の理解を進め、また、将来の介入戦略計画のための情報となる。