長鎖非コードRNA：k-merの内容により長鎖非コードRNAを機能的に分類

ほとんどの長鎖非コードRNA（lncRNA）の機能は明らかになっていない。lncRNAは、タンパク質とは異なり、同様の機能を持つものであっても、直鎖状の塩基配列に相同性がないことが多い。従って、1つのlncRNAの機能が明らかになっても、他のlncRNAの機能を特定するための情報が得られることはほとんどない。本論文では、lncRNAの直鎖状の塩基配列間に見られる関係を見つけ出すための塩基配列比較法を開発し、k-merという短いモチーフの量を基に類似性を評価した。関連する機能を持つlncRNAは、直鎖状の配列相同性はなくてもk-merプロファイルが似ていることが多く、また、k-merプロファイルは、lncRNAへのタンパク質結合やlncRNAの細胞内局在と相関することが分かった。我々は、Xist様の調節能を定量するための新しい手法を用いて、進化的に関連のないlncRNAが、関連した塩基配列モチーフのさまざまな空間的配置を通して類似の機能をコードできることを実証した。k-merを基盤とする分類は、lncRNAの塩基配列と機能の間によく見られる関係を検出するための強力な手法である。