がん免疫療法：近位バリアントの解明がネオアンチゲンの予測を改善する

個人化がん免疫療法を設計する最近の取り組みでは予測ネオアンチゲンが用いられるが、ほとんどのネオアンチゲン予測戦略では、近位（隣接する）バリアントがペプチド配列を変化させ、ネオアンチゲンの結合に影響を及ぼす可能性があることを考慮していない。本論文では、近位体細胞変化や生殖細胞系列変化が、ネオアンチゲンのペプチド配列を変化させ、ネオアンチゲンの結合予測に影響を及ぼす仕組みを理解するために、430の腫瘍の体細胞バリアントを評価した。平均として、試料当たり241のミスセンス体細胞バリアントが解析された。これらの体細胞バリアントのうちの5％は、in-phase（上流側）のミスセンス近位バリアントを1つ以上持っていた。主要組織適合遺伝子複合体クラスIネオアンチゲンペプチドに近位バリアントの補正を組み込まないと、8～11ペプチド長での全偽発見率（誤ったネオアンチゲンを予測する確率）は0.069（6.9％）、偽陰性率（強力に結合するネオアンチゲンを見逃す確率）は0.026（2.6％）と推定された。