Research Abstract
人工DNA結合分子を用いたクロマチン免疫沈降法（enChIP）によるテロメア結合分子の同定
Identification of telomere-associated molecules by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP)
2013年11月8日 Scientific Reports 3 : 3171 doi: 10.1038/srep03171
特定ゲノム領域における分子間相互作用を生化学的に解析するには、in vivoでの分子間相互作用を保ったまま、その領域を単離する必要がある。本研究では、テロメア反復配列を認識する転写活性化因子様（TAL）蛋白質を用いたenChIP（engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation；人工DNA結合分子を用いたクロマチン免疫沈降法）によるテロメアの単離について報告する。タグを付加したTAL蛋白質により認識されたテロメアを、タグに対する抗体で免疫沈降し、テロメア結合分子の同定に用いた。テロメアを標的としたenChIP-質量分析解析（enChIP-MS）により、既知および新規のテロメア結合蛋白質が同定された。このデータは、PXD000461のIDでProteomeXchangeに登録されている。さらに我々は、テロメアに結合するRNAもenChIPにより単離できることを明らかにした。同定されたテロメア結合分子は、テロメアの機能発現において重要な役割を担っている可能性がある。TAL蛋白質を用いたenChIPは、任意のゲノム領域を生化学に解析する上で、有用なツールになるだろう。
藤田 敏次1, 浅野 良則2,3, 大塚 旬子2,4, 高田 洋子5, 斉藤 一伸6, 大木 理恵子2 & 藤井 穂高1
- 大阪大学 微生物病研究所 感染症学免疫学融合プログラム推進室
- 国立がん研究センター研究所 難治がん研究分野
- 早稲田大学 先進理工学研究科 生命理工学専攻
- 東京理科大学 生命科学研究科 生命科学専攻
- 大阪大学 微生物病研究所 中央実験室
- 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 中央実験室
Biochemical analysis of molecular interactions in specific genomic regions requires their isolation while retaining molecular interactions in vivo. Here, we report isolation of telomeres by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) using a transcription activator-like (TAL) protein recognizing telomere repeats. Telomeres recognized by the tagged TAL protein were immunoprecipitated with an antibody against the tag and subjected to identification of telomere-binding molecules. enChIP-mass spectrometry (enChIP-MS) targeting telomeres identified known and novel telomere-binding proteins. The data have been deposited to the ProteomeXchange with identifier PXD000461. In addition, we showed that RNA associated with telomeres could be isolated by enChIP. Identified telomere-binding molecules may play important roles in telomere biology. enChIP using TAL proteins would be a useful tool for biochemical analysis of specific genomic regions of interest.
