Nature Ecology & Evolution に掲載された一次研究論文（Articles および Letters）について、その概要を日本語で紹介しています。
Concepts of the last eukaryotic common ancestor
doi: 10.1038/s41559-019-0796-3
真核生物の最終共通祖先（LECA）の概念化は初期進化の解明に極めて重要であるが、LECAがどのような形態を取っていたのかについては意見が分かれている。今回、LECAについて考えられる4つの形態、すなわち、概念上の系統発生的な状態、単一細胞、集団、および生物の共同体について検討された。
Food web rewiring in a changing world
doi: 10.1038/s41559-018-0772-3
気候変動は空間的に非対称であるため、広食性消費者種の行動を変化させて、食物網に2通りの影響を与えると考えられる。新しい生態系への移動は食物網のトポロジーに影響を与える一方、生態系内の変化は相互作用の強度に影響を与えることになる。
Ecosystem tipping points in an evolving world
doi: 10.1038/s41559-019-0797-2
人為的な変化が進行する世界で懸念される生態系の転換点には、形質多様性の進化的変化が影響を及ぼす可能性がある。
A systems approach reveals urban pollinator hotspots and conservation opportunities
doi: 10.1038/s41559-018-0769-y
4都市の主要な土地利用法の全てにわたって植物と花粉媒介者の相互作用を分析した結果、住宅の庭と市民農園が都市の花粉媒介者のホットスポットであり、花粉媒介者の個体数は世帯所得と正の関連を示すことが明らかになった。
Adaptive changes in sexual signalling in response to urbanization
doi: 10.1038/s41559-018-0751-8
都市環境に生息するトゥンガラガエル（Physalaemus pustulosu）の雄は、異なる性選択圧および自然選択圧に応答して求愛の鳴き声を調節してきたことが分かった。都市に生息する雄は、森林に生息する雄に比べて被食リスクが低く、鳴き方が派手で、より多くの雌を誘引する。
Community richness of amphibian skin bacteria correlates with bioclimate at the global scale
doi: 10.1038/s41559-019-0798-1
世界各地の両生類205種、計2,349個体の皮膚マイクロバイオームの種数と構成に関するデータを、局所的な生物的・非生物的環境要因と比較した結果が報告された。
Global patterns and drivers of tree diversity integrated across a continuum of spatial grains
doi: 10.1038/s41559-019-0799-0
樹木種数に関する全球的データを統合することにより、種数に対するスケール依存的な地域的および環境的影響が明らかになり、全球規模での予測が可能になった。
Leaf nutrients, not specific leaf area, are consistent indicators of elevated nutrient inputs
doi: 10.1038/s41559-018-0790-1
世界規模の研究共同体「Nutrient Network（NutNet）」の全球的な草原研究から、植物の葉中のN、P、およびKは一貫して土壌栄養素添加に応答するが、比葉面積をはじめとする葉の形態形質は人為的変動に対して一貫した応答を示さないことが明らかになった。
Widespread inhibition of daytime ecosystem respiration
doi: 10.1038/s41559-019-0809-2
葉の呼吸は光によって抑制されると考えられるが、そのことが生態系レベルの過程にどのような影響を与えるのかはよく分かっていない。世界各地の渦相関測定結果を分析したKeenanらは、この抑制が広く見られるものであり、生態系の各タイプ内で一貫した季節的パターンに従うことを明らかにした。
Climate change has altered zooplankton-fuelled carbon export in the North Atlantic
doi: 10.1038/s41559-018-0780-3
1960～2014年に北大西洋で行われた20万件以上のカイアシ類観察の結果、カイアシ類の分布および群集構造の変化によって、炭素フラックスの北西方向の移動が促進されたことが明らかになった。
Mycorrhizal fungi influence global plant biogeography
doi: 10.1038/s41559-019-0823-4
1,103地域の20万種を超える植物の存在記録を分析した結果、島嶼の自生植物では大陸の自生植物と比較して菌根共生があまり見られず、島が大陸から離れるほど菌根共生が少なくなることが分かった。
The global burden of pathogens and pests on major food crops
doi: 10.1038/s41559-018-0793-y
世界の5大食用作物の収量低下が、専門家の聞き取り調査によって見積もられた。その結果から、最大の低下は、人口が急増する食糧不足の地域と関連しており、また、害虫や病害の発生もしくは再発と高い頻度で関連することが示唆された。
Within-host dynamics shape antibiotic resistance in commensal bacteria
doi: 10.1038/s41559-018-0786-x
宿主内競争と細菌伝播のモデルを抗生物質耐性の実証的パターンに当てはめることにより、頻度依存選択が集団レベルでの耐性株と非耐性株の共存を促進することが明らかになった。
Fibroblasts and alectinib switch the evolutionary games played by non-small cell lung cancer
doi: 10.1038/s41559-018-0768-z
薬剤感受性がん細胞と薬剤耐性がん細胞の共培養で得られた増殖速度データを、進化ゲーム理論を用いて定量的に記述した研究で、薬剤療法によって、がん細胞がプレイするゲームの型が「リーダー」から「デッドロック」に変わることが明らかになった。
Pervasive population genomic consequences of genome duplication in Arabidopsis arenosa
doi: 10.1038/s41559-019-0807-4
シロイヌナズナ属の二倍体－同質四倍体種Arabidopsis arenosaの自然個体群で、倍数性が集団ゲノミクスや倍数体の進化的可能性に対してどのような影響を与えるかが明らかになった。
Antarctic blackfin icefish genome reveals adaptations to extreme environments
doi: 10.1038/s41559-019-0812-7
スイショウウオ（Chaenocephalus aceratus）のゲノムには、氷や高酸素濃度によって生じる損傷からの保護に関与する遺伝子の増加が認められる。これは南極の極限環境に対する適応を反映している。
Diversity of cytosine methylation across the fungal tree of life
doi: 10.1038/s41559-019-0810-9
真菌類の5mCメチルトランスフェラーゼの進化史が系統解析で明らかになり、他のタクソンに見られる標準的な遺伝子領域内メチル化が真菌類では見られないことが分かった。
Epigenetic gene silencing alters the mechanisms and rate of evolutionary adaptation
doi: 10.1038/s41559-018-0781-2
クロマチンを基盤としてエピジェネティックに受け継がれる遺伝子サイレンシングが適応進化を推進し得ることが、URA3レポーターアッセイを用いた酵母の実験的進化で明らかになった。
Naturally clonal vertebrates are an untapped resource in ecology and evolution research
doi: 10.1038/s41559-018-0775-0
クローン、すなわち遺伝的に同質のモデル生物は、制御された複製を可能にするものだが、自然の系から隔離されているために生態学や進化研究における妥当性は損なわれる。しかし脊椎動物の中には、自然界においてクローンで増えるが資源として十分に活用されていない種がかなりの数存在する。
Insights from genomes into the evolutionary importance and prevalence of hybridization in nature
doi: 10.1038/s41559-018-0777-y
このReview論文は、非モデル生物の全ゲノムデータによって近年もたらされた、太古の交雑や適応的な遺伝子移入、交雑による種形成の進化的重要性に関する理解の進展を論じている。
Biodiversity enhances coral growth, tissue survivorship and suppression of macroalgae
doi: 10.1038/s41559-018-0752-7
劣化して大型藻類が優占する熱帯のサンゴ礁環境で16カ月にわたって行われた操作実験の結果、サンゴの種数が減少すると多くのサンゴ種の成長や生存が抑制されることが明らかになった。
Productive instability of coral reef fisheries after climate-driven regime shifts
doi: 10.1038/s41559-018-0715-z
セーシェルのサンゴ礁漁業に関する20年間の漁獲データおよび生息環境調査から、重度の白化とそれに伴うレジームシフトを経ても総漁獲量は維持され得るが、漁獲の安定性は低下することが明らかになった。
Reef fish functional traits evolve fastest at trophic extremes
doi: 10.1038/s41559-018-0725-x
サンゴ礁魚類種の大規模な系統発生解析から、機能形質の進化は、狭食性で栄養段階の高い種と低い種において最も急速であることか明らかになった。
Carboniferous–Permian climate change constrained early land vertebrate radiations
doi: 10.1038/s41559-018-0776-z
石炭紀からペルム紀への移行期には、熱帯湿地の減少により、乾燥地に適応した羊膜類動物相がパンゲア西部の中央域から出現した。
An early Aurignacian arrival in southwestern Europe
doi: 10.1038/s41559-018-0753-6
スペイン南部のバホンディージョ遺跡の解剖学的現生人類（AMH）に伴う石器群に関する新たな年代測定で、4万5000～4万3000年前という年代値が得られた。この結果はAMHの流入が早かったことを示唆しており、この地域にネアンデルタール人が遅くまで残留していたという主張の論拠は弱まった。
Investigating mitonuclear interactions in human admixed populations
doi: 10.1038/s41559-018-0766-1
米州の複数のヒト混血集団で核およびミトコンドリアの祖先を比較解析した結果、混血者の表現型多様性に影響を与えた可能性のあるミトコンドリア–核相互作用が明らかになった。
Cross-biome patterns in soil microbial respiration predictable from evolutionary theory on thermal adaptation
doi: 10.1038/s41559-018-0771-4
緯度勾配沿いに3年にわたって収集された土壌の微生物呼吸の測定結果から、年平均気温が高い地点ほど呼吸速度が低く応答の可塑性が大きいことが明らかになった。この結果は温度レジームへの適応と一致している。
Soil microbial respiration adapts to ambient temperature in global drylands
doi: 10.1038/s41559-018-0770-5
世界各地の乾燥地110地点から収集された土壌の培養研究が行われ、温度に対する土壌微生物の呼吸の応答は環境温度レジームへの適応の応答と一致することが分かった。
Global plant–symbiont organization and emergence of biogeochemical cycles resolved by evolution-based trait modelling
doi: 10.1038/s41559-018-0759-0
進化ゲーム理論に基づくモデリング法が開発され、バイオームをまたぐ植物–共生者の地中分布の全球的パターンに加えて、栄養循環や遷移、安定性の重要なパターンもうまく予測できるようになった。
The predictability of ecological stability in a noisy world
doi: 10.1038/s41559-018-0794-x
環境ノイズの変化に対するモデル食物網の安定性を分析した結果、安定性の決定因子としては、食物網に固有の特徴よりも、次第に増す正の自己相関のほうが重要であることが明らかになった。
Ecological networks reveal resilience of agro-ecosystems to changes in farming management
doi: 10.1038/s41559-018-0757-2
英国の500カ所を超える可耕地にわたって無脊椎動物群集の大規模なネットワーク解析を行った結果、ネットワークの全体構造は、除草剤耐性遺伝子組換え（GMHT）の影響をほとんど受けず、主に作物の種類によって形作られることが分かった。
The global biogeography of polyploid plants
doi: 10.1038/s41559-018-0787-9
倍数性植物種の全球分布地から、そうした種の頻度が緯度と共に上昇しており、間接的ではあるが気候による影響も強く受けることが示された。
Phenotypic and genome-wide association with the local environment of Arabidopsis
doi: 10.1038/s41559-018-0754-5
シロイヌナズナ（Arabidopsis）の遺伝子型および表現型の多様性に関しては、詳細な情報がすでに利用可能である。今回、地理情報のある自然個体群の大規模な環境データがまとめられ、適応的変動が明らかになった。
Direct estimation of mutations in great apes reconciles phylogenetic dating
doi: 10.1038/s41559-018-0778-x
大型類人猿で両親と仔の塩基配列の新規変異を解析することにより、最近のヒト系統における変異の低速化が示唆され、化石記録から推定される年代との折り合いが付いた。
The dynamics of adaptive genetic diversity during the early stages of clonal evolution
doi: 10.1038/s41559-018-0758-1
DNAバーコード付きの出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）を栄養制限条件下で増殖させて系統を追跡した研究で、単一変異の系統によって遺伝的多様性が予測可能な増加をし、その後、適応度の高い二重変異体の隆盛によって多様性が激減することが明らかになった。
Individual immune selection pressure has limited impact on seasonal influenza virus evolution
doi: 10.1038/s41559-018-0741-x
ヒトの季節性インフルエンザウイルスの塩基配列2万5000例を解析した結果、免疫歴の異なる個人の間で変異のパターンに差が認められなかったことから、インフルエンザウイルスの進化において個人の免疫が正の選択に果たす役割は限定的であることが示唆された。
Fires in protected areas reveal unforeseen costs of Colombian peace
doi: 10.1038/s41559-018-0727-8
コロンビアの和平合意の署名は武力紛争を終結させたが、それまで紛争地域だった森林地帯の侵害や開発、伐採も招いたことが、リモートセンシングデータから明らかになった。
Pterosaur integumentary structures with complex feather-like branching
doi: 10.1038/s41559-018-0728-7
アヌログナトゥス科翼竜2体の外皮構造に関して顕微鏡と分光法による分析や画像化が行われ、それらの外皮は従来考えられていたような毛皮ではなく、（マニラプトル類恐竜に見られるような）羽毛に近いものであることが明らかになった。
Evolution and extinction of the giant rhinoceros Elasmotherium sibiricum sheds light on late Quaternary megafaunal extinctions
doi: 10.1038/s41559-018-0722-0
放射性炭素法で測定した年代、安定同位体データ、およびDNA塩基配列解読結果から、エラスモテリウム亜科とサイ亜科の分岐は始新世までに生じ、Elasmotherium sibiricumは3万9000年前まで生存していたことが示された。E. sibiricumの絶滅は、その特殊な食性が要因の1つになったと考えられる。
Multiple episodes of interbreeding between Neanderthal and modern humans
doi: 10.1038/s41559-018-0735-8
東アジア系と欧州系の人々の間で現生人類ゲノム内のネアンデルタール人遺伝子の移入パターンの相違を調べた結果、ネアンデルタール人から現生人類への遺伝子流動は複数回起こったことが明らかになった。
Warming shortens flowering seasons of tundra plant communities
doi: 10.1038/s41559-018-0745-6
ツンドラ植物のフェノロジーに関してモニタリング期間が最大20年にわたる4万件以上の観察研究の包括的データベースを解析した結果、低緯度地方から得られた知見とは異なり、近年の温暖化に応じて群落レベルの開花期間が短くなっていることが明らかになった。
Species diversity as a surrogate for conservation of phylogenetic and functional diversity in terrestrial vertebrates across the Americas
doi: 10.1038/s41559-018-0744-7
1万種を超える陸上脊椎動物の分布、系統、形質、および絶滅リスクのデータをまとめた結果、種の多様性を対象とする保全計画は、概して系統的および機能的な多様性にも対応していることが分かった。
Strategic approaches to restoring ecosystems can triple conservation gains and halve costs
doi: 10.1038/s41559-018-0743-8
ブラジル大西洋岸森林の生物多様性ホットスポットに今回用いられた生態系回復の優先順位決定法は、生態学的・経済的なコスト、利益、および規模の相乗作用とトレードオフに関する362通りのシナリオを考慮している。
Social support drives female dominance in the spotted hyaena
doi: 10.1038/s41559-018-0718-9
ブチハイエナの社会では雌が優位である場合が多い。この優位性は、雄に偏った分散と、そうした分散が社会的絆へ及ぼす、雌に対する社会的支援を増加させ得るような影響によって生じることが明らかになった。
Rapid niche expansion by selection on functional genomic variation after ecosystem recovery
doi: 10.1038/s41559-018-0742-9
欧州のコンスタンツ湖（ボーデン湖）では、人為的富栄養化からの回復後にホワイトフィッシュが鰓耙数の幅を広げ、より広い生態学的ニッチを利用するような進化を遂げた。
Giant tortoise genomes provide insights into longevity and age-related disease
doi: 10.1038/s41559-018-0733-x
「ロンサム・ジョージ」を含む長寿のゾウガメ2種のゲノムから、それらの発生、巨大さ、および長寿に関係する遺伝子と経路の候補が明らかになった。
The genome of the jellyfish Aurelia and the evolution of animal complexity
doi: 10.1038/s41559-018-0719-8
刺胞動物のミズクラゲ（Aurelia）には、複雑な神経系を持ったクラゲの生活段階がある。ミズクラゲと他の刺胞動物とでゲノムやさまざまな生活段階のトランスクリプトームを比較したところ、生活環の複雑さは遺伝子の多さと関連していないことが分かった。
Fall webworm genomes yield insights into rapid adaptation of invasive species
doi: 10.1038/s41559-018-0746-5
欧州およびアジアで被害をもたらしている害虫アメリカシロヒトリのゲノム塩基配列が解読され、急速な分布拡大に伴う炭水化物代謝や味覚受容体、糸生成の変化が示唆された。
Coordinated change at the colony level in fruit bat fur microbiomes through time
doi: 10.1038/s41559-018-0731-z
エジプトルーセットオオコウモリの毛皮マイクロバイオームの変化は、コロニー全体のレベルで経時的に同期しており、毛皮の揮発性化合物も同様のパターンを示す。それとは対照的に、このコウモリの腸内マイクロバイオームのプロファイルは個体レベルで変化している。
Collective motion conceals fitness differences in crowded cellular populations
doi: 10.1038/s41559-018-0734-9
酵母のコロニー周縁で他よりも低速で増殖するクローンは、その適応度上の不利さが近隣細胞の集団運動によって隠され、高コストの変異を排除するように働く選択の速度を低下させる。
Migratory coupling between predators and prey
doi: 10.1038/s41559-018-0711-3
移動性の動物種は定住性の捕食者の獲物になる場合が多い。この総説論文では、被食者が引き起こす捕食者の大規模移動の程度を再考察し、移動の結び付きの生態学的な影響を概説している。
Wind farms have cascading impacts on ecosystems across trophic levels
doi: 10.1038/s41559-018-0707-z
インドの西ガーツ山脈では、風力発電所の存在が捕食性鳥類の個体数や活動性を減少させており、それに伴って被食者であるトカゲの密度が上昇し、トカゲの行動や生理的状態が変化するという影響が生じていることが分かった。
Bottom-up and top-down control of dispersal across major organismal groups
doi: 10.1038/s41559-018-0686-0
7つの研究室が参加して行われた生物の分散に関する協調的分散型実験により、原生動物から脊椎動物までの21種で、トップダウン型の捕食リスクとボトムアップ型の資源制約の両方が移出率を上昇させることが明らかになった。
Plant fossils reveal major biomes occupied by the late Miocene Old-World Pikermian fauna
doi: 10.1038/s41559-018-0695-z
後期中新世にはユーラシアとアフリカにまたがって広がる単一のサバンナバイオームがあったことが、陸上哺乳類の化石からすでに推測されている。今回、それとは別のストーリーが古植物学データから浮かび上がり、この地域には混交林バイオームが広がっていたことが強く示唆された。この結果は、過去の環境の再構築には古動物相データと古植物学データの両方を用いる必要があることを強く物語っている。
Fossil herbivore stable isotopes reveal middle Pleistocene hominin palaeoenvironment in ‘Green Arabia’
doi: 10.1038/s41559-018-0698-9
50万～30万年前のものとされる石器や切り傷の付いた骨とともに出土した哺乳類の歯について、炭素および酸素の安定同位体を分析することにより、既知で最古のヒト族が存在したこの年代のアラビア半島には、現在のアフリカサバンナに似た生産力のある草原が存在していたことが分かった。
The use and domestication of Theobroma cacao during the mid-Holocene in the upper Amazon
doi: 10.1038/s41559-018-0697-x
デンプン粒やテオブロミン残留物、古代DNAから得られた証拠により、約5300年前にアマゾン上流でカカオが利用されていたことが明らかになった。この年代は、メソアメリカにおけるカカオ栽培化を示した従来の証拠よりも古いものである。
A global test of ecoregions
doi: 10.1038/s41559-018-0709-x
動植物および菌類の2億件を超える観察のデータから、「陸上の生物多様性パターンは異なるエコリージョン（生態地域）を反映する」という考え方の裏付けが得られた。
Enhanced peak growth of global vegetation and its key mechanisms
doi: 10.1038/s41559-018-0714-0
2つの全球データセットを組み合わせた研究により、過去30年にわたって植生の成長ピークが線形的に高まっていることや、NDVI（正規化植生指標）の変動が、農地の拡大、CO2濃度の上昇、および窒素沈着量の増大に起因する割合は同程度であることが明らかになった。
Global trait–environment relationships of plant communities
doi: 10.1038/s41559-018-0699-8
植物の機能形質の組み合わせは、種レベルでは生態学的トレードオフを反映するが、これが群落全体にどうつながるかはほとんど分かっていない。今回、マクロ環境的要因と弱い関係しか持たない2つの主要な次元によって全球的な形質構成が捉えられることが明らかになった。
Tropical forest leaves may darken in response to climate change
doi: 10.1038/s41559-018-0716-y
熱帯林の葉が吸収する太陽エネルギーの量は気候温暖化につれて増加するという予測がなされ、それによって地球温暖化がさらに進む可能性が示唆された。
Change in dominance determines herbivore effects on plant biodiversity
doi: 10.1038/s41559-018-0696-y
252件の大型草食動物排除研究を総合して得られた証拠から、草原およびサバンナの実験サイトで草食動物が植物の生物多様性に及ぼす影響は、草食動物が引き起こす優占度の変化によって最もよく予測され、サイトの生産力や降水量は無関係であることが示唆された。
A plant biodiversity effect resolved to a single chromosomal region
doi: 10.1038/s41559-018-0708-y
異なる2系統のシロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）を一緒に栽培した場合の過剰収量に寄与する主要な作用座位が同定され、生物多様性が群集機能に及ぼす正の影響の単純な遺伝的基盤が示唆された。
Whole-genome sequences of Malawi cichlids reveal multiple radiations interconnected by gene flow
doi: 10.1038/s41559-018-0717-x
マラウイ湖に生息するシクリッドの主要な系統全てのゲノム塩基配列解読データから、急速な種の多様化がゲノムに残した痕跡が示された。
Pezizomycetes genomes reveal the molecular basis of ectomycorrhizal truffle lifestyle
doi: 10.1038/s41559-018-0710-4
セイヨウショウロ属の3種とそれらに近縁なトリュフ2種のゲノムの解析で、揮発性有機化合物の代謝に関与する遺伝子の高発現など、トリュフを形成する共生真菌類の間の遺伝的類似点が明らかになった。
Dinosaur ossification centres in embryonic birds uncover developmental evolution of the skull
doi: 10.1038/s41559-018-0713-1
鳥類胚の頭蓋の分析によって恐竜様のモジュール型骨化パターンが明らかになり、鳥類進化の過程で頭蓋構造が再編成されたことが裏付けられた。
Dual-stressor selection alters eco-evolutionary dynamics in experimental communities
doi: 10.1038/s41559-018-0701-5
蛍光菌Pseudomonas fluorescensを、捕食者であるテトラヒメナと亜致死的な抗生物質処理という2つのストレッサーにさらすと、それらの相互作用により適応速度が低下し、生態学的動態が不安定になる。
China’s tuberculosis epidemic stems from historical expansion of four strains of Mycobacterium tuberculosis
doi: 10.1038/s41559-018-0680-6
結核菌の4,578分離株を分析した研究で、中国の結核の遺伝子型4つに関して、1,000年前の出現から拡散、個体群のピーク、そしてさらに最近の固有亜系統L2.3の優占までの進化史が明らかになった。
Coexistence theory and the frequency-dependence of priority effects
doi: 10.1038/s41559-018-0679-z
先住効果とは、種の到来の順序に従った群集の多様性や構成、機能の変化のことである。今回、多種共存理論に適合する先住効果のみが正の頻度依存性の特徴を持つことが示された。
Personality shapes pair bonding in a wild bird social system
doi: 10.1038/s41559-018-0670-8
同種の個体でつがいの絆の作り方がどのように異なる場合があるのか、またそれがなぜなのかは、まだよく分かっていない。今回、シジュウカラ（Parus major）の雄が将来の配偶者とどれだけ早期に出会い、その相手とどれくらいの速さで絆を形成するかは、雄個体の性格に左右されることが明らかになった。
Functional shifts in microbial mats recapitulate early Earth metabolic transitions
doi: 10.1038/s41559-018-0683-3
極限環境の微生物マットは、先カンブリア時代の生態系に似ている。今回、ある池の微生物マットのメタゲノムが酸化還元の急勾配に沿って解析され、時空置換法を用いて初期地球の代謝の変遷が推定された。
Demosponge steroid biomarker 26-methylstigmastane provides evidence for Neoproterozoic animals
doi: 10.1038/s41559-018-0676-2
尋常海綿類に由来する新たな化石バイオマーカーであるステラン類「26-メチルスチグマスタン」は、先カンブリア時代の大陸棚環境に動物が存在したことを示している。
Clade-specific diversification dynamics of marine diatoms since the Jurassic
doi: 10.1038/s41559-018-0691-3
科学調査船「タラ号」の海洋探査で得られたDNAメタバーコードデータを古環境データおよび系統発生的な多様化モデルと組み合わせることにより、ジュラ紀以降の海洋珪藻類の多様化動態が解析された。
Ecosystem scale trade-off in nitrogen acquisition pathways
doi: 10.1038/s41559-018-0677-1
さまざまなバイオームで窒素の回収と無機化がどのように相互作用して、窒素の保存と獲得の生物地理学に影響を与えているのかが、全球規模の統合的研究で明らかにされた。
Isotopic evidence for oligotrophication of terrestrial ecosystems
doi: 10.1038/s41559-018-0694-0
37年にわたって収集された4万3000点以上の標本から得られた葉中窒素の濃度および同位体比から、植物の必要量に対する窒素供給量が全球的に減少していることが示唆された。このことは、大気中の二酸化炭素濃度の上昇と整合する。
Global change in marine aquaculture production potential under climate change
doi: 10.1038/s41559-018-0669-1
海洋水産養殖は世界的な食物供給源として急成長しているが、気候変動による影響を受けやすい。今回、養殖されている計180種の魚類および二枚貝の潜在的生産力に対して、海水温上昇が今後100年にわたって及ぼす影響がマッピングされた。
Divergence and plasticity shape adaptive potential of the Pacific oyster
doi: 10.1038/s41559-018-0668-2
海洋系における適応分化はあまり分かっていない。今回、ゲノム塩基配列解読と遺伝子発現や生理学的特性を組み合わせて調べることにより、マガキ個体群では遺伝的な分岐と可塑性が局所での適応に寄与していることが明らかになった。
Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates
doi: 10.1038/s41559-018-0673-5
サメをはじめとする軟骨魚類のゲノム解析は他に比べ大きな後れを取ってきた。今回、サメ複数種のゲノム塩基配列が解読され、その独特の暮らしぶりや脊椎動物の進化的起源を分子レベルで解明するための手掛かりが得られた。
Early neurogenomic response associated with variation in guppy female mate preference
doi: 10.1038/s41559-018-0682-4
グッピーでは雌の選好性は雄の体色と関連している。雄を評価するときに色鮮やかな雄を好む雌とそうでない雌の脳内の遺伝子発現パターンを比較することにより、雌の選好性に関連する神経ゲノミクス的要素が明らかになった。
Towards reconstructing the ancestral brain gene-network regulating caste differentiation in ants
doi: 10.1038/s41559-018-0689-x
アリのコロニーには生殖能力をもつ女王と不妊のワーカーが存在する。5種のアリの脳トランスクリプトームに基づいて、アリ社会の進化につれて経時的に変化してきたカースト分化の祖先的な遺伝子ネットワークが明らかにされた。
Macroevolutionary shift in the size of amphibian genomes and the role of life history and climate
doi: 10.1038/s41559-018-0674-4
両生類のゲノムサイズの進化を方向付けた因子の比較定量解析により、サイズの激変は複数回あったものの、そうした激変はまれであり、基調としては漸進的で時間依存的な進化であったことが分かった。
Rapid sex-specific evolution of age at maturity is shaped by genetic architecture in Atlantic salmon
doi: 10.1038/s41559-018-0681-5
タイセイヨウサケの成熟年齢は、性特異的な作用を持つ単一の座位に関連付けられている。今回、大規模なサケ個体群で、海洋回遊中の性特異的選択によって雄の早熟化への急速な進化が引き起こされていることが明らかになった。
Phylogenetic patterns and phenotypic profiles of the species of plants and mammals farmed for food
doi: 10.1038/s41559-018-0690-4
家畜および作物の系統的分布と表現型形質から、家畜化または栽培化された種は野生原種が占める表現型空間の限定的な一部に収まっており、特定の形質を共有していることが分かった。
Adaptive transcription-splicing resynchronization upon losing an essential splicing factor
doi: 10.1038/s41559-018-0684-2
必須な遺伝子の喪失はゲノムの進化を促進する場合がある。今回、重要なスプライシング因子を失った酵母細胞の適応度が、当該のスプライシング装置または転写コアクチベーター複合体を変化させる補償的変異によって回復し得ることが明らかになった。
Towards global data products of Essential Biodiversity Variables on species traits
doi: 10.1038/s41559-018-0667-3
EBV（Essential Biodiversity Variable；重要生物多様性観測変数）は、生物多様性の変化を報告するための標準化された測定項目として設定されたものである。本論文では、種の形質に基づくEBVの使用に関する概念的、実験的基盤を概説し、包括的なEBVデータプロダクトの創出に必要なツールを明らかにしている。
High ecological complexity in benthic Ediacaran communities
doi: 10.1038/s41559-018-0663-7
エディアカラ紀の生態学的群集は高度に複雑であり、さまざまな資源をめぐって競争する種や他種のためのニッチを作り出す種が存在していた可能性が高いことが、順位個体数分布モデルから明らかになった。
The long-term ecology and evolution of marine reptiles in a Jurassic seaway
doi: 10.1038/s41559-018-0656-6
中生代の海生爬虫類の歯を利用することで、約1800万年にわたるジュラ紀亜北方海路（Jurassic Sub-Boreal Seaway）の生物種の食物ギルド系が確認され、現在の海洋動物相と同様に、水深に従って変化するニッチ分化と空間的分布によって多種共存が可能になっていたことが明らかになった。
Integrated genomic and fossil evidence illuminates life’s early evolution and eukaryote origin
doi: 10.1038/s41559-018-0644-x
化石材料を用いて較正した分子時計解析から、初期生命の新たな時間スケールが明らかにされた。
Partial genomic survival of cave bears in living brown bears
doi: 10.1038/s41559-018-0654-8
後期更新世のホラアナグマ4頭の古代ゲノムデータから、ホラアナグマは更新世にヒグマと交雑しており、最終氷期極大期には絶滅したものの、現生ヒグマのゲノム内にはホラアナグマ由来の部分が維持されていることが明らかになった。
The political biogeography of migratory marine predators
doi: 10.1038/s41559-018-0646-8
回遊や渡りを行う海洋動物14種の個体に関する2000～2009年の日次定位データから、年間の移動サイクルが公海や特定諸国の排他的経済水域で過ごす時間と対応付けられた。この成果は、これら14種の国際的管理戦略の基盤となるものである。
Multiple facets of biodiversity drive the diversity–stability relationship
doi: 10.1038/s41559-018-0647-7
草原の生物多様性実験39件のデータを解析することにより、分類学的および系統発生的な多様性や機能的形質の多様性が生態系の安定性に直接的および間接的に寄与することが明らかになった。
A plant–microbe interaction framework explaining nutrient effects on primary production
doi: 10.1038/s41559-018-0662-8
一次生産に対する栄養素の影響は正または負の対照的な結果になるが、このことは化学量論的な枠組みによって予測され、予測された応答はN–P施肥実験のメタ解析によって裏付けられた。
The influence of soil communities on the temperature sensitivity of soil respiration
doi: 10.1038/s41559-018-0648-6
代謝理論に由来するモデルを用いることにより、土壌生物相の代謝、群集構成、および従属栄養性活動の土壌呼吸への寄与が明らかにされた。この手法で、5種類のバイオームにわたって年平均気温（MAT）に伴う呼吸の変動が正確に予測される。
Seasonal abundance and survival of North America’s migratory avifauna determined by weather radar
doi: 10.1038/s41559-018-0666-4
気象レーダー143基のデータから、米国本土の夜行性渡り鳥によるバイオマスの流れが推測され、生活史や移動戦略が異なる鳥種の生存率の全体像が得られた。
Individual- and population-level drivers of consistent foraging success across environments
doi: 10.1038/s41559-018-0658-4
個体の行動がさまざまな環境にわたって一定しているのかどうかは、よく分かっていない。今回、異なる環境に移入されたグッピーの食物資源獲得能力が一貫して異なっており、この能力は社会性や性別によっても変化することが明らかになった。
Predation shapes the evolutionary traits of cervid weapons
doi: 10.1038/s41559-018-0657-5
性選択を受ける形質は主に繁殖成功を促進するが、そうした形質の副次的な働きはあまり研究されていない。今回、雄ジカで枝角が抜け落ちずに保持される期間には、捕食者の抑止と次の繁殖期における繁殖成功とのトレードオフが関係していることが示された。
Incipient de novo genes can evolve from frozen accidents that escaped rapid transcript turnover
doi: 10.1038/s41559-018-0639-7
非コードDNAからの新規遺伝子の出現はありふれたものであることを示唆する証拠が増えつつある。今回、オープンリーディングフレームは広く非コード配列から出現するが大半は消失すること、ただしごく一部のものは翻訳されて新たなタンパク質コード遺伝子となる場合があることが明らかになった。
Evolutionary potential of transcription factors for gene regulatory rewiring
doi: 10.1038/s41559-018-0651-y
遺伝子調節ネットワークは調節の連結の変化によって進化する。実験と熱力学モデリングを組み合わせることにより、リプレッサーに固有の結合特性が調節ネットワーク再配線の進化的可能性の重要な決定要因であることが明らかにされた。
Emergence of evolutionarily stable communities through eco-evolutionary tunnelling
doi: 10.1038/s41559-018-0655-7
進化的に安定した状態（ESS）に関するモデルの大多数は、変異が十分にまれであって生態学的動態が変異間の平衡を保つことを想定している。今回、変異率がもっと高いと、単一の変異では到達し得ないような複雑なESSへと、系がトンネルを抜けるように移行できることが示された。
Sustainable replication and coevolution of cooperative RNAs in an artificial cell-like system
doi: 10.1038/s41559-018-0650-z
複製のために協力しなければならない2種類のRNA分子を用いた長期進化実験により、寄生性RNAの存在下でも協力関係が維持されるRNAの濃度範囲が明らかになった。
The evolutionary landscape of colorectal tumorigenesis
doi: 10.1038/s41559-018-0642-z
大腸腫瘍のゲノム塩基配列データから、腺腫が適応度景観上をどのように進んでがんになるのかが明らかになった。
Tax havens and global environmental degradation
doi: 10.1038/s41559-018-0497-3
世界の漁業とブラジル・アマゾンの解析結果から、タックスヘイブンを介した資金の流れと環境悪化との関連性が詳細に示された。
Evolution of the bilaterian mouth and anus
doi: 10.1038/s41559-018-0641-0
左右相称動物の口と肛門は、開口部が1つの単純な腸から進化した。今回、いくつかの動物の比較解析データが再検討され、単一の開口部が口と肛門の両方に進化した（amphistomy〔両口型〕）可能性が高いという結論が得られた。
A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes
doi: 10.1038/s41559-018-0643-y
ジオリファレンス処理をしたトウジンビエ栽培品種および野生種の221アクセッションの全ゲノムデータから、トウジンビエの栽培化の中心地は4,900年前の西サハラであったことが分かった。
Evolution of facilitation requires diverse communities
doi: 10.1038/s41559-018-0623-2
多様性の高い植物群落では時間経過に伴って生産力の増大が見られる。今回、促進的相互作用に対する進化的選択は複数種からなる混合系でしか起こらないが、競争緩和に対する選択は単一種の系でも混合系でも起こることが明らかになった。
Caelestiventus hanseni gen. et sp. nov. extends the desert-dwelling pterosaur record back 65 million years
doi: 10.1038/s41559-018-0627-y
後期三畳紀の新種の翼竜Caelestiventus hanseniの年代は、砂漠に生息した翼竜のこれまでの記録より6500万年古く、このことから、翼竜類がその進化の初期時点から地理的に広く分布し、過酷な環境に生息できたことが分かる。
Logarithmic scales in ecological data presentation may cause misinterpretation
doi: 10.1038/s41559-018-0610-7
生態学的データの表示には対数目盛が使われることが多いが、そのように表示されたデータがどの程度理解されているのかは不明である。今回、米国生態学会の会員を対象に調査したところ、両対数軸で示されたデータを正しく解釈したのは回答者のわずか56％だった。
Frequency-dependent feedback constrains plant community coexistence
doi: 10.1038/s41559-018-0622-3
植物–土壌フィードバックの一般化されたモデルに基づく枠組みを描くことにより、植物群落全体の存続には負の頻度依存的フィードバックが必要であることが示され、種の共存に必要なフィードバックの強度に関する定量的な数値が確認された。
Past and potential future effects of habitat fragmentation on structure and stability of plant–pollinator and host–parasitoid networks
doi: 10.1038/s41559-018-0631-2
石灰質草原の植物–送粉者ネットワークと寄主–捕食寄生者ネットワークの両方に関して構造の分析が行われ、異なる種類のネットワークの構造と安定性に関して生息地分断に対する規模依存的な応答が明らかになった。
The molecular genetic basis of herbivory between butterflies and their host plants
doi: 10.1038/s41559-018-0629-9
寄主植物シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）と草食性昆虫モンシロチョウ（Pieris rapae）の両方の観点から行った並行的な全ゲノム関連解析に、多様なチョウ／植物系の比較解析を組み合わせることにより、草食性に関与するコア遺伝子が同定された。
Coupling of ecosystem-scale plant water storage and leaf phenology observed by satellite
doi: 10.1038/s41559-018-0630-3
L-VOD（低周波での植生の光学的深さ）センシングにより、生態系規模の植物貯水量の全球的季節変動パターン、およびそれと葉のフェノロジーとの関係が明らかになったが、その結果は熱帯と温帯–北方帯とで異なっていた。
Climate sensitive size-dependent survival in tropical trees
doi: 10.1038/s41559-018-0626-z
1,781種の計200万本の樹木のデータから、熱帯林が4つのサイズ依存的生活史生存様式に分類できることが明らかになり、それを個体群統計学的シミュレーションに用いることでバイオマスの変化が予測された。
Patchy field sampling biases understanding of climate change impacts across the Arctic
doi: 10.1038/s41559-018-0612-5
北極圏の陸地で行われた1,800件を超える野外調査のデータベースを解析したところ、サンプリングに大きな空間的偏りが見つかり、全引用の3分の1近くは2つの調査基地から50 km以内の調査地点に由来するものであることが分かった。
Waves of endemic foot-and-mouth disease in eastern Africa suggest feasibility of proactive vaccination approaches
doi: 10.1038/s41559-018-0636-x
タンザニアの家畜およびスイギュウ個体群の口蹄疫に関する研究から、この地域の畜牛の群れに広がる口蹄疫流行の波と、農村社会への経済的影響が明らかになった。そうした影響は、的を絞ったワクチン接種によって緩和できるかもしれない。
Bacterial diversification through geological time
doi: 10.1038/s41559-018-0625-0
細菌の多様性の動態を系統発生から再構築することにより、現生の細菌系統は約140万～190万あると見積もられた。また、多様性は過去10億年にわたって持続的に増大してきたが、これまで地球上に生息した細菌系統の大半が現在は絶滅していると推定された。
Gene exchange drives the ecological success of a multi-host bacterial pathogen
doi: 10.1038/s41559-018-0617-0
黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）に関して、宿主動物種の幅広い多様性に対応する800株以上の分離株の集団ゲノミクス解析が行われ、動物の家畜化や抗生物質の使用によってどのような影響を受けたかなど、この病原菌の進化の軌跡が詳細に明らかになった。
Red fox genome assembly identifies genomic regions associated with tame and aggressive behaviours
doi: 10.1038/s41559-018-0611-6
長期の選択的な繁殖プログラムによって、異なる行動を示すアカギツネ（Vulpes vulpes）の系統が作り出されている。今回、従順な系統と攻撃的な系統のゲノム塩基配列が解析され、行動の選択に対応した遺伝子領域が明らかになった。
Breakdown of brain–body allometry and the encephalization of birds and mammals
doi: 10.1038/s41559-018-0632-1
4,500種以上の計2万点を超える有顎脊椎動物標本を分析することにより、脳–体アロメトリーの例外的なパターンが鳥類と哺乳類に見いだされた。このことは、鳥類と哺乳類では他の有顎脊椎動物と比較してアロメトリー的な制約が緩和されているという仮説と一致する。
The nature of aspidin and the evolutionary origin of bone
doi: 10.1038/s41559-018-0624-1
最も原始的な骨様組織アスピディンの性質に関しては議論が多い。今回、アスピディンが非細胞性の皮骨であることが明らかにされ、初期の脊椎動物があらゆる種類の骨格組織を有していたことが示唆された。
Arrest of sex-specific adaptation during the evolution of sexual dimorphism in Drosophila
doi: 10.1038/s41559-018-0613-4
雌雄で一致しない選択（sex-discordant selection）では、それぞれの性で異なるアレルが有利となるため、座位内の性的対立が生じる。今回、ショウジョウバエ（Drosophila）において、座位内の性的対立のために、体サイズの二型性（雌雄間で相関が強い形質の1つ）の進化が何世代にもわたって停止したことが明らかになった。
A decision tree for assessing the risks and benefits of publishing biodiversity data
doi: 10.1038/s41559-018-0608-1
種の個体数と分布に関する情報は、保全政策の立案と変化の評価に不可欠である。しかし、データを公開すると営利のために利用される可能性が高まる。このPerspective論文では、生物多様性データを一般に公開するリスクとメリットを評価するための意思決定の枠組みを提示する。
The utility of height for the Ediacaran organisms of Mistaken Point
doi: 10.1038/s41559-018-0591-6
ミステイクン・ポイント（カナダ・ニューファンドランド島）のエディアカラ化石産地では、資源をめぐる競争によってではなく分散によって標本生物の高さが増していったことが、空間解析で明らかになった。
CO2 emissions boost the benefits of crop production by farming damselfish
doi: 10.1038/s41559-018-0607-2
スズメダイ科魚類（クマノミ亜科を除く）は、藻類の生息する場所で除草やなわばり防衛、施肥を行うことにより「農業」を営んでいる。今回、一部のスズメダイ科魚類の個体群が、自然に噴出するCO2を利用して作物の生産性を高め、個体数を増加させていることが分かった。
An early trend towards gigantism in Triassic sauropodomorph dinosaurs
doi: 10.1038/s41559-018-0599-y
アルゼンチンで見つかった後期三畳紀の新種の竜脚形類恐竜Ingentia primaと新たなレッセムサウルス類化石から、最初の真竜脚類が出現する3000万年前に、巨大化へ向かう特徴的な初期経路が現れたことが明らかになった。
Ecological consequences of post-Columbian indigenous depopulation in the Andean–Amazonian corridor
doi: 10.1038/s41559-018-0602-7
古環境解析によってアンデス–アマゾン回廊地帯の生態学的歴史が明らかになった。それによると、欧州人の入植が先住民の人口減少や土地利用の衰退、森林の遷移を招き、19世紀にはこの地域が手付かずの自然環境だと見なされるまでになったという。
Coexistence of many species in random ecosystems
doi: 10.1038/s41559-018-0603-6
ランダムに相互作用する種のモデルを解析することにより、ネットワーク構造の影響がほとんどない場合でも、安定で生物学的に多様な群集が生じ得ることが明らかになった。
Ubiquitous abundance distribution of non-dominant plankton across the global ocean
doi: 10.1038/s41559-018-0587-2
科学探査船タラ号による海洋探査のデータを解析した結果、非優占海洋真核微生物の個体数分布はべき乗則的な減衰を特徴とし、その指数の変動は全球海洋で10％に満たないことが分かった。
Genomic signatures of mitonuclear coevolution across populations of Tigriopus californicus
doi: 10.1038/s41559-018-0588-1
カリフォルニアシオダマリミジンコ（Tigriopus californicus）の8個体群の比較ゲノム解析の結果、mtDNAの極端な分岐や急速なタンパク質進化が明らかになっただけでなく、mtDNAとの相互作用が予測される遺伝子に対する正の選択も明らかになり、ミトコンドリア–核の共進化が示唆された。
Concordant divergence of mitogenomes and a mitonuclear gene cluster in bird lineages inhabiting different climates
doi: 10.1038/s41559-018-0606-3
ミトコンドリア–核相互作用は個体群の分岐を促進する場合がある。今回、鳴禽類で、ミトコンドリア遺伝子と相互作用する核遺伝子が過剰に認められる領域に、ゲノム分化のクラスターと選択のシグネチャーが見つかった。
The evolutionary road from wild moth to domestic silkworm
doi: 10.1038/s41559-018-0593-4
カイコ137系統の遺伝学的塩基配列解読により、カイコの家畜化の歴史が再構築され、絹糸の生成および概日リズムに関与する重要な遺伝子とともに、育種形質に関係すると考えられる遺伝子が見つかった。
Multinucleotide mutations cause false inferences of lineage-specific positive selection
doi: 10.1038/s41559-018-0584-5
正の選択を受けている遺伝子の同定には、分岐部位検定法（branch-site test）が広く利用されている。今回、この検定法を用いた場合に多重ヌクレオチド変異が正の選択に関する誤ったシグネチャーの原因となり得ることが明らかになり、この問題を改善するモデルが開発された。
Morphological novelty emerges from pre-existing phenotypic plasticity
doi: 10.1038/s41559-018-0601-8
表現型可塑性は新奇性の創出に関わっている可能性がある。今回、トウブスキアシガエル類において、新たなニッチへの侵入を可能にした肉食型オタマジャクシの進化につながる表現型可塑性の選択を裏付ける証拠が得られた。
Social tipping points in animal societies in response to heat stress
doi: 10.1038/s41559-018-0592-5
動物社会において行動がどのように社会の状態を変化させ得るのかに関するモデルが、社会性のクモで検証された。集団がそうした状態変化から元に戻る時期と能力は、コロニーサイズとパーソナリティー構成によって決まる。
Personal and transgenerational cues are nonadditive at the phenotypic and molecular level
doi: 10.1038/s41559-018-0605-4
イトヨ稚魚での実験的研究の結果、単一クラッチ由来の稚魚は、捕食リスクの情報が父親からの刺激によって伝えられた場合でも、それが個体の経験である場合でも、その情報に対して表現型および分子のレベルで同一の反応を示すことが明らかになった。
Drug-mediated metabolic tipping between antibiotic resistant states in a mixed-species community
doi: 10.1038/s41559-018-0582-7
単一種の抗生物質用量反応関係から多種群集の動態を予測するのは困難だが、その理由は、投与を停止しても持続する非可逆的な耐性変化を引き起こす転換点を予見することができないためである。
A bacteriophage enzyme induces bacterial metabolic perturbation that confers a novel promiscuous function
doi: 10.1038/s41559-018-0568-5
バクテリオファージの遺伝子がコードする酵素S-アデノシルメチオニン（SAM）ヒドロラーゼは、イソロイシン欠損大腸菌においてSAMレベルを低下させることで、基質特異性の低い大腸菌酵素MetBの抑制を解除して菌を救済することが、スクリーニングで明らかになった。
Human activities might influence oncogenic processes in wild animal populations
doi: 10.1038/s41559-018-0558-7
環境因子はヒトのがん発生率に影響を与える。著者らは、環境の人為的撹乱も同様に、さまざまなメカニズムによって野生動物個体群のがんの原因になり得ると論じている。
Global mismatch of policy and research on drivers of biodiversity loss
doi: 10.1038/s41559-018-0563-x
世界全体の生物多様性低下に関する過去10年間の研究を総合して得られたエビデンスマップから、予測される深刻さや影響と研究の焦点が合致していないことや、研究と政策の再調整が必要なことが示唆された。
Local management actions can increase coral resilience to thermally-induced bleaching
doi: 10.1038/s41559-018-0589-0
カリブ海のサンゴからサンゴ食巻き貝を除去する実験が行われ、こうした局所的管理活動が白化の重症度と白化後の組織の死滅率を低下させて、深刻な温暖化に対するサンゴの復元力を向上させられることが明らかになった。
The palaeoecological context of the Oldowan–Acheulean in southern Africa
doi: 10.1038/s41559-018-0560-0
ワンダーウェーク洞窟の多重代理指標データから、前期更新世のアフリカ南部では、C3草本およびC4草本と長期にわたる湿地がヒト族古環境の主要な構成要素となっており、同時期のアフリカ東部とは地域的傾向が異なっていたことが明らかになった。
Evidence for close-range hunting by last interglacial Neanderthals
doi: 10.1038/s41559-018-0596-1
考古学的条痕のモデリング実験により、ノイマルク・ノルト遺跡（ドイツ）で出土した12万年前のシカ骨格にある傷が、近距離からネアンデルタール人が突き刺した槍によって付けられたものであることが示唆された。
Environmental coupling of heritability and selection is rare and of minor evolutionary significance in wild populations
doi: 10.1038/s41559-018-0577-4
環境変化は遺伝率と選択の両方に影響を及ぼすが、この両者がどのように共変化するのかはよく分かっていない。オープンリポジトリーの多重分類群データセットを収集した研究からは、野生個体群の中で遺伝率と選択の連結を示す証拠がわずかしか見つからなかった。
Legume abundance along successional and rainfall gradients in Neotropical forests
doi: 10.1038/s41559-018-0559-6
新熱帯区森林の42地点の時系列的なデータから、湿潤林よりも季節性乾燥林の方がマメ科植物の数度が高く、これは二次遷移の初期に特に顕著であることが明らかになった。おそらくこれは、マメ科植物の窒素固定能と小葉の小型化によるものと考えられる。
The macroecological dynamics of species coexistence in birds
doi: 10.1038/s41559-018-0572-9
鳥類種ペア1,115組の生息域の重なりに関する系統、形態および環境のデータを組み合わせることにより、種の共存は、分散集合とニッチ集合の両過程を統合するモデルによって最もよく説明できることが示された。
Tempo and timing of ecological trait divergence in bird speciation
doi: 10.1038/s41559-018-0570-y
生物多様性は徐々に発達するのか、それとも種分化に伴って爆発的に発達するのかは明らかになっていない。今回、鳥類の形質分岐パターンが漸進的ではないことや、初期の突発的な形質分岐がその後の同所性への移行を促進することが分かった。
Experimental evidence for rapid genomic adaptation to a new niche in an adaptive radiation
doi: 10.1038/s41559-018-0581-8
新たなニッチへの適応は遺伝的多様性の低下をもたらし、また、派生的個体群が新たな環境に適応する能力については不明である。今回、イトヨの適応放散において、派生的生態型でゲノムの急速な適応的変化が起こっていることが明らかになった。
Pervasive introgression facilitated domestication and adaptation in the Bos species complex
doi: 10.1038/s41559-018-0562-y
ウシ属（Bos）種のゲノム塩基配列を解読して比較することにより、その系統発生と進化史が明らかになり、家畜化の選択下における遺伝子の移入交雑経路が特定された。
Childhood ecology influences salivary testosterone, pubertal age and stature of Bangladeshi UK migrant men
doi: 10.1038/s41559-018-0567-6
小児期または成人期に英国へ移住したバングラデシュ人男性と、欧州系の英国人男性を比較した研究から、男性の生殖機能は民族的起源と無関係であるが、小児期の後期に入るまでは可塑的であり、小児期初期の環境条件に影響を受けることが明らかになった。
An epigenetic mechanism for cavefish eye degeneration
doi: 10.1038/s41559-018-0569-4
眼の消失は、メキシカンテトラ（Astyanax mexicanus）の盲目の洞窟型など、洞窟に適応した動物によく見られる特徴である。今回、メキシカンテトラの地上型（眼がある）および洞窟型とゼブラフィッシュの並行解析から、DNAのメチル化が眼に特異的な遺伝子の抑制に関わっており、眼の初期発生を包括的に調節していることが示された。
Division of labour and the evolution of extreme specialization
doi: 10.1038/s41559-018-0564-9
微生物から動物まで、社会的集団には分業がよく見られる。今回、自然選択は極度の専門化に有利に働くことが明らかになり、分業が大きな進化的移行を促進する可能性が示唆された。
The rate of facultative sex governs the number of expected mating types in isogamous species
doi: 10.1038/s41559-018-0580-9
配偶子の形態が類似している有性生殖生物の大半は交配型が2種類だが、交配型が多種類ある種も存在する。今回、理論モデルを用いて、交配型の数の分布が変異率、個体群サイズおよび有性生殖の比率によって説明できることが明らかになった。
Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation
doi: 10.1038/s41559-018-0575-6
非左右相称動物の細胞型特異的な転写を解析することにより、後生動物の細胞型の基盤となる遺伝子調節ネットワークの進化に関する手掛かりが得られた。
Empowering peer reviewers with a checklist to improve transparency
doi: 10.1038/s41559-018-0545-z
研究論文の原稿を査読者がもっと効果的かつ効率的に評価するために利用できるチェックリストが示された。
Function and functional redundancy in microbial systems
doi: 10.1038/s41559-018-0519-1
微生物群集は、類似の機能を発揮する多様な分類群によって構成されていることも多い。今回、微生物群集の組み立てと共存に機能や機能的冗長性、および分類学的特徴が果たす役割が考察された。
Genomic tools for behavioural ecologists to understand repeatable individual differences in behaviour
doi: 10.1038/s41559-017-0411-4
近年、行動遺伝学では行動の個体差に大きな関心が集まっている。このReview論文は、そうした個体差を調べるために利用できるゲノムツールや、避けるべき落とし穴について検討している。
Supraorbital morphology and social dynamics in human evolution
doi: 10.1038/s41559-018-0528-0
古いヒト族の標本Kabwe 1の眉弓をコンピューター上で操作して咀嚼をシミュレーションした結果、空間的および生体力学的な役割が限定的であることが分かり、ヒト族の眼窩上領域は、顔面の小型化と前頭骨の形態変化の後に社会的情報伝達に用いられるようになった可能性が浮かび上がった。
Energy efficiency drives the global seasonal distribution of birds
doi: 10.1038/s41559-018-0556-9
空間的に明確な機構モデルを利用することにより、世界中の全陸上鳥類種の分布が、エネルギー獲得とエネルギー消費の最適なバランスによって作り出されていることが明らかになった。
Tritrophic phenological match–mismatch in space and time
doi: 10.1038/s41559-018-0543-1
フェノロジーのミスマッチに関する研究の多くは、時間的な傾向のみに注目している。今回、英国における樹木、芋虫や毛虫、鳥類の間の時間的・空間的なミスマッチの傾向が解析され、高い緯度では全ての種のフェノロジーが遅延することや、芋虫や毛虫と鳥類とのミスマッチの程度には空間的変動がほとんどないことが明らかになった。
Plant spectral diversity integrates functional and phylogenetic components of biodiversity and predicts ecosystem function
doi: 10.1038/s41559-018-0551-1
分光反射プロファイルに基づいて植物の生物多様性を測定する新たな手法により、分類学的、機能的および系統的な多様性と同程度に生産力の変動が捉えられた。
Origin and maintenance of chemical diversity in a species-rich tropical tree lineage
doi: 10.1038/s41559-018-0552-0
アマゾンのカンラン科樹木では、230種以上の草食性昆虫への防御と関係する二次代謝産物の頻度が高く量も多いことから、これらの樹木の植物化学的な多様性が形成される上で広食性の草食性昆虫が極めて重要な役割を果たしたと考えられる。
Evolution of invasiveness by genetic accommodation
doi: 10.1038/s41559-018-0553-z
ヒマワリ属の多年生植物キクイモ（Helianthus tuberosus）による新たな環境への侵入は、利用可能な水の量に対する可塑的なクローン性応答によって促進されており、これは遺伝的順応の理論と一致する。
The ash dieback invasion of Europe was founded by two genetically divergent individuals
doi: 10.1038/s41559-018-0548-9
病原性真菌Hymenoscyphus fraxineusが欧州のセイヨウトネリコを枯死させている。今回、H. fraxineusのゲノム塩基配列が解析され、アジアから持ち込まれた2つの分岐した半数体個体が欧州個体群の創始者となったことが示された。
Monogamous sperm storage and permanent worker sterility in a long-lived ambrosia beetle
doi: 10.1038/s41559-018-0533-3
キクイムシの一種Austroplatypus incompertusの生活史と生息地を分析した結果、この甲虫種では完全な単婚と生涯にわたる精子貯蔵が真社会性の前兆となったことが明らかになった。
Native iron reduces CO2 to intermediates and end-products of the acetyl-CoA pathway
doi: 10.1038/s41559-018-0542-2
アセチルCoA経路は、自然界で最も古くからあるCO2固定経路である。今回、金属がCO2を選択的に還元してアセチルCoA経路の中間体と最終産物を生じることが示された。これは、アセチルCoA経路が前生物的起源であることと一致する。
Multi-environment fitness landscapes of a tRNA gene
doi: 10.1038/s41559-018-0549-8
適応度景観は、ある任意の環境における各遺伝子型の適応度を記述する。今回、4つの環境における酵母tRNA遺伝子の適応度景観が明らかにされ、新たな環境に容易に外挿することができる単純な遺伝子型・環境パターンが示された。
Identifying and exploiting genes that potentiate the evolution of antibiotic resistance
doi: 10.1038/s41559-018-0547-x
細菌のPseudomonas属では、包括的転写調節因子AmpRが進化を促進するため、抗生物質セフタジジムに対する耐性を進化させる能力が属内でさまざまに異なることが明らかになった。この進化経路を遮断することで、耐性が進化する前に病原性株を排除できる。
A biodiversity-crisis hierarchy to evaluate and refine conservation indicators
doi: 10.1038/s41559-018-0504-8
変化の促進要因と生物多様性の低下とを結び付ける「生物多様性の危機の階層性（biodiversity-crisis hierarchy）」の概念モデルは、生物多様性条約の愛知目標の主要な欠落部分を明らかにし、新たな指標を作り上げるための仕組みを提供する。
The spatial scaling of species interaction networks
doi: 10.1038/s41559-018-0517-3
生物の相互作用が空間的スケールによってどのように変化するのかは、あまり明らかになっていない。今回、多栄養段階群集の空間的スケーリングを探るための理論的枠組みが概説され、ネットワーク–面積関係（network-area relationship；NAR）に関する検証可能な予測が提示された。
A guide to ancient protein studies
doi: 10.1038/s41559-018-0510-x
古プロテオミクスは、進化生物学と考古学と人類学が交差する部分に新しく生まれた研究領域である。このPerspective論文は、研究者や査読者、編集者が古代タンパク質研究を実践・評価するための最良の入門書の1つとなる。
Homo sapiens in Arabia by 85,000 years ago
doi: 10.1038/s41559-018-0518-2
ネフド砂漠で見つかり、年代が直接測定されたホモ・サピエンスの指骨から、8万5000年以上前のアラビア半島にヒトがいたことが明らかになった。これは、アフリカおよびレバント地方以外で年代が最も古いホモ・サピエンスとなる。
The resilience of postglacial hunter-gatherers to abrupt climate change
doi: 10.1038/s41559-018-0508-4
英国の中石器時代のスターカー遺跡に関して、高分解能の局所的古気候記録と前期完新世のヒトの行動記録とを相関させる研究が行われた。その結果、この時代には種々の環境ストレスがあったにもかかわらず、活発な人間活動が数世紀にわたって持続していたことが明らかになり、ヒト集団が気候変動に対して復元力を持っていたことが示唆された。
The spatial and temporal domains of modern ecology
doi: 10.1038/s41559-018-0524-4
2004～2014年の間に発表された生態学研究論文348編の空間的・時間的な広がりを分析した結果、分解能と観察期間はほとんど変化していないが、観察の時間的間隔は狭まり、空間的範囲は広がったことが分かった。
Satellite passive microwaves reveal recent climate-induced carbon losses in African drylands
doi: 10.1038/s41559-018-0530-6
衛星で捉えた低周波受動型マイクロ波から得られる「植生の光学的深さ（VOD）」に関するデータ（L-VOD）によって、2010～2016年のサブサハラアフリカ地域のバイオマス変化が定量化され、特に乾燥地での気候に起因する炭素損失が明らかになった。
Food web changes under ocean acidification promote herring larvae survival
doi: 10.1038/s41559-018-0514-6
今世紀末に予測される海洋酸性化の条件下ではタイセイヨウニシンの仔魚の生存率が上昇することが、in situのメソコスム実験で示された。これは、CO2濃度の上昇で一次生産量が増加するためと考えられる。
The evolution of immunity in relation to colonization and migration
doi: 10.1038/s41559-018-0509-3
アフリカ・旧北区の鳴禽類1,311種の移住史を再構築し、MHC-Iの遺伝的多様性の比較解析も行った結果、移住や渡りの間に起こった病原体圧の変化が免疫を形作ったことが示唆された。
The interplay of past diversification and evolutionary isolation with present imperilment across the amphibian tree of life
doi: 10.1038/s41559-018-0515-5
ほぼ全ての現生両生類種の系統発生解析によって、進化的固有性（evolutionary distinctiveness；ED）の生物地理学パターンと現在の絶滅危機への直面状況が明らかになった。この情報は、両生類の保全戦略に役立つだろう。
Hagfish and lamprey Hox genes reveal conservation of temporal colinearity in vertebrates
doi: 10.1038/s41559-018-0526-2
Hox遺伝子群は脊椎動物の発生で極めて重要な役割を果たしている。今回、有顎脊椎動物と同様に、円口類でもHox遺伝子の発現開始がHox遺伝子クラスター内の位置によって決まることが明らかになった。
Ecological suicide in microbes
doi: 10.1038/s41559-018-0535-1
自らの利益のために生息地を変化させることができる生物は多いが、中には利益にならないような方向に生息地を変化させてしまう生物もある。今回、その極端な例が土壌細菌で報告された。個体群密度が高くなると環境pHを著しく変化させて個体群の消滅を招くのである。
Multicopy plasmids allow bacteria to escape from fitness trade-offs during evolutionary innovation
doi: 10.1038/s41559-018-0529-z
進化的新機軸が生じる過程ではトレードオフが広く見られる。今回、多コピープラスミドがTEM-1 βラクタマーゼ系の祖先型アレルと進化型アレルの共存を可能にして、細菌がトレードオフで負う進化的制約を逃れるのを助けていることが示された。
Altered access to beneficial mutations slows adaptation and biases fixed mutations in diploids
doi: 10.1038/s41559-018-0503-9
二倍体の適応についてはあまりよく解明されていない。今回、出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の二倍体株の長期にわたる実験的進化で、適応速度の低下および適応的な顕性（優性）変異への移行が明らかになった。
Translation of neutrally evolving peptides provides a basis for de novo gene evolution
doi: 10.1038/s41559-018-0506-6
遺伝子はランダムな非コードDNAから新規に生じる場合がある。今回、マウスで一群の「若い」タンパク質が見つかった。これらはかなりの高レベルで翻訳され、中立的に進化しており、新規遺伝子の前駆体であると推定される。
Horizontal gene transfer constrains the timing of methanogen evolution
doi: 10.1038/s41559-018-0513-7
始生代の微生物によるメタン生成により、液体水圏を支えるのに必要な高温を説明できると考えられる。今回、メタン生成アーキアとシアノバクテリアの間の遺伝子水平伝播事象を分析することで、始生代より前のメタン生成の裏付けが得られた。
Gene transfers can date the tree of life
doi: 10.1038/s41559-018-0525-3
微生物は化石記録が不足しているため、系統の年代推定が特に困難である。今回、遺伝子水平伝播の情報を用いて系統樹の年代を推定できることが示された。
The exceptional value of intact forest ecosystems
doi: 10.1038/s41559-018-0490-x
重大な人為的劣化を免れている森林は、生物多様性、炭素の隔離と貯蔵、水の供給、および土着の文化とヒトの健康の維持にとって特別な価値があるという証拠が得られつつある。それを踏まえて著者らは、そうした手付かずの森林の保全を緊急に優先すべきだと論じている。
Rapid evolution of highly variable competitive abilities in a key phytoplankton species
doi: 10.1038/s41559-018-0474-x
実験室条件下では、海洋酸性化に対する植物プランクトンの進化的適応が示されている。今回、野外条件下ではこの適応が多面発現効果によって遮蔽されることが分かった。
Cretaceous arachnid Chimerarachne yingi gen. et sp. nov. illuminates spider origins
doi: 10.1038/s41559-017-0449-3
ミャンマー産琥珀に閉じ込められた新たな白亜紀クモ綱の化石は、原始的な特徴と派生的な特徴を併せ持っていることから、クモ目の系統基部に位置すると考えられ、クモ目の進化の解明に役立つものである。
Origin of spiders and their spinning organs illuminated by mid-Cretaceous amber fossils
doi: 10.1038/s41559-018-0475-9
中期白亜紀のミャンマー産琥珀に保存されたChimerarachne yangi のさらなる標本2点は、クモ目の起源とその紡績器の発達を知る糸口となる。
Two million years of flaking stone and the evolutionary efficiency of stone tool technology
doi: 10.1038/s41559-018-0488-4
石器はヒト族の行動の進化を示すものと考えられているが、それらがどのように適応上の有利さをもたらしたのかは具体的に分かっていない。今回、200万年にわたる剥片石器のデータセットに基づき、石器製作技術の進化的有効性が再評価された。
Secondary foundation species enhance biodiversity
doi: 10.1038/s41559-018-0487-5
着生植物などの二次基盤種は、一次基盤種の上に複雑な構造の生息場所を形成する。メタ解析から、二次基盤種は、一次基盤種のみの場合と比較して、生息する生物の個体数や種数を有意に増加させることが明らかになった。
The large mean body size of mammalian herbivores explains the productivity paradox during the Last Glacial Maximum
doi: 10.1038/s41559-018-0481-y
全球的な動的植生モデルに草食モジュールを組み込むことにより、大型草食動物の影響を説明できる。この改訂モデルは、現在および最終氷期極大期の条件に当てはまる。
Rapid and lasting gains from solving illegal fishing
doi: 10.1038/s41559-018-0499-1
違法・無報告・無規制（IUU）漁業を積極的に取り締まるインドネシアの最近の取り組みを分析した結果、合法的な漁獲の削減（およびそれに伴う食料供給と利益への影響）を限定しながら漁場の回復を促進させる、費用対効果の高い方法が示された。この方法は他の海域にも応用できると考えられる。
Hologenomic adaptations underlying the evolution of sanguivory in the common vampire bat
doi: 10.1038/s41559-018-0476-8
ナミチスイコウモリ（Desmodus rotundus）は、わずか3種しか存在しない偏性吸血哺乳類のうちの1種である。今回、そのゲノムと腸内メタゲノムの両方に関して塩基配列の解読を行うことにより、この特殊な食性の基盤となった進化的適応の全体像が得られた。
Clonal polymorphism and high heterozygosity in the celibate genome of the Amazon molly
doi: 10.1038/s41559-018-0473-y
無性生殖を行う脊椎動物はきわめてまれである。今回、無性生殖魚類アマゾンモーリー（Poecilia formosa）のゲノム塩基配列が解読された。遺伝的劣化を示す証拠はほとんど見いだされなかったが、クローンの多型と高いヘテロ接合性が認められたことから、それらによってこの魚類種の繁栄を説明できるかもしれない。
Genomics of habitat choice and adaptive evolution in a deep-sea fish
doi: 10.1038/s41559-018-0482-x
水深の勾配が種内分化の促進に果たす役割については、ほとんど分かっていない。今回、ソコダラ科深海魚Coryphaenoides rupestrisの注釈付きゲノムアセンブリーの結果が報告された。そのリシーケンシングデータは、水深による遺伝子型の分離を示している。
Explosive diversification of marine fishes at the Cretaceous–Palaeogene boundary
doi: 10.1038/s41559-018-0494-6
1,000カ所を超える超保存エレメントの選択的濃縮と分岐年代の解析により、有棘類（Acanthomorpha）の主要120系統の類縁関係が明らかになり、白亜紀–古第三紀（K–Pg）境界直後の有棘類放散に関する新たな時間尺度が得られた。
Gene-based predictive models of trophic modes suggest Asgard archaea are not phagocytotic
doi: 10.1038/s41559-018-0477-7
遺伝子に基づいて栄養様式を予測するモデルから、Asgard上門アーキアが食作用を行わないことが明らかになり、食作用の出現には、祖先アーキアへの細胞骨格成分の導入、カルシウムシグナル伝達を中心とする一連の細菌タンパク質、および、ある程度の新機軸が必要であったことが示唆された。
Gene duplicates resolving sexual conflict rapidly evolved essential gametogenesis functions
doi: 10.1038/s41559-018-0471-0
キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）で遺伝子重複によって生じた特異的なパラログは、雌と雄の配偶子形成にそれぞれ不可欠であり、反対の性の生殖能力を抑制することが分かった。
Patterns of shared signatures of recent positive selection across human populations
doi: 10.1038/s41559-018-0478-6
キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）で遺伝子重複によって生じた特異的なパラログは、雌と雄の配偶子形成にそれぞれ不可欠であり、反対の性の生殖能力を抑制することが分かった。
The demographic history and mutational load of African hunter-gatherers and farmers
doi: 10.1038/s41559-018-0496-4
アフリカ中央部の狩猟採集民および農民の計300人から得た高カバー率のエキソームから、最近の人口推移と遺伝子流動が明らかになり、それらの推移がそれぞれの変異負荷に与えた影響に関する手掛かりも得られた。
Language continuity despite population replacement in Remote Oceania
doi: 10.1038/s41559-018-0498-2
リモートオセアニア（オセアニア島嶼地域）の古代と現代の人々から得られた全ゲノムデータから、過去2,500年の間に集団が入れ替わったことが示された。ただし言語は引き継がれている。パプア人が移住して、現地の東アジア系集団と遺伝学的にほぼ完全に入れ替わったが、オーストロネシア語は入れ替わらなかったのである。
The origin and expansion of Pama–Nyungan languages across Australia
doi: 10.1038/s41559-018-0489-3
パマ・ニュンガン語族の306言語の語彙に関する系統地理学的なベイズ解析により、この語族は、中期完新世のガルフプレーンズ（Gulf Plains）地方で出現した後、急激な置換過程を経て豪州全土で支配的となったことが示唆された。
Navigating the unfolding open data landscape in ecology and evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0458-2
オープンデータが急増しているが、データセットが多数の格納場所に分散している場合もある。今回著者らは、生態学と進化生物学におけるオープンデータの概観を示すとともに、データを再利用する際に考慮すべき重要なポイントを明らかにしている。
Redefining ecosystem multifunctionality
doi: 10.1038/s41559-017-0461-7
生態系の多機能性という概念は、2つの異なる研究領域から出てきたものである。このPerspective論文では、基礎研究にも応用研究にも意味があると思われる2つのレベルで多機能性を再定義することにより、両領域の考え方を調和させている。
Molecular fossils from organically preserved Ediacara biota reveal cyanobacterial origin for Beltanelliformis
doi: 10.1038/s41559-017-0438-6
エディアカラ生物相のベルタネリフォルミス（Beltanelliformis）の標本に保存されている有機バイオマーカーから、この謎に包まれた生物が底生のコロニー型シアノバクテリアであったことが明らかになった。
Hook innovation boosts foraging efficiency in tool-using crows
doi: 10.1038/s41559-017-0429-7
野生のカレドニアガラス（ Corvus moneduloides ）は、先端にかぎ状構造のある採餌道具を製作することで知られるが、今回、それを使った場合の採餌効率は、かぎ状構造のない道具を使った場合よりも高くなることが示された。
New Egyptian sauropod reveals Late Cretaceous dinosaur dispersal between Europe and Africa
doi: 10.1038/s41559-017-0455-5
新たに見つかったティタノサウルス類竜脚類Mansourasaurusは、アフリカ大陸のセノマニアン以降の白亜紀層から見つかった中で化石が最も完全に保存された陸上脊椎動物である。系統発生解析から、当時はアフリカと欧州の両方に生息するティタノサウルス類クレードが存在しており、両大陸間に動物相のつながりがあったことが分かった。
Dinosaurs reveal the geographical signature of an evolutionary radiation
doi: 10.1038/s41559-017-0454-6
今回、生物地理学的モデルによって恐竜の祖先の生息場所が再構築され、1億7000万年もの長期にわたる放散過程を支えた空間的メカニズムが明らかになった。それによると、最初は移動が急速だったが、絶滅時期が近づくにつれて減速していった。
The impact of endothermy on the climatic niche evolution and the distribution of vertebrate diversity
doi: 10.1038/s41559-017-0451-9
陸上脊椎動物1万1465種の化石および現代の記録から得られた分布データと系統発生データを組み合わせることにより、気候ニッチの変化速度は外温動物よりも内温動物の方が有意に大きいことが分かった。
Species co-occurrence analysis predicts management outcomes for multiple threats
doi: 10.1038/s41559-017-0457-3
多種共存のネットワーク解析から、強く結合した種は脅威の管理からより多くの恩恵を得る傾向にあること、そして、この情報を使って脅威軽減策に対する群集全体の応答を予測できることが示された。
Potentially dangerous consequences for biodiversity of solar geoengineering implementation and termination
doi: 10.1038/s41559-017-0431-0
気候工学は、気候変動の影響を打ち消すための戦略となり得る。気候変化速度を用いて生物多様性への影響を予測した結果、太陽放射管理の突然の停止には特別なリスクがあることが分かった。
History and environment shape species pools and community diversity in European beech forests
doi: 10.1038/s41559-017-0462-6
ヨーロッパブナ林における群落形成を大陸全体の規模で解析することにより、種のプールに歴史や環境が与える影響の大きさはさまざまなスケールにわたって異なっていることが明らかになった。
A southern African origin and cryptic structure in the highly mobile plains zebra
doi: 10.1038/s41559-017-0453-7
サバンナシマウマ（ Equus quagga ）の全亜種の全ゲノムデータから、形態に基づく亜種分類と食い違う集団遺伝学的構造や、現代と古代の遺伝的多様性が明らかになり、全ての現生個体群がアフリカ南部起源である可能性が示された。
Community proteogenomics reveals the systemic impact of phosphorus availability on microbial functions in tropical soil
doi: 10.1038/s41559-017-0463-5
17年にわたり熱帯林施肥実験が行われた土壌のメタゲノムおよびメタプロテオーム解析の結果、微生物群集は難分解性基質からのリンの取り出しを強化することで栄養素不足に対応するという仮説が裏付けられた。
Ancient balancing selection on heterocyst function in a cosmopolitan cyanobacterium
doi: 10.1038/s41559-017-0435-9
平衡選択によって遺伝的多型が長期的に維持されることはまれである。今回、好熱性シアノバクテリアの一種において、数千万年にわたる多様化の中で、窒素固定の生理学的特性に影響を与える多型が維持されてきたことが明らかになった。
Salmonella enterica genomes from victims of a major sixteenth-century epidemic in Mexico
doi: 10.1038/s41559-017-0446-6
16世紀にメキシコを襲った疫病の死者の遺骸から古代DNAを回収して解析した結果、欧州人の到来後間もなく発生した壊滅的な疫病は、Salmonella enterica Paratyphi Cによるもの（サルモネラ症）であったことが示唆された。
The factors driving evolved herbicide resistance at a national scale
doi: 10.1038/s41559-018-0470-1
英国各地の農場でイネ科植物ノスズメノテッポウ（ Alopecurus myosuroides ）の常在度と除草剤耐性を調査した結果、耐性がこの雑草の密度を増大させており、除草剤の周期的使用や併用では耐性の進化が抑制されないことが示唆された。
Dynamic evolution of regulatory element ensembles in primate CD4+ T cells
doi: 10.1038/s41559-017-0447-5
エンハンサーの進化的変化が標的遺伝子の転写にどう影響するのかはよく分かっていない。今回、霊長類のCD4+ T細胞で新生転写反応を測定することにより、エンハンサーの進化的変化の影響が転写の段階で緩和されていることが示された。
Variation and constraints in hybrid genome formation
doi: 10.1038/s41559-017-0437-7
交雑は重要な進化的過程である。今回、雑種イタリアスズメ（Passer italiae）の隔離個体群の研究から、異なる島で別々に生じた完全に機能する新規の雑種ゲノムの組み合わせが複数見いだされた。
Hemimetabolous genomes reveal molecular basis of termite eusociality
doi: 10.1038/s41559-017-0459-1
ハチ目昆虫とシロアリでは真社会性がそれぞれ独立に進化した。今回、チャバネゴキブリと乾材シロアリの1種（Cryptotermes secundus）のゲノム塩基配列が解読され、シロアリの真社会性の進化的特徴に関する洞察が得られた。
Clonal genome evolution and rapid invasive spread of the marbled crayfish
doi: 10.1038/s41559-018-0467-9
マーブルクレイフィッシュ（ Procambarus virginalis ；別名ミステリークレイフィッシュ）は、淡水生息環境への新たな侵入種となりつつある。今回、そのゲノム塩基配列が解読され、この十脚甲殻類の進化には、ゲノム重複、三倍体性およびクローン増殖が関わっていることが明らかになった。
The success of failed Homo sapiens dispersals out of Africa and into Asia
doi: 10.1038/s41559-017-0436-8
海洋酸素同位体ステージ5（約12万6000～7万4000年前）の初期に起こったアフリカからレバント地方へのヒトの分散は、その後のより成功した出アフリカ事象の前触れであったと、近年まで考えられていた。アジアで最近発見された考古学的証拠は、この筋書きに疑問を投げ掛けるものであり、何をもって分散の成功と見なすのかという問題を検討するための助けになる。
Refined control of cell stemness allowed animal evolution in the oxic realm
doi: 10.1038/s41559-017-0410-5
最初期の動物の多様化は酸素濃度の上昇と関連付けられている。今回、新たなモデルが提案された。動物は、低酸素誘導性の転写因子によって細胞の幹細胞性を飛躍的に制御できるようになり、変動する酸素濃度への対処が可能になったというものである。
The contribution of predators and scavengers to human well-being
doi: 10.1038/s41559-017-0421-2
捕食者や腐肉食者である動物種は、疾病の制御や農業への寄与、廃棄物の処理をはじめとする恩恵をヒトにもたらしているが、そうした認識は一般に薄く、冷遇されている。保全の検討にあたっては、捕食者や腐肉食者によるこれらのサービスが強調されるべきである。
Evolutionary determinants of genome-wide nucleotide composition
doi: 10.1038/s41559-017-0425-y
ゲノム全体のヌクレオチド構成は、種によって大きく異なる。今回、ゲノムのGC含量は変異バイアスによって変動するが、自然選択や偏った遺伝子変換でも変化することが明らかになった。
The rise and fall of the Old World savannah fauna and the origins of the African savannah biome
doi: 10.1038/s41559-017-0414-1
サバンナ動物相は、時空間的につながった古バイオームとして発生した。この古バイオームが中期中新世に繁栄した後、後期中新世にユーラシアとアフリカに枝分かれしたのである。
Foraging constraints reverse the scaling of activity time in carnivores
doi: 10.1038/s41559-017-0386-1
数理モデリングと陸上肉食動物73種の活動追跡データとを組み合わせることにより、採餌に費やす活動時間の比率と体サイズとの間には、体重約5 kgまでは正のスケーリング関係があるが、約5 kgを超えると負のスケーリング関係になることが明らかになった。
Social transmission of avoidance among predators facilitates the spread of novel prey
doi: 10.1038/s41559-017-0418-x
捕食者が隠蔽色の獲物以上に警告色の獲物を食べずに忌避するのは、単に自身の経験によるだけでなく、まずい獲物を食べた同種個体の経験を観察したことも要因となっていることが、シジュウカラを捕食者集団とする実験で明らかになった。
Equal fitness paradigm explained by a trade-off between generation time and energy production rate
doi: 10.1038/s41559-017-0430-1
動植物および微生物の適応度がほぼ等しくなる「等適応度パラダイム（equal fitness paradigm）」は、生物物理学的な境界内に拘束された中での世代時間と生産とのトレードオフのためであることが、理論モデルとそれを裏付ける実験的証拠によって明らかになった。
Consistent effects of biodiversity loss on multifunctionality across contrasting ecosystems
doi: 10.1038/s41559-017-0415-0
環境勾配のある中で行われた2つの長期的な多様性操作実験から、生物多様性の低下が生態系機能にどのような影響を与えるのかを知る手掛かりが得られた。生物多様性低下は、多機能性に一定の影響を及ぼす。そして、多機能性が生態系の違いを越えて類似の値になることで、生物多様性低下の個々の影響が覆い隠されてしまう可能性がある。
Genotypic variability enhances the reproducibility of an ecological study
doi: 10.1038/s41559-017-0434-x
遺伝的多様性を意図的に組み込むことで生態学研究の再現性が高まることが、14施設で反復されたミクロコスム実験で示された。
Global priorities for conserving the evolutionary history of sharks, rays and chimaeras
doi: 10.1038/s41559-017-0448-4
軟骨魚類の全てについて保全の優先順位を決定するための尺度として、進化的特異性が用いられ、保全対象として、絶滅危惧種の種数、固有性および進化的特異性が最高水準となる21カ国が特定された。
A global perspective on the trophic geography of sharks
doi: 10.1038/s41559-017-0432-z
サメ類の栄養的相互作用における全球規模の生物地理的特性が、炭素同位体の分析から明らかになり、サメ類の多様な採餌行動が浮かび上がった。
Quantitative species-level ecology of reef fish larvae via metabarcoding
doi: 10.1038/s41559-017-0413-2
紅海のサンゴ礁魚類の仔魚を対象とするハイスループットのメタバーコーディングにより、生物多様性の高い仔魚群集が種レベルで再構築され、仔魚の時空間的分布および個体数が明らかになった。
Homogenization of lake cyanobacterial communities over a century of climate change and eutrophication
doi: 10.1038/s41559-017-0407-0
欧州の10湖沼の堆積物DNAを分析した結果、過去100年の間に、シアノバクテリア群集が湖沼環境条件の均質化に伴って構成的および系統的により似通ったものとなってきたことが分かった。
Functional diversity and community assembly of river invertebrates show globally consistent responses to decreasing glacier cover
doi: 10.1038/s41559-017-0426-x
9つの生物地理区の河川無脊椎動物を100万個体以上分析した結果、氷河被覆度の低下に伴って機能的形質の多様性が一貫して上昇することが分かった。
An interplay between plasticity and parental phenotype determines impacts of ocean acidification on a reef fish
doi: 10.1038/s41559-017-0428-8
海洋酸性化に対する生物の応答は、異なる時間スケールにわたって耐性と表現型可塑性の多様性に依存すると考えられる。サンゴ礁魚類Acanthochromis polyacanthusを対象とした研究により、海洋酸性化に対する魚類の応答には親の多様性と継代効果が重要であることが明らかになった。
Sexual antagonism and the instability of environmental sex determination
doi: 10.1038/s41559-017-0427-9
動物では、環境的性決定よりも遺伝的性決定（GSD）の方が一般的である。GSDがこのように広まったのは、仔の性比を一方の性に偏らせる遺伝子と、その性では有益だが別の性ではコストがかかる遺伝子とが組み合わさったためであることが今回示された。
Genomic basis and evolutionary potential for extreme drought adaptation in Arabidopsis thaliana
doi: 10.1038/s41559-017-0423-0
気候変動に対する種の適応能力は、その遺伝的多様性に依存する。今回、シロイヌナズナ（ Arabidopsis thaliana ）の乾燥耐性に関連する遺伝的バリアントの地理的分布に基づき、欧州中央部の個体群の将来的な遺伝的不適応が予測された。
Phage-host population dynamics promotes prophage acquisition in bacteria with innate immunity
doi: 10.1038/s41559-017-0424-z
制限・修飾系は、個々の細菌においてはバクテリオファージによる溶菌性感染と溶原性感染の両方を阻害するが、個体群レベルでは、感染の開始を遅らせることによって溶原性の可能性を高める。
The genetic basis and evolution of red blood cell sickling in deer
doi: 10.1038/s41559-017-0420-3
シカ15種のヒトβグロビンオルソログの塩基配列が決定され、それをタンパク質構造モデリングに用いることにより、ヒトの鎌状赤血球症の赤血球で見られるものとは異なる赤血球鎌状化メカニズムが明らかになった。
Adaptation of Plasmodium falciparum to its transmission environment
doi: 10.1038/s41559-017-0419-9
小児に感染した熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）のトランスクリプトーム解析が行われ、伝播強度の低い地域の原虫は高い地域の原虫と比べて、新たな宿主への伝播（生殖）に対する投資が多く、宿主内での複製（増殖）に対する投資は少ないことが明らかになった。
Scientific aptitude better explains poor responses to teaching of evolution than psychological conflicts
doi: 10.1038/s41559-017-0442-x
英国の中等学校において、進化に対する受容レベルがもともと低い生徒は、もともと高い生徒と比べて、授業による進化の理解度があまり上がらないことが分かった。こうした受容レベルの低い生徒は、教員が層別化して編成した低学力のクラスに多く、遺伝学の授業に対する反応も乏しい。
100 articles every ecologist should read
doi: 10.1038/s41559-017-0370-9
生態学ジャーナル7誌の編集委員らから専門家としての意見を集めることにより、生態学の領域で強く推奨される論文上位100編のリストが作成された。
What genomic data can reveal about eco-evolutionary dynamics
doi: 10.1038/s41559-017-0385-2
自然界の生態–進化動態に関する研究は魅力的だが容易ではない。このPerspective論文では、生態–進化動態の裏にあるメカニズムを理解して自然界の進化や生態に関する予測を導くために、ゲノムデータをどのように利用できるかを論じている。
Risks to pollinators and pollination from invasive alien species
doi: 10.1038/s41559-017-0412-3
侵入種は、生態的ネットワークの改変、新たな病気の脅威、栄養摂取量の低下など、さまざまな形で授粉に影響を与える場合がある。このReview論文では、そうした脅威を評価し、IPBESの報告に立脚して、花粉媒介者や授粉に対する侵略的外来種の影響を統合している。
Forest extent and deforestation in tropical Africa since 1900
doi: 10.1038/s41559-017-0406-1
古い代理指標と古地図による実地データに基づいて1900年頃の熱帯アフリカの森林範囲を再構築することにより、森林減少の速度は、モデルによる推定のみで示唆された結果よりも大幅に低速であったことが明らかになった。
Climatic niche shifts are common in introduced plants
doi: 10.1038/s41559-017-0396-z
大陸をまたいで侵入した植物種は、これまで考えられていたよりもはるかによく気候的ニッチをシフトさせることが、陸上植物種の大規模データセットから明らかになった。
Biodiversity–multifunctionality relationships depend on identity and number of measured functions
doi: 10.1038/s41559-017-0391-4
ドイツ・イェーナの草原の生物多様性実験で生態系機能の82指標を分析した結果、多機能性は多様性と共に着実に増加するが、その関係は考慮した機能の数と性質に依存することが分かった。
Local loss and spatial homogenization of plant diversity reduce ecosystem multifunctionality
doi: 10.1038/s41559-017-0395-0
栄養素ネットワーク（Nutrient Network）の実験で世界各地の草原65カ所を分析した結果、植物群落ではαおよびβ多様性が高いほど生態系の多機能性のレベルが高く、その影響はスケールをまたいで増幅されることがわかった。
The ecological importance of intraspecific variation
doi: 10.1038/s41559-017-0402-5
種内変動の生態系への影響を種の置換または除去の影響と比較したメタ解析から、種内変動の影響は、種の置換または除去の影響と同等か、場合によってはそれ以上に強い場合があることが分かった。
Global patterns in marine predatory fish
doi: 10.1038/s41559-017-0388-z
海生捕食性硬骨魚類の浮魚と底魚の全球分布に見られる緯度的な相違は、各食物連鎖の基部の相対的なエネルギー流入量によって説明できる。
Abundance and richness of key Antarctic seafloor fauna correlates with modelled food availability
doi: 10.1038/s41559-017-0392-3
海面のクロロフィルaのデータを、領域海洋モデル、および堆積物グラブ採泥で得られた珪藻の種個体数と組み合わせることにより、東南極のジョージ5世海域の全体にわたる漂泳–底生結合（pelagic–benthic coupling）の強さが明らかになった。
A model for ‘sustainable’ US beef production
doi: 10.1038/s41559-017-0390-5
米国の牛肉産業は環境面から見て持続可能性がないと考えられている。今回著者らは、畜牛が牧草と食品産業副産物のみによって肥育されるシステムをモデル化し、質の高い耕地を使用しなくても現在の生産量の45％が得られると推定している。
Flow regime alteration degrades ecological networks in riparian ecosystems
doi: 10.1038/s41559-017-0379-0
気候変動や、ヒトによる河川の流れの制御は、水生種の分布に影響を与える可能性が高い。自然流況の改変をモデル化することにより、小さな変更であっても水辺の植物ネットワーク構造に影響を及ぼし得ることが明らかになった。
The architecture of mutualistic networks as an evolutionary spandrel
doi: 10.1038/s41559-017-0383-4
相利共生網の入れ子構造その他の特徴は、種分化–分岐動態による多様性形成の結果生じたスパンドレル（副産物）であることが、数学的モデリングで示唆された。
Predation drives local adaptation of phenotypic plasticity
doi: 10.1038/s41559-017-0373-6
表現型可塑性における遺伝的変動は、局所的適応が可能であることを示唆している。そうした局所的適応がミジンコ（Daphnia pulex）で捕食によって促進されることが、多地点での多形質実験から明らかになった。
Rapid morphological change of a top predator with the invasion of a novel prey
doi: 10.1038/s41559-017-0378-1
タカ科鳥類タニシトビのくちばしと体のサイズは、在来の獲物より大型のリンゴガイが生息範囲に侵入してから10年で著しく増大した。幼鳥は体が大きいものほど生存率が高いことから、進化的変化が間近に迫っている可能性が示唆される。
Regulated hunting re-shapes the life history of brown bears
doi: 10.1038/s41559-017-0400-7
スウェーデンのヒグマを30年にわたってモニタリングした研究で、持続可能な管理が行われているにもかかわらず生活史が顕著に変化するなど、規制された狩猟であっても個体群統計学的な影響を及ぼすことが明らかになった。
Genomic consequences of intensive inbreeding in an isolated wolf population
doi: 10.1038/s41559-017-0375-4
近親交配が高度に進んだオオカミ個体群に由来する97頭について全ゲノムのリシーケンシングを行った結果、多くの個体で全染色体が完全なホモ接合であることが明らかになり、集中的な近親交配によるゲノムへの影響が示された。
Social polymorphism is favoured by the co-evolution of dispersal with social behaviour
doi: 10.1038/s41559-017-0397-y
分散と社会的行動は共進化するが、それらの進化的影響はよく分かっていない。今回、分散に関与する座位と社会的行動に関与する座位の連鎖が社会的多型を出現させることが明らかになった。
Nemertean and phoronid genomes reveal lophotrochozoan evolution and the origin of bilaterian heads
doi: 10.1038/s41559-017-0389-y
紐形動物1種と箒虫動物1種のゲノム塩基配列を解読した結果、この2つの冠輪動物は非常に近縁であることが分かった。得られたデータから、左右相称動物の頭部パターン形成の起源が共通であることも示された。
Complexity and conservation of regulatory landscapes underlie evolutionary resilience of mammalian gene expression
doi: 10.1038/s41559-017-0377-2
哺乳類15種の肝臓試料でプロモーターおよびエンハンサーの活性と下流の転写物のレベルを分析した結果、遺伝子の調節状況の複雑さと発現の進化的安定性との間に関連性が見いだされた。
Tetrad analysis in plants and fungi finds large differences in gene conversion rates but no GC bias
doi: 10.1038/s41559-017-0372-7
GCに偏った遺伝子変換は進化遺伝学的にさまざまな意味合いを持つが、その発生率はよく分かっていない。今回、生物4種で四分子の塩基配列を直接解読した結果、遺伝子変換率には大きな差が認められたが、全般的なGCへの偏りを示す証拠は得られなかった。
Pan-arthropod analysis reveals somatic piRNAs as an ancestral defence against transposable elements
doi: 10.1038/s41559-017-0403-4
節足動物門の全体にわたって、転移因子を標的とする体細胞性のPIWI相互作用性RNAが広く存在することから、この経路が節足動物の最終共通祖先で機能していたことが示唆される。
Genome of the Tasmanian tiger provides insights into the evolution and demography of an extinct marsupial carnivore
doi: 10.1038/s41559-017-0417-y
フクロオオカミは、絶滅した肉食性有袋類である。保存されている標本のゲノムの塩基配列を解読した結果、個体群が長期にわたって縮小していったことが分かり、フクロオオカミとイヌ科動物の間に見られる表現型収斂の遺伝的基盤が明らかになった。
Biocultural approaches to well-being and sustainability indicators across scales
doi: 10.1038/s41559-017-0349-6
地域の価値感、知識およびニーズを全球の生態学的要因と組み合わせる生物文化的取り組みは、地域と世界全体の幸福および持続可能性を評価するための有益な指標の枠組みをもたらし、両者の隔たりを埋めるのに寄与する。
The meaning of intragenomic conflict
doi: 10.1038/s41559-017-0354-9
ゲノム内対立は、ある遺伝子が自らのために機能するとゲノムの他の部分が不利益を被る場合に生じる。今回、著者らはゲノム内対立の一般理論を提唱し、生物の適応異常やヒトの疾患に対してゲノム対立が持つ意味を論じている。
Coat colour adaptation of post-glacial horses to increasing forest vegetation
doi: 10.1038/s41559-017-0358-5
ニッチモデリングと古代DNA解析から、後氷期の森林で黒いウマが優勢であったことが明らかになり、そうした生息場所にウマがしだいに適応していったことが示唆された。
Herbivores increase the global availability of nutrients over millions of years
doi: 10.1038/s41559-017-0341-1
白亜紀には、おそらく大型植食性恐竜が生息していたことにより、植物にとって重要な栄養素が、植食性四肢類がいなかったペンシルバニアン亜紀よりも豊富かつ均一に存在していた。
Soil biota contributions to soil aggregation
doi: 10.1038/s41559-017-0344-y
土壌の明瞭な団粒構造の形成は、生物地球化学的循環の重要な要素である。今回、メタ解析によって、土壌生物相が土壌の団粒構造形成に強いプラスの影響を与えており、最大の影響は細菌および真菌類によるものであることが明らかになった。
A test of the hierarchical model of litter decomposition
doi: 10.1038/s41559-017-0367-4
植物リター（落葉落枝）の分解を正確に理解することは、地球システムモデリングの情報を得る上で重要である。今回、植物リターの分解に関して主流となっている階層モデルに不十分な部分があることが分かり、見直しが示唆された。
Thermal limits to the geographic distributions of shallow-water marine species
doi: 10.1038/s41559-017-0353-x
海水温と浅海種1790種の分布域との関係を評価した結果、水温の実現ニッチは緯度と共に増加するが、地理的面積は縮小することが分かった。
The winter pack-ice zone provides a sheltered but food-poor habitat for larval Antarctic krill
doi: 10.1038/s41559-017-0368-3
冬季の海氷は、越冬するナンキョクオキアミに極めて重要な摂食場所を提供すると考えられている。それに対して著者らは今回、流氷域は成長途上のオキアミ幼生にとって食物に乏しい生息場所であるが、重要な避難場所として機能していることを明らかにした。
A global picture of biological invasion threat on islands
doi: 10.1038/s41559-017-0365-6
島嶼は、侵入種の影響が強く懸念される場所と考えられている。今回、島嶼の侵入種に関する全球的なネットワーク指向型の解析で、この脅威の特性が明らかになった。
Self-regulation and the stability of large ecological networks
doi: 10.1038/s41559-017-0357-6
生態的ネットワークの安定性は、種間と種内のどちらの相互作用にも依存する。今回、種内の自己調節が実験的および理論的ネットワークの安定化に必要な特徴であることが示された。
A statistical estimator for determining the limits of contemporary and historic phenology
doi: 10.1038/s41559-017-0350-0
絶滅の研究から転用された統計的推定量の手法によって、開花の開始と終了の時期を正確に推定できることが、歴史上および現代の多様な情報源からまばらに取得されたデータを用いて明らかにされた。
A mesic maximum in biological water use demarcates biome sensitivity to aridity shifts
doi: 10.1038/s41559-017-0371-8
野外研究やリモートセンシング、生態水文学モデリングによる推定結果から、気候の変化に対する生態系の感受性や、生態系が有効利用できる降水量の予想パターンを明らかにするための枠組みが得られた。
Temporal niche expansion in mammals from a nocturnal ancestor after dinosaur extinction
doi: 10.1038/s41559-017-0366-5
現生哺乳類の分類上の「目」の全てを横断する行動データの系統発生解析から、最初期の哺乳類が夜行性であり、周日行性（昼夜動き回る）や完全な昼行性といった他の活動様式は、白亜紀末および初期新生代まで出現しなかったことが示唆された。
Phylogenetic evidence for mid-Cenozoic turnover of a diverse continental biota
doi: 10.1038/s41559-017-0355-8
新生代の気候摂動がどのようにして多くの地域的生物相の組み立てに影響を与えたかを調べる研究は、化石記録が不十分なために進展していない。今回、分子系統解析データを利用することにより、オーストラリアのトカゲ類とヘビ類が中期新生代に再構成されたことが明らかになった。
Frugivory-related traits promote speciation of tropical palms
doi: 10.1038/s41559-017-0348-7
全球規模でのヤシの種レベルの系統発生と、ヤシの実のサイズおよび種分布のデータから、果実食関連形質が、地理や果実食動物の移動行動と相まって、多肉質の果実をつける植物の種分化に影響を与え得ることが明らかになった。
Mosaic genome evolution in a recent and rapid avian radiation
doi: 10.1038/s41559-017-0364-7
キンパラ類は、パプアニューギニアとオーストラリアで急速な放散を遂げた小型鳥類である。キンパラ類の種ごとに固有の配色は、関連する少数の遺伝子で起こった遺伝子移入や祖先の遺伝的変動の選択によって生じたことが今回明らかになった。
Sequence entropy of folding and the absolute rate of amino acid substitutions
doi: 10.1038/s41559-017-0338-9
熱力学的安定性に対して純化選択を受けるタンパク質進化のシミュレーションにより、アミノ酸置換速度が、生物物理学的動態と、ほぼ中立の状態に至るエピスタシス相互作用から予測できることが明らかになった。
Genome expansion and lineage-specific genetic innovations in the forest pathogenic fungi Armillaria
doi: 10.1038/s41559-017-0347-8
真菌類のナラタケ属（Armillaria）には、多くの植物に根腐れ病を引き起こして森林を荒廃させる病原性の種が含まれる。複数種のゲノムとトランスクリプトームの塩基配列を解読することにより、ナラタケ属真菌の分散、多細胞的発生、および病原性機構の遺伝的基盤が明らかになった。
Expansion of TALE homeobox genes and the evolution of spiralian development
doi: 10.1038/s41559-017-0351-z
冠輪動物（軟体動物、環形動物および扁形動物を含む）では、初期胚の細胞分裂がらせん状に進行し、細胞運命は初期発生で規定される。今回、細胞運命の指定に重要な冠輪動物特有のTALE遺伝子群が見つかった。
Frequency-dependent selection in vaccine-associated pneumococcal population dynamics
doi: 10.1038/s41559-017-0337-x
肺炎球菌（Streptococcus pneumoniae）の多様な集団でアクセサリー座位の頻度が似通っていることが明らかになり、負の頻度依存選択がワクチン接種後の肺炎球菌集団の再構成を推進させることが示唆された。
Haplotype selection as an adaptive mechanism in the protozoan pathogen Leishmania donovani
doi: 10.1038/s41559-017-0361-x
リーシュマニア属の原虫Leishmania donovaniは、ヒトの重大な病原体である。今回、異数性ターンオーバーとハプロタイプ選択が、哺乳類宿主体内でL. donovaniが環境変動に適応するために用いる2つの機構であることが分かった。
The microbiome beyond the horizon of ecological and evolutionary theory
doi: 10.1038/s41559-017-0340-2
宿主–マイクロバイオーム相互作用には、既存の生態・進化理論では完全に捉えることのできない固有の特徴があるのかもしれない。今回、そうした理論的枠組みをヒトのマイクロバイオームに適用する場合の潜在的な落とし穴が浮き彫りにされた。
Ecological resilience in lakes and the conjunction fallacy
doi: 10.1038/s41559-017-0333-1
生態学的な復元力の理論に関する実験的証拠の多くは、湖沼生態系から得られたものである。この種の研究成果を環境管理の意思決定に生かす際には、さらに厳密な論理的取り組みが求められる。
Planetary boundaries for a blue planet
doi: 10.1038/s41559-017-0319-z
海洋バイオームを「地球の境界（planetary boundaries）」の枠組みに組み込むことで、生物物理学的な限界と地球システム管理に関する総合的な理解が促進される。
Reassessing the conservation status of the giant panda using remote sensing
doi: 10.1038/s41559-017-0317-1
最近、IUCNがジャイアントパンダの保全状態を「危機（endangered）」から「危急（vulnerable）」に格下げしたが、新たなGISデータおよびリモートセンシングデータは、パンダの生息地の縮小や分断化が進んでいることを示している。
Diversity-dependent temporal divergence of ecosystem functioning in experimental ecosystems
doi: 10.1038/s41559-017-0325-1
草原や森林での長期実験により、生物多様性と生態系機能の関係の経時的強化が、多様性の高い群集における機能向上によって主に促進されることが明らかになった。
Resistance of tropical seedlings to drought is mediated by neighbourhood diversity
doi: 10.1038/s41559-017-0326-0
熱帯の混合植物群落での水をめぐる種間競争の緩和は、乾燥に耐性のある群落をもたらす。乾燥時の実生の生育は、多様性のある群落で水をめぐる競争があまり激しくない場合には維持されるが、多様性がなくて競争が激しい場合には阻害される。
Velocity of change in vegetation productivity over northern high latitudes
doi: 10.1038/s41559-017-0328-y
気候変化速度という概念を用いて、気候変動の下で植生の北方への移動が気温変化と同じペースで起こるかどうかが調べられた。リモートセンシングデータから、そうはならないことが示唆されたが、これはおそらく資源の利用可能性に起因している。
Innately shorter vegetation periods in North American species explain native–non-native phenological asymmetries
doi: 10.1038/s41559-017-0307-3
ある植物園で同一条件下で生育した北半球の木本植物396種を比較した結果、北米東部の種の生育期が欧州および東アジアの近縁種と比較して11％短いことが明らかになった。
Network structure embracing mutualism–antagonism continuums increases community robustness
doi: 10.1038/s41559-017-0320-6
生態学的相互作用ネットワークは、相利共生関係と敵対関係の連続体に収まると考えられる。今回、植物食のオウムが植物に及ぼす有益な作用と有害な作用の両方を考慮に入れることで、群集のロバスト性が高まることが明らかになった。
Mammal diversity influences the carbon cycle through trophic interactions in the Amazon
doi: 10.1038/s41559-017-0334-0
多様性の高いアマゾンの系に関するデータから、哺乳類の多様性が脊椎動物の摂食事象を介して炭素循環に与える影響が明らかになった。
The global distribution of tetrapods reveals a need for targeted reptile conservation
doi: 10.1038/s41559-017-0332-2
現生爬虫類のほぼ全種の全球的分布から、種数パターンが他の分類群と空間的に異なっていることが分かった。保全の優先順位付けでは、爬虫類、中でもトカゲ類とカメ類の分布に特別の配慮をする必要がある。
Ecosystem accounts define explicit and spatial trade-offs for managing natural resources
doi: 10.1038/s41559-017-0309-1
生態系勘定は、経済と環境とのトレードオフを定量化する。今回、天然林の利用に関する地域的事例研究に生態系勘定を応用することで、土地管理の複雑な意思決定の方針を定めるための情報を得るのにこれがどのように利用できるかが示された。
Evidence for mid-Holocene rice domestication in the Americas
doi: 10.1038/s41559-017-0322-4
モンテカステロ（アマゾニア南西部）の貝塚から出土した4000年前の植物微化石は、アメリカ大陸で独自にイネ栽培化が行われたことの証拠となる。
The social and cultural roots of whale and dolphin brains
doi: 10.1038/s41559-017-0336-y
鯨類の脳には、ヒトの進化で見られるのと同様の大型化が認められる。今回、この大型化が鯨類の社会的および生態学的ニッチの拡大と関係していることが明らかになった。
Big brains stabilize populations and facilitate colonization of variable habitats in birds
doi: 10.1038/s41559-017-0316-2
環境の変動に対処する能力は、脳サイズの進化の主要な促進要因の1つだと考えられている。今回、鳥類ではむしろ認知能力が先行し、可変的な生息地への定着を促進した可能性があることが示された。
Metals promote sequences of the reverse Krebs cycle
doi: 10.1038/s41559-017-0311-7
逆クレブス回路は、生化学において重要な潜在的で始原的な同化経路である。今回、この回路の反応の半分以上が金属や金属イオンによって酵素なしで促進され得ることが明らかになった。
Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes
doi: 10.1038/s41559-017-0318-0
脊索動物では基本的な解剖学的パターンが保存されている。今回、脊椎動物の胚発生における発生中期の保存が明らかになり、胚発生中期プログラムの発生後期への使い回しによって進化上の制約がもたらされたことが示唆された。
Migratory appendicular muscles precursor cells in the common ancestor to all vertebrates
doi: 10.1038/s41559-017-0330-4
硬骨魚類と軟骨魚類の対鰭筋の進化はまだよく分かっていない。今回、硬骨魚類で知られている移動性の筋前駆細胞群がトラザメにも存在することが明らかになった。
Ctenophore relationships and their placement as the sister group to all other animals
doi: 10.1038/s41559-017-0331-3
新たに塩基配列が解読された有櫛動物のトランスクリプトームを既存のデータと組み合わせることにより、有櫛動物が他の全動物の姉妹群であることが確認され、約3億5000万年前の放散に加えて、漂泳生活から底生生活への移行が複数回あったことが示唆された。
Genomic adaptation to polyphagy and insecticides in a major East Asian noctuid pest
doi: 10.1038/s41559-017-0314-4
ハスモンヨトウ（Spodoptera litura）は、熱帯および亜熱帯アジアで最も広く重大な被害をもたらしている農業害虫の1つである。今回そのゲノムが解析された。
Transgenerational selection driven by divergent ecological impacts of hybridizing lineages
doi: 10.1038/s41559-017-0308-2
生態および進化の過程は個体群の表現型構成を形づくる。イトヨのメソコスム実験で、表現型、個体群密度および環境の間の相互作用がどのように進化の経路を決定付けるのかが示された。
Demographically framing trade-offs between sensitivity and specificity illuminates selection on immunity
doi: 10.1038/s41559-017-0315-3
病原体が侵入すると、免疫系は感度と特異性とのトレードオフに直面する。今回、疫学ツールを使って、最適な免疫識別の進化が生活史戦略との関連で調べられた。
Measuring selection for genes that promote long life in a historical human population
doi: 10.1038/s41559-017-0329-x
MooradとWallingは、歴史的データセットを利用して、ヒトの生殖期後の寿命に関係すると考えられている選択を調べた。男女とも若年期の適応度に有利に働く間接的選択は見いだされたが、50歳を超える女性にはそうした選択が全く認められなかった。
Primate archaeology evolves
doi: 10.1038/s41559-017-0286-4
霊長類考古学という領域が最初に提案されてからほぼ10年が経過した。この領域の現状を、最近の発見や今後の方向性および課題も含めて概説し、考古学の「人類を中心に考える時代」が終わったことを示す。
Shifting from a fertilization-dominated to a warming-dominated period
doi: 10.1038/s41559-017-0274-8
肥沃化効果は地球温暖化の影響を制限する可能性があるが、生物圏は肥沃化効果が飽和状態となる時期に移行しそうである。
A biologist’s guide to Bayesian phylogenetic analysis
doi: 10.1038/s41559-017-0280-x
ベイズ法による系統解析は、進化生物学者や生態学者の間できわめて人気が高い。この総説論文では、ベイズ推定の主な特徴をまとめ、ベイズ計算の実用面をいくつか検討している。
Ichnological evidence for meiofaunal bilaterians from the terminal Ediacaran and earliest Cambrian of Brazil
doi: 10.1038/s41559-017-0301-9
ブラジルのエディアカラ紀–カンブリア紀移行期の生痕化石は、堆積物中を移動する線虫様動物が掘った穴の痕跡だと解釈され、この動物は既知最古の化石メイオファウナ左右相称動物とみられる。
Host-specific infestation in early Cambrian worms
doi: 10.1038/s41559-017-0278-4
中国で見つかった前期カンブリア紀の新種の蠕虫は、左右相称動物の宿主特異的な外寄生を示す最古の証拠だと考えられる。
A Devonian tetrapod-like fish reveals substantial parallelism in stem tetrapod evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0293-5
中国の後期デボン紀の大型肉鰭類魚類によって、これまで一般的だったステム群四肢類の系統樹が打ち崩され、この系統内の平行進化が明らかになった。
Deep faunistic turnovers preceded the rise of dinosaurs in southwestern Pangaea
doi: 10.1038/s41559-017-0305-5
南米で見つかった中後期三畳紀の四肢類群集から、この地域では恐竜の出現以前に一連の動物相転換が起こっていたことが明らかになった。
Environmental structuring of marine plankton phenology
doi: 10.1038/s41559-017-0287-3
海洋上層プランクトンのフェノロジーの全球パターンが調べられ、このパターンが緯度および生産力の状況によって大きく変動することや、日射量が全球的に重要な役割を担っていることが明らかになった。
Competing species leave many potential niches unfilled
doi: 10.1038/s41559-017-0295-3
理論からは、競争し合う種はニッチ空間を埋めると予測されているが、これを実証する証拠は得られていない。今回著者らは、ニッチへの種の詰め込みが、制御要因が代替可能かどうかに依存することを示し、理論とデータの折り合いをつけた。
Community-wide integration of floral colour and scent in a Mediterranean scrubland
doi: 10.1038/s41559-017-0298-0
地中海地方の低木地「フリガナ」に咲く花は、香りの放出（揮発性放出）と色（花冠の反射スペクトル）のパターンが統合されていて予測可能である。こうした表現型の統合は、ハナバチ類の感覚能力や知覚バイアスと一致している。
Direct and cascading impacts of tropical land-use change on multi-trophic biodiversity
doi: 10.1038/s41559-017-0275-7
土地利用の直接的で連鎖的な影響は、栄養段階を越えて微生物から鳥類までさまざまな分類群のバイオマスや種数を変化させることが、インドネシア･スマトラ島の多重分類群研究で明らかになった。
Female cuckoo calls misdirect host defences towards the wrong enemy
doi: 10.1038/s41559-017-0279-3
カッコウの雌は、宿主が卵を産んだ巣の中に自分の卵を産みつけた後、タカのような鳴き声を上げることが多い。今回、この鳴き声で宿主の親鳥の注意をそらすことによって托卵の成功率が高まることが、野外実験で明らかになった。
Chromosomal inversion differences correlate with range overlap in passerine birds
doi: 10.1038/s41559-017-0284-6
近縁なスズメ目鳥類間の染色体逆位の差異は、種の生息域が重なり合う範囲によって予測されることから、逆位には、雑種形成が起こるときに組換えを抑制するという選択上の有利性があることが示唆される。
Gut-like ectodermal tissue in a sea anemone challenges germ layer homology
doi: 10.1038/s41559-017-0285-5
刺胞動物の内胚葉は左右相称動物の内胚葉および中胚葉と相同だと従来考えられてきたが、今回、イソギンチャクで腸様の外胚葉の存在が明らかになった。これは左右相称動物の内胚葉に対応しており、胚葉の相同性に関する別のモデルの裏付けとなる。
The skull roof tracks the brain during the evolution and development of reptiles including birds
doi: 10.1038/s41559-017-0288-2
四肢類では分類群全般にわたって脳と頭蓋の発生が密接に関係している。今回、爬虫類の進化的移行および個体発生段階にわたる脳と頭蓋冠との密接な関係が明らかになった。
Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time
doi: 10.1038/s41559-017-0297-1
表現型の急速な変化の根底にある遺伝的構造については、まだほとんど分かっていない。今回シロイヌナズナを使った研究で、多面発現性が中程度である遺伝子の適応進化が最も高速であることが示された。
Adaptive evolution by spontaneous domain fusion and protein relocalization
doi: 10.1038/s41559-017-0283-7
新しい遺伝子は、変異をはじめとするいくつかの機構によって生じ得る。今回著者らは、ドメインの融合による新遺伝子の出現とタンパク質の再局在化によって適応的な表現型が生じることを、シュードモナス属細菌で明らかにした。
Genomic insights into the ancient spread of Lyme disease across North America
doi: 10.1038/s41559-017-0282-8
細菌Borrelia burgdorferi に感染したダニによって拡散するライム病は1970年代に初めて記載報告されたが、その起源についてはよく分かっていない。今回、北米のダニのゲノミクス研究から、ライム病の起源が最終氷期極大期より前であったことが示された。
Worldwide patterns of human epigenetic variation
doi: 10.1038/s41559-017-0299-z
今回、多様な5つのヒト集団でDNAメチル化パターンが調べられた。その結果、ヒトのDNAメチル化の進化的安定性は、これまで植物で観察されたものよりもはるかに高いことが分かった。
A multidimensional framework for studying social predation strategies
doi: 10.1038/s41559-017-0245-0
捕食者は集団で狩りをすることで採餌の効率を高めることができる。今回、行動に関する5つの重要な次元に従って社会的捕食戦略を評価するための枠組みが概説されている。
Linked sustainability challenges and trade-offs among fisheries, aquaculture and agriculture
doi: 10.1038/s41559-017-0258-8
食物や生物多様性、気候変動に焦点を置く目標の間の相互作用とトレードオフ関係の分析に基づいて、漁業依存国の開発の課題を評価する。
Ecological and evolutionary approaches to managing honeybee disease
doi: 10.1038/s41559-017-0246-z
世界各地のミツバチ個体群の急激な縮小には、相互作用する複数の要因が関与している。今回、寄生生物と病原体の影響が検討され、生態や進化の原則からどのようにして管理活動の指針を得ることができるのかが概説されている。
Ecosystem functioning is enveloped by hydrometeorological variability
doi: 10.1038/s41559-017-0277-5
大気圏と生物圏は本質的に連結した系である。今回、時間単位から10年単位までさまざまな時間スケールのデータセットを統合することにより、時系列で見た場合に水文気象学的な限界が生態系の変動を制限していることが明らかになった。
Population extinctions can increase metapopulation persistence
doi: 10.1038/s41559-017-0271-y
理論モデリングおよび室内ミクロコスム実験により、個体群の破滅的な消滅が、「空間的ヒュドラー効果（spatial hydra effect）」によって、メタ個体群の存続を実際に促進する場合があることが明らかになった。
Population extinctions can increase metapopulation persistence
doi: 10.1038/s41559-017-0272-x
東ドイツの集団農場は、西ドイツの小規模な民間農場とは対照的に生物多様性を低下させたが、その一方で利益を増加させた。そのレガシー効果は現在も続いている。
A multi-species synthesis of physiological mechanisms in drought-induced tree mortality
doi: 10.1038/s41559-017-0248-x
乾燥による樹木枯死の機序は十分に解明されていない。今回、複数の樹木種にわたって木部の水伝導性の60％を超える喪失が枯死と関連付けられ、一方で炭素飢餓は普遍的ではないことが示された。
Diversity in stomatal function is integral to modelling plant carbon and water fluxes
doi: 10.1038/s41559-017-0238-z
作物や生態系の水および炭素のフラックスモデルには、気孔コンダクタンスの推定が重要である。今回、温帯樹木種のデータから気孔機能の種間変動が明らかになった。これを考慮に入れることで、モデルの精度を上げることができる。
Honeybee spillover reshuffles pollinator diets and affects plant reproductive success
doi: 10.1038/s41559-017-0249-9
ミツバチは作物の授粉に利用されるが、近隣の自然環境に溢出（spillover）もしている。今回、こうしたミツバチの溢出が野生の植物や送粉者に与える悪影響が明らかになった。
Pesticide reduces bumblebee colony initiation and increases probability of population extinction
doi: 10.1038/s41559-017-0260-1
ネオニコチノイド系殺虫剤「チアメトキサム」は、マルハナバチの女王バチのコロニー形成開始率を低下させることが明らかになった。この作用がコロニーの消滅率を高める可能性があることが、モデリングで示された。
Mapping the global potential for marine aquaculture
doi: 10.1038/s41559-017-0257-9
海洋での養殖は食料安全保障を向上させる可能性がある。今回、全球レベルの解析から、沿岸海域の空間によって養殖の可能性が制限されることはなさそうだと分かった。
Improvement of individual camouflage through background choice in ground-nesting birds
doi: 10.1038/s41559-017-0256-x
地上営巣性の鳥類は、巣のためにカムフラージュを強化する背景を能動的に選択し、さまざまな空間スケールでこの選択に磨きをかけている。
Decadal ecosystem response to an anomalous melt season in a polar desert in Antarctica
doi: 10.1038/s41559-017-0253-0
マクマードドライバレーは南極大陸で最大の無氷生態系である。今回、異常な解氷期に対する群集の多様な応答が明らかになった。
Palaeoclimate explains a unique proportion of the global variation in soil bacterial communities
doi: 10.1038/s41559-017-0259-7
全世界1000カ所以上のデータを解析した結果、細菌群集の種数や構成の差異は、現在の気候よりも古気候のレガシーによって説明される部分が大きいことが明らかになった。
Positive selection inhibits gene mobilization and transfer in soil bacterial communities
doi: 10.1038/s41559-017-0250-3
細菌間では可動性遺伝因子の伝播が広く起こっており、適応を促進している。今回、水銀耐性に対して正の選択を受けている土壌細菌群集では、遺伝子の水平伝播が抑制されていることが明らかになった。
Compensatory mutations improve general permissiveness to antibiotic resistance plasmids
doi: 10.1038/s41559-017-0243-2
プラスミドは抗生物質耐性の進化を促進するが、細菌-プラスミドの進化に関してはほとんど分かっていない。細菌は、1つのプラスミドに適応すると、プラスミドの保有に対して全般的に寛容になることが今回示された。
Adaptive modulation of antibiotic resistance through intragenomic coevolution
doi: 10.1038/s41559-017-0242-3
可動性遺伝因子は宿主細菌に抗生物質耐性をもたらす場合がある。しかし、可動性遺伝因子の存在は宿主染色体との対立につながってコストがかかることが多く、その結果、ゲノム内共進化やそれに伴う耐性調節が促進される場合がある。
Phylotranscriptomic consolidation of the jawed vertebrate timetree
doi: 10.1038/s41559-017-0240-5
ゲノムデータを利用した系統発生関係の再構築は威力があるものの、容易ではない。今回著者らは、バイオインフォマティクス･パイプラインを開発し、系統ゲノミクスデータセットを利用して有顎脊椎動物の進化的類縁関係を再構築した。
Cradles and museums of Antarctic teleost biodiversity
doi: 10.1038/s41559-017-0239-y
系統発生および生物地理学のモデリングにより、高緯度の南極沿岸環境がノトテニア亜目魚類の種多様性を支える「進化のシンク」となってきたことが明らかになった。ノトテニア類は、南極海における硬骨魚類の多様性の大半を占めている。
Adult frogs and tadpoles have different macroevolutionary patterns across the Australian continent
doi: 10.1038/s41559-017-0268-6
生活環が複雑な動物は、生活段階ごとに異なる選択圧を受ける。今回、オーストラリアのカエルとそれらのオタマジャクシの大きく異なる形態および進化史が明らかになり、両者が独立して進化していることが示唆された。
Anatomical integration of the sacral–hindlimb unit coordinated by GDF11 underlies variation in hindlimb positioning in tetrapods
doi: 10.1038/s41559-017-0247-y
脊椎動物の肢の位置はさまざまに異なっている。今回、GDF11が、仙椎と後肢の位置決めを統合する重要な因子であり、脊椎動物における後肢の位置の多様化の基盤となっていることが明らかになった。
Mother's curse neutralizes natural selection against a human genetic disease over three centuries
doi: 10.1038/s41559-017-0276-6
進化生物学では、ミトコンドリアを通じて有害な変異が受け継がれる可能性のことを「母の呪い」と言う。今回、ヒト集団で290年にわたって働いている「母の呪い」の証拠が示された。
Gene flow favours local adaptation under habitat choice in ciliate microcosms
doi: 10.1038/s41559-017-0269-5
進遺伝子流動は、生息場所の選択と連動しないかぎり局所的適応を妨げることが、理論によって予測されている。今回、繊毛虫ミクロコスムにおいて、生息場所の選択を伴う分散が局所的適応に有利に働くことが示された。
The spatial scales of species coexistence
doi: 10.1038/s41559-017-0230-7
種の多様性が維持される仕組みの理解は空間スケールに依存する。今回、多種共存と面積との関係性が提案されたことで、スケール依存性の解明が進み、生物多様性の保全に対する群集生態学の寄与が拡大するだろう。
Maximizing ecological and evolutionary insight in bisulfite sequencing data sets
doi: 10.1038/s41559-017-0229-0
バイサルファイト塩基配列解読法は、ゲノム規模のDNAメチル化の研究に広く利用されている。この概説論文では、非モデル生物の研究で特に重要となるバイサルファイト塩基配列解読法に関連する方法論的および統計学的な検討事項を論じている。
Evolution of complex adaptations in molecular systems
doi: 10.1038/s41559-017-0228-1
複雑な適応の進化は概念上の難題をもたらす。今回著者らは、複雑な適応の進化における適応的シナリオと非適応的シナリオを検討し、新たな適応経路へアクセスできるようにする分子機構を提案している。
Molecular signatures of fossil leaves provide unexpected new evidence for extinct plant relationships
doi: 10.1038/s41559-017-0224-5
新たな古植物学的方法によって葉化石のクチクラの分子シグネチャーが分析され、ニルッソニア目とベネチテス目や、イチョウ目とチェカノフスキア目（別名Leptostrobales）など、これまで不明確だった系統関係が明らかになった。
The Pliocene marine megafauna extinction and its impact on functional diversity
doi: 10.1038/s41559-017-0223-6
鮮新世の海洋大型動物相の絶滅は機能的多様性の喪失を引き起こし、これが更新世に新たに進化した分類群によって軽減されることはなかった。この論文では、重要な絶滅促進要因として、生産力のある沿岸生息環境の急激な消失を指摘している。
Negative density dependence mediates biodiversity–productivity relationships across scales
doi: 10.1038/s41559-017-0225-4
さまざまなスケールの生物多様性および生産力の変化の背後にあるメカニズムは、ほとんど解明されていない。今回著者らは、北米西部各地の樹木のβ多様性に見られる変化が、同種個体間の負の密度依存性によって説明されることを示している。
A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest
doi: 10.1038/s41559-017-0241-4
動物の最高速度は体重に対応していてもよさそうなものだが、実際には最大の動物が最速なわけではない。このことは、一般的なスケーリング則で、加速時間に一定の限界があるために山型の関係性が生じることから説明される。
Risky times and risky places interact to affect prey behaviour
doi: 10.1038/s41559-017-0220-9
ザンビアの国立公園における捕食者–被食者相互作用から、リスクタイプ間の相互作用が明らかになった。つまり、被食者の見張り行動は、短期的リスクが高い場合には長期的リスクの高い場所に対して強く応答するが、短期的リスクが低い場合には強く応答しない。
Biodiversity at risk under future cropland expansion and intensification
doi: 10.1038/s41559-017-0234-3
この論文で著者らは、将来起こりうる農業の変化による生物多様性の喪失を予測している。農業の拡大は世界各地で種数と種個体数を脅かし（地域によっては最大で3分の1が失われる）、保護区と高リスクの農業拡大地域とがほとんど重なっていない場合も多い。
Agricultural intensification without biodiversity loss is possible in grassland landscapes
doi: 10.1038/s41559-017-0227-2
生産力の変化に対する個々の種の応答を評価するために、生産力勾配に沿った100カ所以上の草地で収集した1000種を超える節足動物のデータセットから、総生産量を削減せずに節足動物の保全状況を改善できることが明らかになった。
Connecting Earth observation to high-throughput biodiversity data
doi: 10.1038/s41559-017-0176
自動地球観測記録、ハイスループット塩基配列解読、および生態学的モデリングの最新の進歩を組み合わせて、生物多様性のさまざまな側面をほぼリアルタイムで捉える新しい手法を概説する。
Revisiting the biodiversity–ecosystem multifunctionality relationship
doi: 10.1038/s41559-017-0168
生物多様性と生態系機能の関係は、どれだけ多くの機能を考慮しようとも不変である。生物多様性は多機能性のレベルに影響を及ぼし、そうした多機能性への影響は単一機能に及ぼす影響の平均に等しい。
Island biodiversity conservation needs palaeoecology
doi: 10.1038/s41559-017-0181
古生態学は、島嶼の保全の評価に不可欠なツールである。
Evolution of queen cuticular hydrocarbons and worker reproduction in stingless bees
doi: 10.1038/s41559-017-0185
ハリナシミツバチ類の系統樹上に、働きバチの生殖の発生率と女王バチのフェロモンの化学組成を共にマッピングした結果、女王バチの炭化水素プロファイルと働きバチの生殖との間には何の関連性も見いだされなかった。
Ending fishery overexploitation by expanding from local successes to globalized solutions
doi: 10.1038/s41559-017-0179
世界の漁業資源の約30％は過剰漁獲の状態にあり、これを抑制することは「持続可能な開発目標（SDGs）」の達成目標の1つである。漁獲データを解析した結果、開発途上国では先進国のような進捗が見られないことが分かった。
Early bursts of diversification defined the faunal colonization of land
doi: 10.1038/s41559-017-0175
生痕化石の分析から、動物相の海洋から陸上への移行は、エディアカラ紀の最初の沿岸域侵入に続いて、石炭紀に広範囲に広がり、それに付随して爆発的な多様化が繰り返し起こったことが明らかになった。
Global hotspots and correlates of alien species richness across taxonomic groups
doi: 10.1038/s41559-017-0186
島嶼の186地域および大陸の423地域にわたって8つの分類群を分析した結果、定着した外来種の種数は、1人あたり国内総生産、人口密度、および面積が上位の地域で多く、その影響は島嶼で最大となっていることが分かった。
Recent human history governs global ant invasion dynamics
doi: 10.1038/s41559-017-0184
アリ外来種は4群に分けられ、それらの全球的拡散は、近年の人類史上の大きな出来事（グローバル化の波、世界大戦、世界的景気後退）によって、大きいがそれぞれ異なる影響を受けている。
Body size shifts and early warning signals precede the historic collapse of whale stocks
doi: 10.1038/s41559-017-0188
商業的に漁獲される種の減少を予測することは、乱獲を防ぐために極めて重要である。捕鯨の歴史的記録を分析した結果、クジラ資源が急減する40年前の体サイズおよび個体数データに早期の警告シグナルが見いだされた。
Widely used marine seismic survey air gun operations negatively impact zooplankton
doi: 10.1038/s41559-017-0195
海底の石油鉱床を探るための海洋地震探査では高圧エアガンを使用するが、それが海洋生物に与える影響はほとんど分かっていない。今回、その音波衝撃への暴露が、1 kmを超える範囲の動物プランクトンの死滅率上昇と関係付けられることが明らかになった。
Competition-induced starvation drives large-scale population cycles in Antarctic krill
doi: 10.1038/s41559-017-0177
ナンキョクオキアミの周期的な個体数変動を生じさせる要因は、完全には解明されていない。今回、気候要因を重視した過去の研究とは異なり、食物をめぐる種内競争が5～6年周期の変動の主な要因であることが明らかになった。
Coherent assessments of Europe's marine fishes show regional divergence and megafauna loss
doi: 10.1038/s41559-017-0170
欧州の海水魚1020種の保全状態を評価した結果、大型魚類（1.5 m超）の半数が絶滅の危機にあり、資源状態は地理的に多様であることが分かった。地中海ではほぼすべての資源が乱獲されているのに対し、北欧の資源の多くは乱獲されていないのである。
Extinction debt and colonization credit delay range shifts of eastern North American trees
doi: 10.1038/s41559-017-0182
樹木は固着性で寿命が長いため、気候変動への応答が遅れて現れやすい。今回、北米の優占樹木種が気候との平衡状態になく、分布域の縮小が拡大を上回るペースで進んでいることが明らかになった。
The palaeogenetics of cat dispersal in the ancient world
doi: 10.1038/s41559-017-0139
ネコの考古学的遺物の古代DNAを解析した結果、ネコが新石器時代以降の交易路に沿って分散したことが明らかになった。また、その遺伝子プールから、複数の地理的起源の系統が交雑したことや、トラネコ模様の対立遺伝子が中世に現れたことが分かった。
Dietary adaptation of FADS genes in Europe varied across time and geography
doi: 10.1038/s41559-017-0167
脂肪酸デサチュラーゼ（FADS）遺伝子がコードしているのは、野菜中心の食生活を送る人にとって不可欠な脂肪酸を生合成する酵素である。今回、農耕開始の前と後の欧州人では別々の対立遺伝子に正の選択がかかっていたことが明らかになり、南欧の農民には最も強い選択が認められた。
Phylogenetic rooting using minimal ancestor deviation
doi: 10.1038/s41559-017-0193
系統樹の祖先‐子孫関係を判断する既存のルート決定法には限界がある。今回提案された最小祖先偏差（minimal ancestor deviation）という新しいルート決定法は、外群の情報が不要であり、あらゆるタイプのデータに利用することができる。
Cooperative interactions within the family enhance the capacity for evolutionary change in body size
doi: 10.1038/s41559-017-0178
選択に対する形質の応答のモデルで社会的環境が要因とされることはまれである。今回、シデムシ個体群は、より大きな体サイズの選択に応答するが、それは親が子育てを行う場合に限られることが明らかになった。
Genetic divergence of early song discrimination between two young songbird species
doi: 10.1038/s41559-017-0192
鳴禽類は、同種個体のさえずりと近縁種のさえずりを、ヒナのうちから聞き分けている。今回、2種のヒタキ類に見られるさえずりの聞き分けは遺伝的要素が強く、社会的経験によって決定付けられるわけではないことが示された。
Diverse modes of eco-evolutionary dynamics in communities of antibiotic-producing microorganisms
doi: 10.1038/s41559-017-0189
抗生物質の相互作用と多様性との関係は、生態学的に安定したin silicoモデルで検討されることが多い。しかし、生物学的に現実性のある特徴を組み込むことで、共存が促進されて、理想化したモデルよりも多様性が高まることが分かった。
The energy expansions of evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0138
生命の進化史と地球自体の歴史は密接に絡み合っている。このPerspective論文では、こうした相互関係や進化の過程を形作ったエネルギー源である、地球化学的エネルギー、太陽光、酸素、動物（肉食）、および火に着目している。
Five palaeobiological laws needed to understand the evolution of the living biota
doi: 10.1038/s41559-017-0165
今回著者が提示する、化石データに由来する5つの法則は、種の絶滅と寿命、種数、出現速度、絶滅速度、および多様化の関係を記述している。これらの法則は、進化および生態学の研究に極めて重要である。
Our path to better science in less time using open data science tools
doi: 10.1038/s41559-017-0160
研究に再現性を持たせるには、ワークフローを透明性のある合理的なものにすることが出発点となる。今回著者らは、共同研究であるOcean Health Indexプロジェクトにオープンデータツールを用いることで、再現性の向上をいかに達成できたかを報告している。
Climate warming reduces gut microbiota diversity in a vertebrate ectotherm
doi: 10.1038/s41559-017-0161
半自然の「メタトロン」実験で、2～3℃の気温上昇により、外温動物コモチカナヘビ（Zootoca vivipara）の腸内マイクロバイオームの多様性が3分の1以上低下した。
Fungus-like mycelial fossils in 2.4-billion-year-old vesicular basalt
doi: 10.1038/s41559-017-0141
南アフリカの24億年前の玄武岩には、真菌または未知の真核生物タクソンのような繊維状化石が保存されている。
Late Pliocene environmental change during the transition from Australopithecus to Homo
doi: 10.1038/s41559-017-0159
アワシュ渓谷下流（エチオピア）およびトゥルカナ盆地（ケニア／エチオピア）にいた初期ヒト族の環境の安定同位体および群集動物相を分析した結果、ヒト属（Homo）の出現と同時期（約280万年前）に環境変化と分岐が起こったことが明らかになった。
Diversity begets diversity in competition for space
doi: 10.1038/s41559-017-0156
固着生物群集は、空間をめぐる競争があっても種数の多さを維持する場合がある。今回、真菌を使った競争分析によって、非推移的競争（intransitive competition）が2者間の競争的排除を凌駕して生物多様性を促進することが明らかになった。
Dispersal governs the reorganization of ecological networks under environmental change
doi: 10.1038/s41559-017-0162
環境変化に応答して種の個体数や分布域が変化すると、複雑な生態ネットワークが乱される可能性がある。今回、シミュレーションモデルから、ネットワーク内の種の結び付きが維持されるかどうかは分散の程度によって決まることが分かった。
Divergent plant-soil feedbacks could alter future elevation ranges and ecosystem dynamics
doi: 10.1038/s41559-017-0150
植物–土壌間の可変的な生物相互作用は樹木種の移動や分布域細分化に影響を与えており、将来の種分布の予測確度を向上させるには、土壌パラメーターをモデルに組み込むことが必要だと考えられる。
Larval fish dispersal in a coral-reef seascape
doi: 10.1038/s41559-017-0148
クマノミ類とチョウチョウウオ類それぞれ1種の仔魚の分散が、1万km2の海域で2年間にわたって追跡された。この調査の規模は、海洋保護区ネットワークの設計に関する情報を提供したり、それらの成果を検証したりするのに十分な大きさである。
Direct observation of increasing recovery length before collapse of a marine benthic ecosystem
doi: 10.1038/s41559-017-0153
生態系の臨界遷移の空間的指標は、これまでは実験室でしか確認されていなかった。今回、潮間帯自然群集において、回復距離（recovery length）の増大が臨界減速の空間的シグネチャーになることが示された。
A submarine volcanic eruption leads to a novel microbial habitat
doi: 10.1038/s41559-017-0144
海底火山噴火が局地的に海底を一掃した後で、Thiolava venerisという新属新種細菌の糸状体が水深130 mの海底に定着した。
Spatial conservation prioritization of biodiversity spanning the evolutionary continuum
doi: 10.1038/s41559-017-0151
保全計画の策定にあたっては、種間および種内の進化的類縁関係に配慮することが重要だが、実際にそれが考慮された例はほとんどない。新たな枠組みによって、進化的多様性を考慮に入れた優先的保全地域の見極めが行われた。
Contrasting effects of environment and genetics generate a continuum of parallel evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0158
イトヨのつがいに見られる環境異質性は平行進化からの偏向に寄与しているが、選択の対象となるゲノム標的は環境の似通ったつがいの間でより類似しており、平行進化の連続体の存在が示唆された。
Young genes are highly disordered as predicted by the preadaptation hypothesis of de novo gene birth
doi: 10.1038/s41559-017-0146
タンパク質コード遺伝子は非コード塩基配列から新たに生じる場合もある。今回、新しい遺伝子が過度の遺伝子様構造特性を有していることが明らかになった。このことは、新規の遺伝子が、毒性回避のために前適応した塩基配列から生じることを示唆している。
Random sequences are an abundant source of bioactive RNAs or peptides
doi: 10.1038/s41559-017-0127
DNAがランダムに組み合わさることで機能を持つようになるとは思えないため、非コードDNAから遺伝子ができることはめったにないと考えられている。今回、ランダムな配列のペプチドが大腸菌の適応度に影響を与え得ることが明らかになった。このことは、ゲノムのランダムな部分には機能を持つようになる可能性があることを示唆している。
Sperm and sex peptide stimulate aggression in female Drosophila
doi: 10.1038/s41559-017-0154
雌による他の雌への攻撃は自然界で広く見られるが、そうした行動を引き起こす要因は分かっていない。今回、交尾後の雌ショウジョウバエの攻撃が精子によって強く促されていることが示された。
Perceptive costs of reproduction drive ageing and physiology in male Drosophila
doi: 10.1038/s41559-017-0152
繁殖では、進化的適応度の最適化の結果として生理的コストが生じる。雄ショウジョウバエでは、主要な繁殖コストが雌性フェロモンの知覚の結果生じたものであり、交尾行動がそれらのコストを軽減することが明らかになった。
Optimization of lag phase shapes the evolution of a bacterial enzyme
doi: 10.1038/s41559-017-0149
変異は進化の原動力となる多様性をもたらすが、変異が適応度に及ぼす影響についてはほとんど解明されていない。今回、大腸菌の重要な酵素であるアデニル酸キナーゼ（Adk）の変異が、個体群成長の複数の段階に影響を与えることが示された。
Interactions of microplastic debris throughout the marine ecosystem
doi: 10.1038/s41559-017-0116
微視的なプラスチック粒子が海洋に広く存在することは、生態学的にも社会的にも懸念される問題である。この論文で著者らは、海洋環境中のマイクロプラスチックとの相互作用による生物への影響を概説している。
A decade of insights into grassland ecosystem responses to global environmental change
doi: 10.1038/s41559-017-0118
「Nutrient Network」は、世界各地の草原実験サイトを結ぶ共同実験ネットワークである。この論文では、同ネットワークの最初の10年を総括し、生態系の生産力や安定性、草食動物や侵入種の影響について考察している。
Megafaunal isotopes reveal role of increased moisture on rangeland during late Pleistocene extinctions
doi: 10.1038/s41559-017-0125
更新世末の水分の影響による環境変化が、4つの大陸にわたる大型動物相の絶滅の一因となったことが、安定同位体の分析から明らかになった。その当時のアフリカでは草原が安定して存在しており、それによって、アフリカでの大型動物相の個体群維持を一部説明できる。
Skeletal trauma reflects hunting behaviour in extinct sabre-tooth cats and dire wolves
doi: 10.1038/s41559-017-0131
米国カリフォルニア州のランチョ・ラ・ブレアのタールピット（タールの池）で発見された骨の病的な要素を分析した結果、絶滅したスミロドン（サーベルタイガーの仲間）とダイアウルフで外傷による損傷の分布に相違が見いだされた。これは、両者の異なる狩猟行動を反映していると考えられる。
Functional trait diversity maximizes ecosystem multifunctionality
doi: 10.1038/s41559-017-0132
世界の乾燥地植物群落における植物の2つの重要な機能形質の存在度分布を分析することで、生態系の多機能性を局所的に最大化するために必要な形質多様性の大きさを定量化するスケーリング関係が見いだされた。
A macroecological theory of microbial biodiversity
doi: 10.1038/s41559-017-0107
広く知られている複数の生物多様性モデルを、多様な生態系に由来する2万点以上の微生物群集試料のデータセットで検証することにより、さまざまなスケールでの微生物の存在量および多様性が、対数正規動態モデルによって最もよく予測されることが明らかになった。
Community structure follows simple assembly rules in microbial microcosms
doi: 10.1038/s41559-017-0109
競争する2種の微生物の生存率から、3種以上の競争の結果を予測できる。互いに共存できる2種は生き残り、生存する種のいずれかによって排除される種は絶滅するのである。
Urbanization erodes ectomycorrhizal fungal diversity and may cause microbial communities to converge
doi: 10.1038/s41559-017-0123
3大陸5都市の土壌微生物群集を分析した結果、都市化は、アーキアおよび真菌類群集の収斂や、外生菌根に共生する菌類の多様性および存在量の減少につながることが分かった。
The rise and fall of malaria under land-use change in frontier regions
doi: 10.1038/s41559-017-0108
土地利用変化と関連する社会経済学的・人口統計学的要因と、マラリアの疫学的特性とを結びつける数学モデルにより、土地利用変化に伴って早期に生じるマラリアのさまざまな動態が明らかになった。
Scallop genome provides insights into evolution of bilaterian karyotype and development
doi: 10.1038/s41559-017-0120
ホタテガイ（Patinopecten yessoensis）のゲノム塩基配列が今回解読された。この軟体動物二枚貝類のゲノムは，ゆっくり進化しており、核型やHox遺伝子発現などの特徴が祖先的な左右相称動物に近いと考えられる。
Adaptation to deep-sea chemosynthetic environments as revealed by mussel genomes
doi: 10.1038/s41559-017-0121
深海噴出孔と浅海にそれぞれ生息するイガイ類2種について、ゲノム塩基配列の比較解析が行われた。前者のゲノムは、タンパク質の安定化や有害物質の除去のための遺伝子ファミリーが拡充しており、より複雑な免疫系を備えている。
Contentious relationships in phylogenomic studies can be driven by a handful of genes
doi: 10.1038/s41559-017-0126
現在ではゲノム系統学のおかげで生命系統樹の復元が可能になっているが、データセットや方法が違うために相矛盾する系統関係が得られる場合もある。今回著者たちは、系統発生シグナルを定量化し、論争の的になっている系統関係が、わずかな量のデータによって支持されている場合があることを示した。
Young inversion with multiple linked QTLs under selection in a hybrid zone
doi: 10.1038/s41559-017-0119
染色体の逆位は種分化を促進する場合がある。今回著者らは、アブラナ科植物Boechera strictaの交雑帯で、生態学的に重要な遺伝的バリアントを獲得し、局所への適応と種分化の発端となる過程を促進する新しい逆位を特定した。
Gene flow from domesticated escapes alters the life history of wild Atlantic salmon
doi: 10.1038/s41559-017-0124
野生サケと養殖サケの間には遺伝子流動が広く起こっていることが分かっている。今回著者らは、養殖サケとの移入交雑が、野生タイセイヨウサケの適応度に関連する生活史形質を変化させて、個体群統計学的な影響を及ぼしていることを明らかにした。
Developmental constraints shape the evolution of the nematode mid-developmental transition
doi: 10.1038/s41559-017-0113
動物では胚発生の中期が高度に保存されている。正の選択を排除する手法を用いると、線虫の胚発生中期の遺伝子発現変動に大幅な縮小が見られたことから、このパターンの決定に発生的制約が関わっていることが明らかになった。
Direct benefits and evolutionary transitions to complex societies
doi: 10.1038/s41559-017-0137
協同繁殖への進化的移行には、高度な一夫一妻制、ひいてはヘルパーの適応度の間接的利益が関わっていることが多い。今回、それとは別の移行経路が魚類シクリッドで明らかになった。この経路には、集団生活などの生態学的要因に起因する適応度の直接的利益が関わっている。
Primate brain size is predicted by diet but not sociality
doi: 10.1038/s41559-017-0112
最新の系統学と現時点で最大のデータセットを利用することで、霊長類の脳サイズが、社会性のいかなる尺度によるよりも、食餌によって的確に予測できることが明らかになった。この結果は、脳サイズの進化を説明する有力な仮説に見直しが必要であることを示唆している。
Fish pool their experience to solve problems collectively
doi: 10.1038/s41559-017-0135
魚の各個体を2段階の採餌課題のうち一方の段階のみで訓練し、魚の群れに2段階の採餌課題全体を解かせた場合、それぞれの段階を経験した個体を組み合わせた群れは他に比べて課題を迅速に解いた。このことは、経験を分かち合うことが動物集団の集合的な問題解決に役立つ場合があることを示している。
The multilayer nature of ecological networks
doi: 10.1038/s41559-017-0101
生態学的相互作用は、空間と時間の両スケールにわたって変動することが一般的である。今回著者らは、多層的な複雑性を生態系ネットワークに組み込むための枠組みを概説し、その応用の可能性と今後の課題を考察している。
The evo-devo of plant speciation
doi: 10.1038/s41559-017-0110
種分化を完全に解明するには、マクロおよびミクロの進化的スケールの情報を統合する必要がある。今回著者らは、植物で種分化を促進する種内の変動や形態的革新と関連付けられる発生過程について検討している。
The placenta as a model for understanding the origin and evolution of vertebrate organs
doi: 10.1038/s41559-017-0072
器官の進化は、さまざまな組織の変化を必要とし、複雑な分子機構に支えられている。このReview論文で著者らは、脊椎動物の胎盤の進化をモデルとして用い、器官の起源に関わる遺伝的過程を考察している。
Experimental evidence for homeostatic sex allocation after sex-biased reintroductions
doi: 10.1038/s41559-017-0088
実効性比の偏りから仔の性および仔の性比が予測されることが、サイでの長期実験によって実証された。
Species-specific responses to ocean acidification should account for local adaptation and adaptive plasticity
doi: 10.1038/s41559-017-0084
環境勾配に沿って分布する海洋生物種は、海洋の物理化学的条件の大規模な不均一性を経験している可能性がある。今回著者らは、海洋酸性化への応答に関する研究でこうした変動性を考慮に入れるための指数を考案した。
Adaptation of phytoplankton to a decade of experimental warming linked to increased photosynthesis
doi: 10.1038/s41559-017-0094
野外のメソコスムで10年にわたる長期的な温暖化に適応した緑藻類コナミドリムシ（Chlamydomonas reinhardtii）の分離株は、光合成能力が高く光阻害感受性が低いため、通常環境条件下の対照群と比較して競争下での適応度が高い。
Global determinants of zoogeographical boundaries
doi: 10.1038/s41559-017-0089
陸生動物はいくつかある生物地理区のどれかに振り分けることができるが、何がこうした全球規模の境界を形作っているのかはよく分かっていない。今回著者らは、時間の経過とともに区分を決定付ける地質学的および気候的要因を明らかにした。
Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests
doi: 10.1038/s41559-017-0091
土壌試料の環境メタバーコーディングにより、熱帯雨林では原生生物が真核生物として最大の多様性を担っており、その多くを占めているのは、節足動物などの動物に寄生する門であることが示唆された。
Spatial complementarity in tree crowns explains overyielding in species mixtures
doi: 10.1038/s41559-016-0063
幼木の野外研究から、林冠空間における樹冠同士の相補性は、生物多様性を生態系の生産力と結びつける機構の1つであり、そうすることで多様性による森林の生産力増強に寄与している可能性があることが明らかになった。
Human population growth offsets climate-driven increase in woody vegetation in sub-Saharan Africa
doi: 10.1038/s41559-017-0081
1992～2011年のアフリカ・サハラ以南地域の植生変化を追跡した結果、乾燥地と湿潤地帯では木本の被度パターンが対照的であるが、どちらの地域でも被度の低下は人口の急増と関連していることが明らかになった。
Rapid and direct recoveries of predators and prey through synchronized ecosystem management
doi: 10.1038/s41559-016-0068
劣化した食物網の回復は保全の主要な課題の1つであり、さまざまな手法がこれまで用いられてきた。今回、モデリングの手法を用いて、種を逐次的にではなく一緒にまとめて回復させると、生態系がより速く安定して回復することが分かった。
Spending limited resources on de-extinction could lead to net biodiversity loss
doi: 10.1038/s41559-016-0053
復活させた種の保護に公的資金を投入すると、保護できる現生種が減ることになり、結果として正味の生物多様性が減少してしまう。
Sulfate radicals enable a non-enzymatic Krebs cycle precursor
doi: 10.1038/s41559-017-0083
酵素に触媒されるクレブス回路の進化的起源はよく分かっていない。今回著者らは、この回路の重要な構成要素を再現する非酵素的中間体を見つけだし、無機触媒が代謝過程の出現を促した可能性を示唆している。
Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia mitosomes
doi: 10.1038/s41559-017-0092
嫌気性の真核微生物群であるメタモナス類のミトコンドリア関連オルガネラ（MRO）のトランスクリプトーム比較解析によって、ATP産生と水素産生が共役しない新規の種類とみられる細胞小器官が見つかった。
Transitions between phases of genomic differentiation during stick-insect speciation
doi: 10.1038/s41559-017-0082
チビナナフシ類（Timema）の100以上の個体群から得たゲノムデータを用いることで、局所的な遺伝子領域が関わる種分化の初期段階から、ゲノム規模の分化が関わるその後の段階への移行が明らかになった。
Evolutionary transitions towards eusociality in snapping shrimps
doi: 10.1038/s41559-017-0096
海綿に共生する複数種のテッポウエビ類を分析した結果、つがい形成種、協同繁殖種、および真社会性種の存在が明らかになり、昆虫や脊椎動物と同等の「家族中心（family-centred）モデル」による真社会性の進化が示唆された。
Meckel's cartilage breakdown offers clues to mammalian middle ear evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0093
哺乳類の特徴的な中耳は、下顎からの一次顎関節の分離によって進化したものであり、それにはメッケル軟骨の消失が必要だった。今回、マウスおよびオポッサムに遺伝的・薬理的操作をして、中生代哺乳類に見られる移行型を模倣することにより、中耳の進化に関する手掛かりが得られた。
Craniofacial diversification in the domestic pigeon and the evolution of the avian skull
doi: 10.1038/s41559-017-0095
家畜化された動物は、多様性がどのように形成されるかを解明するうえで優れたモデルとなる。今回著者らは、家禽化されたカワラバトの頭蓋形状の変動パターンが、鳥類全般の頭蓋形状の変動に酷似していることを示し、保存された発生機構に対してかかる選択が極めて大きな多様性を生じ得ることを示唆している。
Diminishing-returns epistasis decreases adaptability along an evolutionary trajectory
doi: 10.1038/s41559-016-0061
不変の環境で集団が進化するとき、適応速度は低下する。今回、実験的な大腸菌個体群を用いた研究で、進化が進むにつれて、大域的なエピスタシスが有益な変異の影響を縮小させることが明らかになった。
Predicting evolution
doi: 10.1038/s41559-017-0077
データ収集や定量的モデリングの近年の発展により、進化生物学者は今後の進化過程を予測することも可能になった。このPerspective論文では、微生物やがんのような系の進化的動態の解明の進展状況を概説し、予測解析の概念の統一について論じている。
Human behaviour as a long-term ecological driver of non-human evolution
doi: 10.1038/s41559-016-0065
人類は、何千年にもわたって環境や居住地を間接的にも直接的にも変えてきた。このことが、野生の非ヒト生物種の生物学的特性に大きな変化をもたらしており、今後この傾向は強まっていくと考えられる。
The evolutionary origin of plant and animal microRNAs
doi: 10.1038/s41559-016-0027
miRNAは、動植物の正常な発生の重要な調節因子であるが、その起源はまだよく分かっていない。異なるさまざまなmiRNA経路の類似点と相違点を調べることが、miRNAの起源と役割の解明に役立つ。
Bioaccumulation of persistent organic pollutants in the deepest ocean fauna
doi: 10.1038/s41559-016-0051
世界最深クラスの海溝の端脚類動物相に、かなりの量の残留性有機汚染物質が含まれていることが明らかになった。
Exceptionally preserved Cambrian loriciferans and the early animal invasion of the meiobenthos
doi: 10.1038/s41559-016-0022
多細胞動物が堆積物粒子間の微視的な生態学的ニッチに初めて侵入した年代については、そうした動物の化石記録が存在しないため、よく分かっていない。カンブリア紀の微視的な胴甲動物が報告され、この重要なニッチを初期に占有していたことが示された。
Persistent tropical foraging in the highlands of terminal Pleistocene/Holocene New Guinea
doi: 10.1038/s41559-016-0044
更新世／完新世境界での環境および気候の劇的な変化が人類の生活基盤の変化を促進したとよく言われるが、その頃のニューギニアのKiowaでは環境および人類の生活様式が変わらなかったことが、安定同位体の分析で明らかになった。
Human exposure and sensitivity to globally extreme wildfire events
doi: 10.1038/s41559-016-0058
大規模な野火事象が、特に郊外の人為的な景観において増加している。特に懸念される地域は、南半球の亜熱帯地域や欧州の地中海沿岸地域である。
Cross-realm assessment of climate change impacts on species' abundance trends
doi: 10.1038/s41559-016-0067
欧州各地の1000を超える局所個体群の種個体数について経時的傾向が分析され、温度が陸界の群集に与える影響は一貫しているが、淡水界と海洋界の群集に与える影響は可変的であることが明らかになった。
Higher-order interactions capture unexplained complexity in diverse communities
doi: 10.1038/s41559-016-0062
自然群集では高次相互作用（HOI）を無視できると見なされることが多い。今回著者たちは、多様性モデルにHOIを組み込むための枠組みを提示し、HOIの組み込みによってモデルの説明力が劇的に向上することを示している。
Cooperation facilitates the colonization of harsh environments
doi: 10.1038/s41559-016-0057
過酷な環境での生活は協力的な集団での繁殖と結び付けられているが、どちらが原因でどちらが結果なのだろうか。今回、鳥類の系統発生を利用することで、従来の予想とは逆に、協力して繁殖する種が過酷な環境に定着する傾向にあることが明らかになった。
Female plasticity tends to reduce sexual conflict
doi: 10.1038/s41559-016-0054
進化的な性的対立は、交尾後の雌の体内で生じることがよくあり、これによって雌は雄の戦略に対して柔軟に対応できる。今回、理論的分析の結果から、こうした雌の可塑性が性的対立のレベルを低下させ、ランナウェイ型の選択を防止することが明らかになった。
Genome of the pitcher plant Cephalotus reveals genetic changes associated with carnivory
doi: 10.1038/s41559-016-0059
オーストラリア産の食虫植物フクロユキノシタ（Cephalotus属の種）のゲノムから、被食者の誘引、捕獲、消化、および栄養素吸収に関連する遺伝的変化が明らかになった。また、他の食虫植物との比較解析から、植物の食虫性の進化に関する制約が明らかになった。
The evolution and population diversity of human-specific segmental duplications
doi: 10.1038/s41559-016-0069
ゲノム内のセグメント重複は、表現型の新規性を進化させる可能性のある領域だが、それらのカタログ作成はこれまで技術的に困難であった。今回、ヒトの重複の進化と機能の特性が明らかにされた。
Antagonistic pleiotropy and mutation accumulation influence human senescence and disease
doi: 10.1038/s41559-016-0055
老化の進化的な説明では、遅発性の有害変異が選択によって許容されるか、あるいは有利にさえなる可能性があることが示唆されている。今回、ヒトの全ゲノム関連解析のデータを利用した研究で、この進化的予測が裏付けられた。
Complex modular architecture around a simple toolkit of wing pattern genes
doi: 10.1038/s41559-016-0052
ドクチョウ属（Heliconius）のチョウは、色紋様遺伝子の周辺の変動が高度にモジュール式になっている。このモジュール構造が色紋様の多様性の説明付けとなり、また、形態の迅速な多様化のための柔軟な機構をもたらしている。
The genomic landscape of evolutionary convergence in mammals, birds and reptiles
doi: 10.1038/s41559-016-0041
鳥類、爬虫類および哺乳類の系統では、一部の変異が特定系統の特徴となっている。今回、タンパク質の構造情報を利用して、そうした適応的な変異が、他の部位の変化を代償する変異から区別された。
The unconstrained evolution of fast and efficient antibiotic-resistant bacterial genomes
doi: 10.1038/s41559-016-0050
抗生物質耐性の進化にはコストが伴うと考えられている。今回、ドキシサイクリン耐性の進化に際して明白なコストは認められなかったが、これに関して進化的トレードオフ理論との折り合いが付けられた。
Frequency-dependent female genital cutting behaviour confers evolutionary fitness benefits
doi: 10.1038/s41559-016-0049
女性性器切除は健康に有害であり、その根絶は優先課題の1つである。また、これがなぜ存続するのかを解明することも重要である。今回、西アフリカ諸国のデータを利用することで、女性性器切除は進化的適応度に対して頻度依存的にプラスに働くことが示された。
Species-rich networks and eco-evolutionary synthesis at the metacommunity level
doi: 10.1038/s41559-016-0024
生態–進化フィードバックに関する現在の理解は主として、小規模な空間の単純な系に基づいたものである。今回著者らは、種数の豊富なネットワークの時空間的動態をメタ群集規模で調べるための枠組みを概説している。
Tipping points in the dynamics of speciation
doi: 10.1038/s41559-016-0001
種分化の過程は急激な場合もあれば漸進的な場合もあり、正のフィードバックがこの過程を完結へと促進するゲノム規模の転換点があるのではないかと考えられる。本論文では、種分化転換点の仕組みや他の動的な系との類似性を考察している。
Lateralization of mother–infant interactions in a diverse range of mammal species
doi: 10.1038/s41559-016-0030
ヒトや大型類人猿には子どもを左腕で抱く「左抱き」の傾向が見られるが、この傾向がある動物の範囲についてはよく分かっていない。今回著者らは、海生および陸生の哺乳類11種で幼獣と母親との相互作用に側性化が認められることを示した。これは、側性化が古い進化史を持つことを示唆している。
Global marine protected areas to prevent extinctions
doi: 10.1038/s41559-016-0040
海洋保護区は生物多様性の保全を目的として指定されているが、そこに生息する種の保全状態は概して把握されていない。今回、的を絞った保全活動が必要な世界のサメ類とエイ類に関して、絶滅リスクのホットスポットが特定された。
Stand age and species richness dampen interannual variation of ecosystem-level photosynthetic capacity
doi: 10.1038/s41559-016-0048
森林生態系の光合成能力は、全球炭素循環の重要な変数の1つである。今回、林齢がより古く多様な森林ほど光合成能力の年々変動が小さいことが明らかになった。
Plant spatial patterns identify alternative ecosystem multifunctionality states in global drylands
doi: 10.1038/s41559-016-0003
植生パターンは環境勾配の有用な指標になると考えられる。今回著者らは、リモートセンシング調査と実地調査により、乾燥地のパッチサイズ分布が生態系多機能性の異なる複数の状態と関係付けられることを明らかにした。
Legacy effects of developmental stages determine the functional role of predators
doi: 10.1038/s41559-016-0038
捕食者は、成長とともに食物連鎖を上方へ移動することによって異なる栄養的位置を占めると考えられる。今回著者らは、幼若期の捕食者が長期持続的な「レガシー」効果を持つことを明らかにした。こうした効果は、群集構造に成体が及ぼす影響を上回っている可能性がある。
Climate change upends selection on ornamentation in a wild bird
doi: 10.1038/s41559-016-0039
二次性徴は繁殖成功度に影響を与えるが、環境変化に対して敏感でもあると考えられる。今回、雄のシロエリヒタキの額にある斑点のサイズに対する選択が、繁殖地の春季気温に依存して正から負へ切り替わることが明らかになった。
Recent extinctions disturb path to equilibrium diversity in Caribbean bats
doi: 10.1038/s41559-016-0026
カリブ諸島の化石コウモリと現生コウモリのデータを組み合わせることにより、この諸島全体の生物多様性は時を経て平衡値に達するという予測が裏付けられた。しかし、この平衡値に至る道筋が最近の人為起源の絶滅によって乱されていることも確認された。
Prenatal development supports a single origin of laryngeal echolocation in bats
doi: 10.1038/s41559-016-0021
喉頭部を用いる反響定位は類縁関係の離れた2群のコウモリに見られるため、これが収斂進化の一例なのか、あるいは、反響定位能力をもたないコウモリ群がかつてあった能力を失ったものなのかは明らかになっていない。今回、コウモリと他の哺乳類の蝸牛発生を調べた研究で、反響定位が単一起源であることが裏付けられた。
Genome-wide interrogation advances resolution of recalcitrant groups in the tree of life
doi: 10.1038/s41559-016-0020
標準的な系統発生解析法では、系統樹のいくつかの箇所で相反する結果が生じている。本研究では新しい系統ゲノミクス手法を提示し、それによって、議論の多い骨鰾類淡水魚の内部の類縁関係やその他の分類困難な複数の生物群の類縁関係を解決した。
Experimental test and refutation of a classic case of molecular adaptation in Drosophila melanogaster
doi: 10.1038/s41559-016-0025
キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）のアルコールデヒドロゲナーゼ（ADH）タンパク質の変化は、分子適応の典型例とされている。今回、キイロショウジョウバエの系統に沿ったADHの遺伝子塩基配列変化が機能および適応度に影響を与えなかったことが明らかになり、その適応的役割が否定された。
A thousand empirical adaptive landscapes and their navigability
doi: 10.1038/s41559-016-0045
真核生物129種の1000例を超える完全な適応地形の解析から、適応地形の可航性（navigability）が適応や革新の発生源として転写調節の成功に寄与したことが示唆された。
Identifying species threat hotspots from global supply chains
doi: 10.1038/s41559-016-0023
人間が誘発する生物多様性喪失の大きな要因として、貿易のための天然資源開発が挙げられる。今回、ある国での財の生産を別の国での消費と直接つなぐ国際貿易による野生生物への脅威の世界的「ホットスポット」が特定された。
Coupling phenotypic persistence to DNA damage increases genetic diversity in severe stress
doi: 10.1038/s41559-016-0016
酵母などの微生物は、表現型的に独特な休眠状態（パーシスタンス）になることでストレス状態を耐え抜ける。DNA損傷とパーシスタンス発動の間には関連性があり、休眠状態にあるパーシスター細胞では、進化的適応を促進する可能性のある遺伝的多様性が高まることが、今回明らかになった。
Widespread maintenance of genome heterozygosity in Schmidtea mediterranea
doi: 10.1038/s41559-016-0019
一般に近親交配は遺伝的多様性を低下させるが、ウズムシ類Schmidtea mediterraneaのゲノムは、10世代にわたる近親交配を経ても37.5％がヘテロ接合性を保持し、野生において低い組換え率で維持されている。
Phylogenetic and environmental context of a Tournaisian tetrapod fauna
doi: 10.1038/s41559-016-0002
ローマーの空白は、初期の四肢動物が続々と上陸しつつあったのに化石がほとんど知られていない年代である。今回、スコットランドのある場所から出土した5つの新種（ステム群四肢類3種およびステム群両生類2種）が記載され、この年代の系統発生および環境を解明するための一助となった。
High taxonomic variability despite stable functional structure across microbial communities
doi: 10.1038/s41559-016-0015
野生パイナップル類の群葉に存在する微生物群集は、分類学的構成の多様性が高いにもかかわらず、機能的群集構造がきわめて安定しており、このことは、非中立的な過程が群集構成の変化を生じさせることを示している。
The developmental basis for the recurrent evolution of deuterostomy and protostomy
doi: 10.1038/s41559-016-0005
旧口動物では口が胚の原口から発生するのに対し、新口動物の口はそれとは別に発生する。旧口動物性および新口動物性の2種の近縁な腕足動物を比較することにより、この重要な左右相称動物ボディプランの分岐でWntシグナル伝達および中胚葉形成が果たす役割が明らかにされた。
Evolution alters the consequences of invasions in experimental communities
doi: 10.1038/s41559-016-0013
過去に侵略者を経験して進化した在来種の個体数増加は新規に侵入する侵略種を常に上回り、侵入による進化の結果として高度な生物的抵抗性が出現することが支持された。
Independent evolution of shape and motility allows evolutionary flexibility in Firmicutes bacteria
doi: 10.1038/s41559-016-0009
少なくとも真核生物では、生物の形態と機能が密接に結びついている場合が多い。対照的に、今回の系統種間比較により、ある細菌分類群の間では形態と運動性が結びついておらず、そのことが高度な進化的柔軟性を与えていることがわかった。
Population characteristics of a large whale shark aggregation inferred from seawater environmental DNA
doi: 10.1038/s41559-016-0004
水試料から得た環境DNAを利用することにより、水生生物の存在および個体数を明らかにすることができる。今回は、環境DNAを利用してアラビア湾のジンベエザメから個体群の遺伝的情報も得られることが示された。
Competition along trajectories governs adaptation rates towards antimicrobial resistance
doi: 10.1038/s41559-016-0007
抗マラリア薬耐性に関与するタンパク質の進化速度は、予測される適応の軌跡の上で競合する連続的なアレルが大筋で支配しており、このことは現実世界での抗微生物薬耐性の管理と密接に関係する。
Multicopy plasmids potentiate the evolution of antibiotic resistance in bacteria
doi: 10.1038/s41559-016-0010
コピー数の多いプラスミドは、遺伝子の水平伝播を可能にするばかりでなく、進化を加速させる可能性がある。今回、臨床的に意味のある抗生物質耐性は対象遺伝子がプラスミド上にある場合のほうが急速に進化することが明らかにされた。
An invasive social insect overcomes genetic load at the sex locus
doi: 10.1038/s41559-016-0011
ハチ目（膜翅類）の社会性昆虫は、雌の発生にcsd座位のヘテロ接合性を必要とする。今回、平衡選択が創始者効果を克服してこのヘテロ接合性を維持し、トウヨウミツバチが侵略性となることが明らかにされた。
Rapid recovery of Patagonian plant-insect associations after the end-Cretaceous extinction
doi: 10.1038/s41559-016-0012
白亜紀・古第三紀境界をめぐる絶滅と回復が大きな規模で地理的に不均一であったことが、パタゴニアと北米西部内陸部の葉の化石に残された虫害によって示された。
Gene expression plasticity as a mechanism of coral adaptation to a variable environment
doi: 10.1038/s41559-016-0014
局地的な適応を支える分子メカニズムとはどのようなものであろうか。可変的な生息地と安定性の高い生息地との間でサンゴPorites astreoidesを相互に移植した結果、個体群は局地適応と整合する表現型上の特徴を示すことがわかった。
