中皮腫：悪性胸膜中皮腫の包括的なゲノム解析から頻発する変異、遺伝子融合、スプライシングの変化が明らかになる

我々は、悪性胸膜中皮腫（MPM）の216の腫瘍について、トランスクリプトーム（n=211）、全エキソーム（n=99）、標的エキソーム（n=103）を解析した。RNA-seqデータを用いて、肉腫様、類上皮、二相性-類上皮（二相性-E）、二相性-肉腫様（二相性-S）の4つの異なる分子サブタイプを同定した。エキソーム解析から、MPMでは、BAP1、NF2、TP53、SETD2、DDX3X、ULK2、RYR2、CFAP45、SETDB1、DDX51が有意に変異している（qスコア≥0.8）ことが分かった。SF3B1（~2%、4/216）およびTRAF7（~2%、5/216）を含むいくつかの遺伝子では、変異が頻発することが明らかになった。SF3B1変異型の試料は、野生型腫瘍とは異なるスプライシングプロファイルを示した。TRAF7の変化は主にWD40ドメインに起こっており、1つを除いて、NF2の変化と相互排他的であった。頻発する遺伝子融合やスプライシングの変化は、NF2、BAP1、SETD2を不活性化するための機構である場合が多いことが分かった。今回の統合解析の結果から、MPMではHippo、mTOR、ヒストンメチル化、RNAヘリカーゼ、p53シグナル伝達経路の変化があることが明らかにされた。