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神経変性疾患:一細胞エピゲノム解析から示された、アルツハイマー病とパーキンソン病に対する遺伝的リスク座位の原因バリアント候補
Nature Genetics 52, 11 doi: 10.1038/s41588-020-00721-x
神経疾患のゲノムワイド関連解析から、疾患表現型と関連のある数千のバリアントが特定されている。しかし、これらのバリアントのほとんどは、コード配列が変化していないため、それらの機能を割り当てることが難しい。今回我々は、正常な認知機能を持つコホートにおいて、一細胞レベルでのクロマチン接近性全体像をプロファイリングするとともに、成人の多様な脳領域の3次元クロマチン相互作用を明らかにし、成人脳のマルチオミクスによるエピジェネティックアトラスを示す。我々は、このマルチオミクスのフレームワークを統合し、アルツハイマー病とパーキンソン病に対する数十の機能的SNPを予測するための機械学習分類を開発し、ゲノムワイド関連解析でこれまで機能の分類ができなかった座位に対して標的遺伝子と細胞タイプを割り当てた。さらに、MAPT(タウをコードする)パーキンソン病リスク座位の複雑な逆位を起こしたハプロタイプを解析し、ニューロンにおいて、この疾患の関連を仲介する可能性のある異所的な調節性相互作用候補を特定した。本研究は、遺伝継承されるバリアントについての理解を深め、疾患の原因となる調節性バリアントをエピゲノム解析するためのロードマップを提供する。