SNP：SNPを遺伝子に結び付ける方法を組み合わせて用いる戦略により、疾患遺伝子を同定して疾患のオムニジェニックな性質を評価する

疾患に関連する一塩基多型（SNP）は、ほとんどの場合で疾患SNPが調節性であるため、標的遺伝子に関係しないことが多い。SNPから遺伝子へとつなげる戦略（SNP-to-gene、S2G）では、調節性SNPがシス位で制御する遺伝子を見つけるように開発されてきた。今回我々は、ありふれた疾患のリスクへの情報性を最適化するために、さまざまなS2G戦略を評価して組み合わせて用いるための遺伝率ベースの方法を開発した。我々の組み合わせ最適化S2G戦略（cS2G）では、7つの構成要素からなるS2G戦略が用いられる。また、精度が0.75、recallが0.33に達しており、これは個々の戦略のrecallの2倍以上となっている。我々はcS2Gを49のUKバイオバンクの疾患/形質のファインマッピングの結果に適用し、5,095の原因SNP-遺伝子-疾患トリプレット（S2Gに由来する機能的な解釈を用いる）を高い信頼性で予測した。我々はcS2Gをさらに適用し、疾患のオムニジェニックな性質に対する経験にもとづく評価を示す。遺伝子の上位1％が、全ての遺伝子に関連するSNPの遺伝率のおよそ半分を説明し、遺伝子レベルの構造はバリアントの対立遺伝子頻度によって変化することを見いだした。