トランスクリプトームワイド関連解析：原因遺伝子候補のファインマッピングに対する条件的トランスクリプトームワイド関連解析

トランスクリプトームワイド関連解析（TWAS）は、ゲノムワイド関連解析と発現マッピング解析を統合し、複雑形質に関連する遺伝学的に予測された発現（GReX）を持つ遺伝子を特定することを目的としている。本研究では、GIFT（gene-based integrative fine-mapping through conditional TWAS）という手法を開発した。GIFTは、局所的領域に存在する他の全ての遺伝子のGReXを明示的に制御することで、条件的TWAS解析を行い、推定上の原因遺伝子をファインマッピングする。GIFTは本質的に頻度に基づく方法であり、複数の遺伝子に関して発現相関性とシスの一塩基多型連鎖不平衡の両方を明示的にモデル化し、尤度を用いて発現予測の不確実性を説明する。結果として、GIFTは調整P値を生成し、ファインマッピングに有効である。我々はGIFTを用いて、英国バイオバンクで6つの形質を解析し、GIFTは既存のTWASファインマッピング手法と比較して、推定される原因遺伝子セットのサイズを32.16〜91.32％絞り込んだ。GIFTで見つかった遺伝子から、血圧の決定における血管調節と脂質レベル調節に対する脂質代謝の重要性が明らかになった。