個別の原稿に対する本誌の関心について、エディターに非公式の意見を求めることは可能です。短い「投稿前の問い合わせ」をオンライン投稿システムからお送りください。投稿前の問い合わせは、標準的な投稿プロセスの必要条件ではありませんが、作成中の原稿が本誌の対象範囲にあって興味をもってもらえそうかどうかについて、著者が迅速に感触を得る仕組みとなることを目的としています。原稿が作成済みであれば、ぜひそのままオンライン投稿システムから投稿してください。
幅広い科学界の読者層が関心をもつポイントを簡潔にまとめ、詳細な住所と連絡先、表題、十分に参考文献を示した要約、およびそこで引用した参考文献のリストは、必ず提出してください。必要に応じて、追加的な資料を別ファイルとして添付していただくこともできます。著者から受けた情報に基づき、投稿前の問い合わせに対する興味について、エディターがお答えします。正式な投稿をエディターがお断りした場合でも、エディターが論文の全体を評価することができるように、オンライン投稿システムから投稿していただいて構いません。投稿前の問い合わせで投稿を勧められた論文でも、エディターが論文の全体を検討した結果として、査読せずに却下する場合もあります。
論文はオンライン投稿システムから投稿してください。新たな投稿ごとに、主任エディターがひとり割り当てられます。主任エディターは論文を読み、ほかのエディターと相談して、査読に回すかどうかを判断します。原稿で記述されている研究について、投稿前に特定のNature Plants エディターと討議したかどうかを、著者は明らかにしてください。この領域の関係者に有益な根拠ある研究について記述する論文でも、少なからず、本誌に投稿される最上の研究には及びそうにないと判断されます。ほかのネイチャー各誌と同様、Nature Plants にも外部の編集委員会はありません。しかし、その論文の領域内での重要性が不明確な場合には、それを査読に回すかどうかの判断でエディターが外部の専門家の意見を仰ぐ場合があります。発表済みの論文またはNature Plants で掲載が受理されている論文との間に大きな概念的重複がある場合は、投稿論文の新奇性に問題があると判断されます。プレプリントアーカイブは新奇性を損ないません。ネイチャー他誌ですでに査読を受けている場合、自動原稿転送サービスを利用して、原稿の担当エディターがご案内するリンクから、Nature Plants に査読者のレポートを転送することができます。その場合、本誌のエディターは、判断にあたって過去の査読を考慮に入れますが、別の新たな査読者に意見を求めることになる場合もあります。なお、著者が新たな査読を求めることもできますが、それを希望される場合は自動転送のリンクを使用しないでください。この場合、エディターは、過去の査読プロセスとは関わりなく論文の評価を行います。ただし、この意思決定は最初の投稿の時点で行わなければならず、あとから変更することはできません。過去の査読について考慮することをエディターに求める場合、著者は投稿原稿と過去の投稿との関係を説明するメモを添付してください。このとき、査読者の批評を受けて修正を行った場合は、論点ごとの対応も示してください。その研究の質が高いと感じられれば、それ以上の査読を行わずに受理することもありますが、重大な批判があれば、エディターは判断に際してそれを考慮します。掲載に際して、受付年月日はNature Plants に投稿した日となります。原稿転送サービスの詳細は「How to transfer manuscripts」をご覧ください。
論文を査読に回すことをエディターが決定すると、窓口となる著者に電子メールで通知が行われます。著者は査読者を推薦することができます。そうした推薦が有用となる場合は多いですが、必ずしも推薦どおりになるとはかぎりません。方針により、査読者の求めがあった場合を除いて、査読者の身元は著者に明かされません。
概念的に類似した原稿は、可能なかぎり同一の編集基準を適用するため、同一の査読者に回されることが多くなります。ただし、同時に提出された原稿は、互いとは無関係に掲載基準を満たす必要があります。したがって、完成度や説得力の点で大きく劣れば、結論が同じでも、一方だけが却下される場合もあります。
エディターは、査読後の判断に際し、その時点での論文がいかに良いものであるかだけでなく、修正でどれだけ改善されるかも考慮します。査読者が原稿に求める修正が具体的で、大規模な追加実験の必要がないと判断される場合、エディターは査読者の指摘事項を解決した修正原稿を求めることがあります。通常、その修正原稿は、再査読のために、最初の査読者の一部または全員に再度送られます。判定の通知で締め切りが指定され（通常は2～3週間）、修正版がその期間内に再提出されれば、最初の投稿年月日が引き継がれます。
査読者の指摘事項がもっと大規模だった場合、エディターは通常、その原稿を却下します。ただし、その研究が本誌にとって有益となる可能性があるとエディターが感じた場合、エディターは将来の再投稿に期待する旨を伝えることがあります。再投稿された原稿は、エディターの判断により、最初の査読者に送られることもあれば、別の査読者に回されこともあります。そのとき、修正された原稿に最初の投稿年月日は引き継がれません。
いずれの場合も、修正原稿にはカバーレターを添付し、査読者の意見に対する論点ごとの対応を記述するとともに、原稿の修正内容を説明してください。
エディターの勧めによる修正は、新規原稿としてではなく、判定の通知に示されたオンライン投稿システムの修正のリンクから提出してください。
文言を一部変更する必要があっても、データや結論には修正が不要で、論文の掲載がほぼ固まった場合、最終原稿の提出を求める通知が出されます。その通知には、コピーエディター（原稿整理編集者）による論文の形式についての詳細なコメントが付随します。この段階では、エディターから著者に送られる全体的な編集原稿により、修正で解決しなければならない編集上の指摘事項が示される場合があります。Nature Plants では、すべての論文が専門外の読者にも読みやすいものであることを大切にしています。それを実現するため、原稿にはかなりの編集が加えられます。受理されると、本文や図版を領域外の読者にも読みやすく明快なものしたり、論文を本誌のスタイルに合うものにしたりするため、コピーエディターがさらに手を加える場合があります。Nature Plants では、オックスフォード英語のスペルを使用します。
最終的な修正では、判定の通知に示されたオンライン投稿システムの修正のリンクを使用し、求められた形式上の変更をすべて反映した文章の最終版をアップロードしてください。最終版の図（高解像度）の電子ファイルは、別途ディスクまたはftpによって提出してください。
残されていた編集上の問題点がすべて解決されると、論文は正式に受理されます。受付年月日は、最初の原稿（過去に却下されている場合は再投稿された原稿）をエディターが受け取った日になります。受理年月日は、エディターが受理の通知を送った日になります
投稿者には校正刷りをお届けします。お示しした修正についての議論は歓迎しますが、スタイルや図版サイズの最終決定権はNature Plants に帰属します。
エディターが再投稿を勧めなかった場合でも、一部の著者は却下の判定の再考をエディターに求めています。これは異議申し立てとされ、方針により、通常作業ほどの重きが置かれません。実際のところ、多くの場合、異議申し立てに対する判断には数週間かかることになります。
判定が異議申し立てで覆るのは、最初の判定が重大な誤りであったとエディターが納得した場合にかぎられ、単に採否どちらにも判断できるようなぎりぎりの判定は覆りません。検討し直す価値があると考えられるのは、査読者が著しい事実誤認を犯していたり、見方が偏っていることが明らかにされたりした場合で、かつその査読者の意見を覆すと最初の判定が変わっていた場合だけです。同様に、事実をめぐる問題に関する議論は、それが採否に対して決定的なものでないかぎり、解決を要しません。そのため、異議申し立ての多くは、著者の論点を注意深く検討したうえで、エディターによって却下されます
異議申し立てが再検討に値するものであった場合、エディターは、著者の回答または修正された論文を1人または複数の査読者に回すか、さもなければ1人の査読者の指摘事項について別の査読者に意見を求めることがあります。場合により、特にエディターが判定に別の技術的専門知識を要すると感じた場合には、エディターが新たな査読者から助言を得ることもあります。
